Matsut's page : diary

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日記のページ(2005)

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(2005-01-01)

時々、元旦と元日の意味を理解している人がいる。元日は1月1日のことで、元旦は元日の朝のことをいう。
今までは、keylayというソフトを使って、キーボードのカスタマイズをしていた。新しく、KeyCtrlというソフトを使うことにした。こっちは無料だし、常駐の必要もないし快適に使うことができる。ただし、設定後は再起動の必要あり。

(2005-01-05)

WindowsNT4.0にて Ctrl と Capslock を入れ替える方法などで勉強して、レジストリを使ったキーボードのカスタマイズをした。これで新しいThinkPadが使いやすくできる。レジストリの設定を元に戻すには、以下の内容を書いたレジストリ・ファイルを用意してクリックすればよい。

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout] "Scancode Map"=-

(2005-01-06)

フラッシュメモリ起動型オペレーティングシステムのSmartNCというのがあるらしい。要はハードディスクの代わりにフラッシュメモリ(コンパクトフラッシュみたいなやつ)をつけてしまおうという発想だ。言われてみれば大したことは無いような感じだが、こういうことを思いつくのはすごい。使ってみたいが、値段がそれなりにするのがネックだ。5000円くらいだったら買ってみるかも。

(2005-01-07)

スマトラ沖地震による津波関連の衛星画像がHitachiSoftとDigitalGlobe社で公開されている。すごい被害だというのが一目瞭然だ。

(2005-01-10)

前に使っていたThinkPad240のディスプレイの調子が悪くなる原因がわかった。最近になってその原因がわかった。どうも液晶の部分に関する接触が悪そうだと思っていたら、果たしてそうだった。IBMで無料の修理をしていたようだが、ぜんぜん知らなかった。まあ、前のパソコンは十分に働いたので、よしとしよう。
以前に古本屋で買ったデータ分析はじめの一歩と推測統計はじめの一歩を読んだ。正確にはざっと目を通した。その中で目に付いた言葉が3つあるので、そのメモ。ローレンツ曲線とジニ係数がまず2つ。ローレンツ曲線とジニ係数は社会科学などで平等性の指数として使われているようだが、生態学の均等性の指数として使うことはできないだろうか？あと1つは層別抽出法。群馬大学の青木さんのところに標本抽出法の解説がある。

(2005-01-11)

日付の表示を国立環境研究所の竹中さんのページに書かれているW3Cの日時フォーマットという表示方法に変更。手作業でやると間違えるので、作業は秀丸のマクロで自動化。
Rの生態学用のライブラリVeganを作っておられるJari OksanenさんのページにDirectory listing of available softwareというのがある。その中にTWINSPANのプログラムがあるのを見つけた。Veganには生態学関連で使う解析方法がたくさん入っている。ただし、TWINSPANは入ってなかったので、どこかに無料のものがないかと思っていたところでちょうど良かった。
だいぶ前に、Rの関数でクロス集計表からデータフレーム形式への変換の関数を作った。これは2度目の車輪かもと思っていたら、はやりそうだった。

(2005-01-14)

植生調査をした結果をRで解析するときの準備作業はだいたいどんなデータでも同じようなことをする。Rは本当に有用かつ(慣れれば)使いやすい統計解析のソフトなので、これから当分使っていくつもりだ。ということで、データファイルが変わっても、準備作業の命令はひとつでいけるように汎用性のある(と思う)データの形式と準備作業の命令を作った。概要は以下のとおり。

用意するデータ(データの中身)

組成データ(地点・階層・種名・植被率)

地点データ(地点・地質・標高など)

種データ(種名・生育形・生活形・散布型など)

異名データ(異名・種名)
これらのデータを用意しておいて命令を実行すると、異名を種名(自分が決めた標準和名)に変換して、階層ごとの植被率を合計したデータをつくり、地点データと種データを結合する。できてくるデータは地点・種名・植被率・地質・標高・生育形・生活形・散布型の項目を持つデータベース形式のデータである。このデータ整理ができれば、生活形別や地質別などの種数などはapplyやtapplyを使えば簡単に集計できる。具体的な内容は、Rのページで。

