# 特定の種・階層・被度を持つデータを抽出する関数
select.veg <- function(df, species=NULL, layer=NULL, min.cover=0){
	df.0 <- df	# 元の df
	if(!is.null(species)){	# 種名の入力があれば
		df <- merge(df, data.frame(species=species))	# 種名で選択
	}
	if(!is.null(layer)){	# 階層の入力があれば
		df <- merge(df, data.frame(layer=layer))	# 階層で選択
	}
	stand <- subset(df, cover>=min.cover, select=stand)	# 被度で地点を選択
	df.0 <- subset(merge(df.0, stand))	# 元の df と結合して
	rm.level(df.0)	# 成分中の不要な要素を除去
}

# 使用方法
library(vegan)	# ライブラリの呼び出し 別途インストールが必要
data(dune)	# データの呼び出し
df <- as.data.frame.table(as.matrix(dune))	# dfに変換
df <- subset(df, Freq>0)	# 頻度が0のものを除去
colnames(df) <- c("stand","species","cover")	# 
df$layer <- sample(c("b1","s1","k1"), 197, T)	# 階層を与えてやる
select.veg(df, species="Lolper", layer="b1", min.cover=5)