## 植生調査データの解析準備するための一連の命令
comp <- read.table("http://kobe.cool.ne.jp/matsut/comp.txt", header=T)	# 組成データ(""内はデータファイルの場所)
st <- read.table("http://kobe.cool.ne.jp/matsut/st.txt", header=T)	# 地点データ
sp <- read.table("http://kobe.cool.ne.jp/matsut/sp.txt", header=T)	# 種データ
sy <- read.table("http://kobe.cool.ne.jp/matsut/sy.txt", header=T)	# 異名データ
sy <- rbind(data.frame(synonym=sp$species, species=sp$species), sy)	# 異名データと標準和名のデータを結合
colnames(comp) <- c("stand", "layer", "synonym", "cover")	# 異名データとマージするために列名を変更
df0 <- merge(comp, sy)	# 異名データで種名を修正
df0$synonym <- NULL	# synonymを削除
setdiff(comp$synonym, sy$synonym)		# 登録されていない種名がないかどうかの確認
table <- tapply(df0$cover, list(df0$species, df0$stand), sum)	# クロス集計表(組成表)の作成
table0 <- ftable(tapply(df0$cover, list(df0$species, df0$layer, df0$stand), sum))	# 階層付き組成表の作成
df <- as.data.frame.table(table)	# クロス集計をデータフレームに変換
colnames(df) <- c("species", "stand", "cover")	# 列名の付け直し
df <- subset(df, !is.na(cover))	# NAが欠損値のデーー多を削除
df <- merge(df, st); df <- merge(df, sp) 	# データの結合
df <- data.frame(lapply(df, factor))	# 使っていない要素を消す(factor) + lapplyで繰り返し + データフレームに
df$cover <- as.numeric(as.character(df$cover))	# 要素になった被度を数値に変換
df0 <- merge(df0, st); df0 <- merge(df0, sp) 	# データの結合
df0 <- data.frame(lapply(df0, factor))	# 使っていない要素を消す(factor) + lapplyで繰り返し + データフレームに
df0$cover <- as.numeric(as.character(df0$cover))	# 要素になった被度を数値に変換
table[is.na(table)] <- 0	# NAを0にする
table0[is.na(table0)] <- 0	# NAを0にする

df	# 階層なしデータ
table	# 階層なし組成表
df0	# 階層付きデータ
table0	# 階層付き組成表

# ファイルの形式は次のとおり
# すべてのファイルはタブ区切りのテキストファイルで、1行目にはタイトルを以下の入れる。2行目以降はデータの内容を入れる。
# 下の例を参照。ただし、行頭の「#」とタブは実際のファイルでは不要。
# 
# comp.txtのタイトルとデータの例
#	stand	layer	species	cover
#	mt01	b1	コナラ	0.70
#	mt01	s2	ヒサカキ	0.30
#	mt01	s2	ナツハゼ	0.30
#	mt01	k	ナガバジャノヒゲ	0.70
#	mt02	b1	アカマツ	0.80
#	mt02	s1	ネジキ	0.30
#	mt02	s2	ネズ	0.30
#	mt02	s2	モチツツジ	0.30
#	mt02	s2	ヒサカキ	0.10
#	mt02	k	コウヤボウキ	0.05
#	
# st.txtのタイトルとデータの例
#	stand	community	soil
#	mt01	コナラ	有馬層群
#	mt02	アカマツ	神戸層群
#	
# sp.txtのタイトルとデータの例
#	species	growth	life
#	コナラ	夏緑高木	mm
#	ヒサカキ	常緑低木	m
#	ナガバジャノヒゲ	常緑多年草	g
#	アカマツ	常緑針葉高木	mm
#	ネジキ	夏緑高木	m
#	ネズミサシ	常緑針葉高木	m
#	コウヤボウキ	夏緑低木	ch
#	モチツツジ	半常緑低木	n
#	ナツハゼ	夏緑低木	n
#	
# sy.txtのタイトルとデータの例
#	synonym	species
#	ネズ	ネズミサシ
#	ムロ	ネズミサシ
#	ハハソ	コナラ