(2005-01-15)

空間分布を解析する手法に点過程というのがある。詳しい内容は説明しきれないので、日本生態学会誌の論文(島谷健一郎.2001.点過程による樹木分布地図の解析とモデリング.日本生態学会誌,51,87-106)と国立環境研究所の竹中さんのページにある点過程解析用プログラムのところを見てください。 Rにはその解析手法も入っていて、4つのライブラリ(spatstat,sm,akima,gam)をインストールすれば、簡単に使うことができる。Rで点過程の解析をできるのは知っていたが、実際には使っていなかった。ためしにちょっと触ってみたが、優れものである。
メーリングリストやCCで個人宛に送るべきメールが送られてくることがある。自分も小さなメーリングリストでは間違えてやってしまったことがある。でも、そこでまた「間違えました」メールを送りなおす人がいる。小さな知り合いだけのメーリングリストだったらそれもいいが、知らない人ばかりの大きなメーリングリストでは恥の上塗りをしてしまうだけだと思う。

(2005-01-16)

メモは覚えたときに書いておかないとすぐに忘れるので、Rのページに覚えたての点過程の計算方法を例として追加。

(2005-01-17)

Rでデータ解析をしていて、subset関数などでデータを取り出したときに、factorオブジェクトで使っていないlevelがのこってしまって、すごく邪魔だ。それを消す方法を探していたら、だいぶ前にRのページにメモしていたことに気づく。必死になってRjpWikiを検索していたのに…。ということで、自分自身のメモをTips/山椒Tips集に追加した。これで次は大丈夫だろう(たぶん)。

(2005-01-18)

昨日に引き続き、Tips/山椒Tips集にメモを追加。データフレームを分割して、入れ子状のリストを作るというもの。これを使うとデータを何かの基準で分割して同じ解析をする(例えば調査年代が違うので分けて解析するが解析方法は同じ)場合でも、別のオブジェクトにすることなくひとつのオブジェクトとして扱うことができる。そうすると同じ命令を何度も書かずにすむ。もともと複写＋貼付ではあるものの、それでもたくさんになると作業時間も馬鹿にならない。

(2005-01-21)

昨日の晩から急に風邪を引いてしまった。汚い話だが、吐き気がして食べたものを全部出してしまった。本当にしんどかった。

(2005-01-23)

Rでの解析は一見難しそうに思えるものほど、やり方さえわかれば簡単にできる。反対に簡単そうに思えるものでも、ドツボにはまったように抜け出せなくなることがある。ついさっきは、その真っ只中にいた。1時間ぐらいかかって抜け出した。

(2005-01-24)

森林総合研究所北海道支所が発行している研究レポートというのがある。だいぶ前にインターネットから送るようにたのんだら、それ以来ずっと無料で送ってきてくれているので、送られてくるとだいたいいつも通勤途中の電車で読んでいる。その最新号森林におけるCO₂出入りの仕組みは複雑だが先日送られてきた。中身を読んでいると、「特に散乱光の光合成生産量に与える影響は現在非常に重要な問題として認識されつつあり、例えばピナツボ火山の噴火による散乱光の増加が、森林の生産量を増大させた可能性が報告され、話題を呼んでいます。」という文章があった。散乱光が増加するということは直達光が減少するということだろうから、それで森林の生産量が増えるというのは直感的には納得できないのでちょっとびっくり。

(2005-01-25)

インクリメンタル・サーチ(増分検索)というのがある。例えがあまりよくないが、携帯電話などで文字を入力するときにある程度文字を入れていくと次々と候補がでてくるような形で、検索したい文字列を検索できるというものだ。これを秀丸エディタで使える方法を見つけた。まだ完全に使い切れていないが、これは非常に便利な機能だ。

