# 共通して出現する種数を計算する関数

common <- function(tb){
	tb <- pa(tb)
	n <- nrow(tb)
	ar <- NULL
	for(i in 1:n){
		for(j in 1:n){
			com <- tb[i,] + tb[j,]
			com <- as.matrix(com)
			ar <- rbind(ar, length(com[com==2]))
		}
	}
	common <- matrix(ar, nrow=n)
	common <- as.data.frame(common)
	rownames(common) <- rownames(tb)
	colnames(common) <- rownames(tb)
	common
}

# 使用方法
library(vegan)
data(dune)
common(dune)