# 調査結果から種数面積関係を計算する

acc.curve <- function(table, area=NULL){	#table:組成表, area:面積表
	if (is.null(area)) area <- rep(1,ncol(table))	#面積のデータが無ければ全て1とする
	o <- rnorm(ncol(table))		#地点数の乱数を発生
	o <- order(o)	#地点数を並べ替える順番
	acc.species <- 0	#累積種数の初期化
	acc.area <- 0	#累積面積の初期化
	sp.name <- character(0)	#種の一覧の初期化
	for (i in 1:length(o)){	#地点数だけ繰り返し
		st <- o[i]	#取り出す地点
		sub.table <- table[,st]	#地点ごとのデータ
		new.name <- names(sub.table[sub.table>0])	#出現種だけを取り出す
		sp.name <- union(sp.name, new.name)	#出現種の結合
		acc.species <- c(acc.species, length(sp.name))	#累積出現種数を追加記入
		new.area <- area[st] + max(acc.area)	#累積面積
		acc.area <- c(acc.area, new.area)	#累積面積を追加記入
	}
	cbind(acc.area, acc.species)	#面積と種数を統合
}

# 使用方法
# 入力データは組成表形式のデータと面積のデータ
# 乱数の並べ替えは下記URLを参考にした
# http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/joseki/sort.html
library(vegan)	#veganを呼び出してデータduneを使用する
data(dune)
table <- t(dune)	#行列を入れ替え
area <- c(rep(1.1,5),rep(1.2,5),rep(2.1,5),rep(3.2,5))# 面積のデータを作成

acc.curve(table,area)	#計算結果を出力
plot(acc.curve(table,area))	#計算結果から散布図を作成
for (i in 1:100) points(acc.curve(table,area))	#5回繰り返して散布図を上書き