どこが便利かというと、普通の検索で「environmental」という文字列を検索したいとする。その場合、検索ダイアログを開いて(ショートカット：Ctr+F)、「environmental」と全てのの文字列を入力しなければならない。ただし、実は文章中には「environmental」の他に「env...」という文字列が無かったら、後半部分の「ironmental」という文字列を入力するのは無駄な作業だ。だがしかし、それが在るのか無いのかわからない場合は、無駄な作業であってもやはり全ての「environmental」という文字列を入力する必要がある。しかも日本語の場合は、変換するという作業までしなければならないので、手間は増える一方だ。なら、少ない文字列で検索すればということになるだろうが、少ない文字列で検索すると引っかかってほしくないものまでたくさん引っかかってくるのだ。これまた無駄な話で、検索候補をたくさん見ていかなければならないか、もう一度検索をしなおす必要がある。

前置きが長くなったが、今日見つけたのはC/Migemoというプログラムとそれを使うための秀丸で日本語インクリメンタルサーチというマクロだ。インストール方法は両方ともごく簡単でファイルをダウンロード・解凍して、説明にあるとおりのフォルダに移動するだけでOKだ。

(2005-01-26)

エクスプローラでも日本語のインクリメンタル・サーチするためのソフトとしてMigemizeExplorerというのがある。早速家のパソコンに入れてみた。効果を試そうとしたが、うまくいかない。よく考えたら、家のパソコンのファイル名・フォルダ名に日本語は使っていなかった。職場のパソコンで試すことにしようと思ったがだめだった。WindowsMeでは動かなかった。でもFireFoxをファイラー代わりに使えば何とかなりそうだ。明日試してみよう。

この際なので、ブラウザも日本語インクリメンタル検索可能なように、ブラウザをMozilla FireFoxに変えて、XUL/Migemoを追加した。難点は、スタートメニューのお気に入りからFireFoxを起動させることができないこと。ウェブで探してみたが、どうも無理そう。まあ、仕方ないか。

秀丸エディタでも普通のインクリメンタル検索は可能だということがわかった。知らなかった。[その他]-[環境設定]-[検索]-[ダイアログボックス]で「リアルタイムな検索(Emacs風)」というのをチェックすれば可能だ。ただし、日本語の場合は変換が必要なのでやっぱりMigemoの方が便利。

(2005-01-27)

『「英語脳」のつくり方』という本を読んだ。英会話で大事なのは流暢な英語ではなくて、内容である。内容が無ければただの流暢なおこちゃま英語で、誰も相手にしてくれない、という内容だった。確かにそのとおりだ。

職場のパソコンでFireFoxをファイラーとして使うのはとりあえず、そこそこ使えそう。ただ、ファイルを新規作成ができないのが難点だ。それでもインクリメンタル検索できるので当分つかってみるつもり。

(2005-01-29)

新しいEcological Reserchがやってきた。この巻から編集委員長が変わった。Editorial Boadにもあるように、真の国際的な生態学の雑誌を目指すようだ。雑誌の表紙も変わったが、中身も変わったように思う。今までだったら、10ページ前後の原著論文が多かったと思うが、最新号では最長でも10ページ程度で、短いものは6ページ程度になっている。いい論文をたくさん載せようということだろうか。
今日見た花：ヤブツバキ・アセビ・オオイヌノフグリ・ホトケノザ・ヒメオドリコソウ・ロウバイ

(2005-01-30)

Emacs Speac Statisticsというのがあって、Emacs上でRなどの統計解析ソフトを使うためのパッケージがある。EmacsとかEmacsをWindowsに移植したMeadowはどうも設定をいろいろしないといけないのがあって、慣れていないため使いづらい。というのも、秀丸エディタを学生時代から使っていて、これが手放せなくなっている。もちろんEmacsでも同様のことはできるのだが、英単語の検索・スペルチェック・文字数カウント・英単語数カウント・インクリメンタル検索・ホームページの更新・TeXのコンパイルなど多くの作業に秀丸エディタのマクロを導入している。あとは秀丸エディタ上からRをつかえればほぼ完璧になるはずなのだが、これがうまくいかない。

