# テーブル形式のデータをデータフレーム形式のデータに変換する関数

as.df <- function(tb, drop=TRUE){
	sp <- colnames(tb)
	stand <- rownames(tb)
	df <- NULL	#dfの初期化
	for (i in 1:length(stand)) {
		for (j in 1:length(sp)) {
			if (drop==FALSE | (tb[i,j] != 0 & !is.na(tb[i,j]))){
				df <- c(df, stand[i])
				df <- c(df, sp[j])
				df <- c(df, tb[i,j])
			}
		}
	}
	df <- matrix(df, ncol=3, byrow=TRUE)
	data.frame(df)
}

# 使用方法
library(vegan)	#事前にパッケージveganのインストールが必要
data(dune)	#砂丘データ(地点数20,種数30)の呼び出し
as.df(dune)	#既定値では、値が0のデータは出力しない
as.df(dune, drop=FALSE)	#drop=FALSEを指定すると、値が0のデータも出力