1月中に論文を書くつもりだったが、だらだらとRでデータ解析をしている。でも、ようやくデータ解析が終了しそう。長くかかってしまった。同時並行でMethodを書いている。これももうすぐで終了。

(2005-01-31)

九州大学の矢原さんの日記(1月4日分)に載っていた論文(Austin, M.P. & Heyligers, P.C. 1989. Vegetation survey design for conservation: gradsect sampling of forests in North-eastern New South Wales. Biological Conservation 50: 13-32.)を読んだ。cost-effectiveな方法らしいが、本当にそうなのかはやってみないとわからなさそう。 gradsectの大まかな方法は次のとおり(間違えているかも)。

調査地において、植生に大きな影響を与える環境傾度(標高・地質など)を抽出する。

上記の環境傾度を調査するのに最適な調査地(Gradsect)を探す。

調査地を格子状に分けて、格子ごとの環境傾度を測定する。

環境傾度のマトリクスを作成する。

他の環境傾度が必要かどうか検討する。

マトリクスの頻度に応じて調査する。基本的には出現頻度の高いものほど比較的少ない調査地点にする。たとえばこんな感じ(頻度:調査地点)1-4:0or1, 5-50:1, 50-100:2, 100-:3。

必要であれば、補足調査をする。

(2005-02-01)

秀丸エディタ上からRを使おうと思っていたが、RがDDE(Dynamic Data Exchange)に対応していないためできないことがわかった。あきらめて別の方法を使おう。

英語の論文を読んでいて発音が良くわからないことがある。いちいち発音記号を調べるのはめんどくさい。Merriam-Webster Onlineを使えば発音をしてくれるが、ネットにつながっていないときは困る。そこで、ネットで探してReadPleaseの無料のものをインストールした。人工的な発音ではあるが、なかなか使える。

(2005-02-02)

リンクのページの雑誌のところにBMC Ecologyを追加。

(2005-02-03)

いやなことなのでここに書くのを忘れていたのだが、1月31日に投稿していた論文が却下された。はなから却下という内容。悔しいけど、頭を冷やしてから、書き直して再投稿しよう。

英語で論文を書く際に、数字をアラビアで書くか、英語そのもので書くかを迷うことがある。感覚で決めるのではなくて一応のきまりがある。東京慈恵会医科大学雑誌の論文の書き方に基礎的な内容が載っている。また、カンマやコロンなどの使い方も載っている。日本犯罪社会学会編集委員会の計量的研究論文の記述について(PDF)も論文を書く際に参考にすべき点が書かれている。本で言えばつぎのようなものが参考になりそう。

テクニカル・ライティング50のルール

必携技術英文の書き方55のルール(上とほぼ同じもの？)

こなれた英文を書く技術

(2005-02-04)

寺田寅彦が書いた科学者とあたまという文章がある。頭の良いも悪い科学者も読んでおくべき文章だろう。

宮古空港で沖縄植物野外活用図鑑の第7巻(シダ植物～マメ科)と第9巻(アカネ科～ラン科)が売られている(1冊1050円)という情報を聞いたので、早速、宮古空港ターミナルの直売所に電話した。お金を振り込めば着払いで送ってくれるということなので、またまた早速インターネットで振り込んだ。どうもこの2冊はまだ在庫が那覇にあるようだった。

秀丸エディタでRというマクロを作って秀丸エディタのマクロライブラリに登録した。あんまりたいした内容ではありませんが、興味のある人はつかってみてください。RWikijpでも宣伝した。

Rのページを約2週間ぶりに更新。調査結果から種数面積関係を計算する関数を追加した。この関数は以前にRubyを使って実装したことがあるやつだ。Rubyのときはすごく時間がかかったように思うが、Rでは1日かからずにできた。データ解析用にもう一つ関数を作る予定。nXnの分割表の無作為化検定をする関数だ。2X2分割表だったらr2dtableという関数があるので、簡単にできそうだがnXnは自分で作らないといけなさそう。

明日は調査のお手伝いで、日帰りで鹿児島に行って来る予定。

(2005-02-05)

Paul MurrellさんのR GraphicsにいろいろなRのグラフが載っている。すごいの一言だ。

(2005-02-06)

Rのページを2日ぶりに更新。分割表の無作為化検定(Randomization test)をする関数を追加した。Rの関数を作るのが最近早くなった。使い方を知っている関数が徐々に増えつつあるのと、しょうもない間違い(括弧を閉じるのを忘れるとか)が少なくなったためだ。

(2005-02-07)

2003年から2004年にかけていろいろとRubyでデータ解析用のプログラムを作っていた。ただし、あまり使いやすくないので、使用頻度は低い。そのプログラムたちをRで書き直している。Rは初めはとっつきにくかったが慣れると本当に使いやすい。最終的に図面まで作成できるということろがポイントだろう。Rubyは、自分の実力だったらだが、データ解析してもテキストファイルとして出力するところまでが関の山である。もっとちゃんと勉強すればいいのだろうが、そこまでの時間は無い。

昨日に引き続き、Rでモンテカルロ・シュミレーション関数を作成。ほぼできたが、最終チェックがまだだ。

(2005-02-08)

新聞で読んだのだが、寝れないで困っている人が5人に1人はいるらしい。僕はとてつもなく早く寝れるという特技を持っているので、5分くらいで寝れないとすごく不安になる。たぶん本当に寝れない人は1時間とか2時間とか、それかもっとなんだろう。

これも新聞ネタ。寒いときに、手先などを暖める方法。首に体温の調節のためのセンサーがあって、首をあっためると脳が「体温が高すぎる」と判断して、体温を下げようとするらしい。体温を下げるために、手足などの末梢の毛細血管を開けて熱を逃がすそうだ。なんだか逆説的な感じだが、本当なのだろう。

(2005-02-09)

昨日の日記に書いたのとは逆に、世の中には特定の状況におかれるとどうも寝てしまう病気(2005-01-28-29のところなど)があるらしい。たしかにそういう時はある。僕も電車の中で座って英語の論文を読んでいると寝そうになる。ただし、取っておきの対策がある。座らずに立って読んだら、寝ることはない。また、面白くない部分は読まずに飛ばしてしまうという技も使う。

(2005-02-10)

ネットで探し物をしていたら、自分のページが一番に引っかかってしまうことがある。良くない傾向だ。特にこの日記が引っかかる場合などは大変良くない。間違ったことを書いてしまっていたら大変だ。

ネットで見つけた統計関係の良い資料。

化学工学会のケミカルエンジニアのための統計的品質管理入門補足資料とプログラムという一連の資料。

成蹊大学の岩崎さんが書かれている実験計画法とデータ解析は実験計画法についてわかりやすく説明されている。

東邦大学の関さんが書かれている生物統学(PDFファイル)の初めの部分ではなぜ統計学が必要かがうまく書かれている。

(2005-02-11)

秀丸でRというマクロをちょっと前に作った。自分ぐらいしかこんなマクロは使わないと思っていた。でも自分以外に使ってくれる人がいるということがわかった。ありがたいことです。

(2005-02-12)

リンク集のレッドデータのところに、栃木県・大阪府・宮崎県のリンクを追加。

(2005-02-13)

しばらく前から気になっていたのだが、ホームページのアドレスの前にアイコンが表示されるページがある。どうやったら良いのか調べたら割と簡単にわかったので、気分転換にアイコンを作って、自分のページに登録した。作業はFavIcon from Picsでアイコンを作って、favicon.ico を使ってサイトを目立たせよう！を参考にして、インデックスのページにファイル名を書いたら終わり。作業時間は5分程度。キーワードがわからず、調べるほうが時間がかかった。といっても10分ほどだが。ちなみに、アイコンはバリ島の地図から作った。

(2005-02-14)

家に帰ると、駐車場に水道局の車がとまっていた。まさかと思って蛇口をひねったところ、果たして水が出なかった。ふとしたことで水のありがたさを感じる。とまっていた水は5時間ほどしてから復旧した。

昨日に引き続き、アイコンで遊ぶ。使ったソフトはdotworkというやつ。あまりにセンスの無いアイコンを作ったけど、自分にはちょうどあっている。

今日見た花：ロウバイ

(2005-02-16)

論文を本格的に書き始めつつある。しばらく前に書いた自分用のメモ(PDFファイル)を参考にしながら書いている。

(2005-02-17)

Rのパッケージにrglというのがあることを知った。3次元の図面をポインティング・デバイスを使って回転させることができる。これは面白い。面白いけど、自分の研究で使うことはあるだろうか？インストールは次のようにする。

install.packages("rgl")

使用例を見るには次のようにする。

library(rgl)
example(rgl)

(2005-02-18)

カシミール3Dのデジカメプラグインは優れものだ。知り合いから機能は聞いていたものの、今まで使ってなかった。GPSのデータがあるとこは、デジカメの時刻さえちゃんと合わせておけば、どこで撮った写真かが一目瞭然。

(2005-02-19)

統計科学のための電子図書システムには統計関係で絶版になった本がPDF化されている。その他の随筆や小説などは青空文庫にたくさん作品がある。どちらもありがたいページだ。

調査のお手伝いで、千葉に日帰りに行ってきた。その往復の飛行機が国際線仕様だった。帰りの飛行機ではなぜかわからないけれど(オーバーブッキング?)、ビジネスクラスのシートに座ることができた。もちろん値段は普通の値段で。これはすごく快適すぎる。シートはほぼフラットにできる。さらに、フットレストや背もたれの角度をそれぞれ独立に調節可能だし、僕の短い足では前の席まで届かない。こんなことができるとは知らなかった。たった1時間弱の飛行時間だが、たぶん当分こんな席に座ることは無いだろうから、さんざんシートアレンジを楽しんだ。飲み物を配る際にも、一人一人に「ご搭乗ありがとうございます」と言っていた。なんというサービスの違いだろう。あと、パソコン用の電源がついていたし、音楽とかはずっと流れっぱなしではなくて、聞きたいときに聞きたいところから再生できるものだった。

(2005-02-20)

前日のラッキーとは一転して、アンラッキー。入力作業をしていたファイルを間違えて上書き保存してしまった。復元というソフトを使ってみるが、元のファイルは戻ってこず。朝から夕方までかかってやった作業の70%ぐらいが消えてしまった。でも、そんなことでしょげていても仕方ないので、作業をやりなおす。2度目の作業では1度目よりは要領よく比較的短時間に作業ができたため、なんとか予定していた分の作業を終えることができた。

(2005-02-22)

寒い日が続く。今日も寒かった。それでも、ちょっとずつ春は近づいている。

今日見た花：ナズナ･オランダミミナグサ・オオイヌノフグリ

(2005-02-23)

国立環境研究所の竹中さんがExcel のワークシートをそれぞれテキストファイル保存する VBA プログラムというのを作られた。早速ダウンロードして使ってみる。こりゃ便利。

昨日までとは一転して、今日はすごくあったかかった。

今日見た花：ロウバイ･オランダミミナグサ

(2005-02-24)

元データを作るのは時間がかかるしデータを消してしまったら終わりだけど、Rでの解析は楽ちんだ。こんなに楽をしていいのだろうか？

解析といえば、学生時代にやっていたエクセルの手作業はなんだったんだろうか？ねむいときにエクセルの手作業をやっていると、データを壊さないまでも後で目が覚めたときに、エクセルのシートがえらいことになっていることがよくあった。そんな時は、たちが悪くて復旧のために余計に時間がかかったものだ。ねむたい時はあきらめて、ちょっとだけ寝るというのがいいかも。

(2005-02-25)

Rでの解析はいよいよ終盤戦。というかほとんど終わった。あとはどう論理を展開するか。

(2005-02-26)

googleでページ内を検索する昨日を追加。検索はとりあえずうまくいく。

(2005-02-27)

データ解析は終わったはずだった。でもいざ図表にしたり結果を書こうとすると、追加の解析が必要性がでてくることがある。その作業もほぼ終わり(のはず)。

英語で論文を書いているが、なかなか的確な表現が見つからない。英語の論文を読んでいるときは何気なく読むのではなく、使えそうな表現をメモして蓄えていこう。そうすれば、少しは書く時の足しになると思う。今はその蓄えがないので、xdoc2txtでテキスト化した文書の中から秀丸エディタのgrep機能で使おうとする単語を含むところを探し出す。また、「英語論文によく使う表現」にはいろいろと使える表現が載っている。

(2005-03-01)

解析しているデータの中に間違いを見つけてしまった。修正して解析をやりなおそう。今日は元データの修正と他に同様の間違いが無いかの確認まで。解析はまた明日。といっても、Rのプログラムはすでにできているので、解析自体は複写＋貼付するだけ。それよりも、解析結果がどの程度変わるのかを見ないと。大きな影響は無いはずだ。いや、あっては困る。
今日見た花：オオイヌノフグリ・ヒメオドリコソウ

(2005-03-02)

昨日の修正でデータ解析のやり直し。多少の影響はあったものの、問題なし。

(2005-03-03)

論文を書くのに、直接パソコンのエディタで文書を入力していた。しかし、単に文章を書くときは手書きのほうがいいかもしれないと思い始めた。パソコンで打ち込むと簡単に修正できてしまって、思考過程が残らない。紙にボールペンで書くと、一度書いたものは残るし、後で削除や追加したものはそれが明確にわかるのがよい。ただし、文献などで単語の使用例を検索するのにはパソコンによる利便性は大きいので、紙とパソコンを併用していいとこどりするつもり。

さらに、パソコンにはこれ以上に、ネットという魔の誘いがある(同様の事例：日々粗忽の2005-01-19)。これはこれで解決すべき問題だ。ネットのつながらない環境に身をおくか、無線などで繋がってしまう場合は無理矢理にネットワークの設定を無効にするとかが現実的な解決策だろう。
今日見た花：アセビ

(2005-03-04)

英語の論文はなかなかいい表現が浮かばない。ひたすら考えていても、出てこないものは出てこない。そんなときは論文を読むといいことがわかった。今まで単に論文を読んでいる時は、使えそうな表現とかは気にしなかったが、すごくいろんな表現があることに気づく。

論文作成に役立つリンク集というのを発見。

(2005-03-06)

どうでもいいことだが、ふと思ったこと。

「適当」という言葉を辞典で調べると、「ある状態・目的・要求などにぴったり合っていること」という意味と「その場を何とかつくろう程度であること。いい加減なこと」という2つの意味が出てくる。漢字2文字で言い換えたい場合、前者の場合は適切や適度という言葉で言い換え可能だ。しかし、後者の場合は言いかえができないような気がする。「てきとー」とひらがなにするということはできるが…。日本語は難しい。

リンク集に群馬大学の青木さんのホームページ内にある「統計学自習ノート」＋αの全文検索を追加。検索があるのは知っていたが「統計学自習ノート」の検索だけだと思っていたので、リンクしていなかった。全文検索可能なので、統計のことで迷ったらまずここで調べたら、ほとんどの場合、何か手がかりが出てくるはず。googleで検索してもこのページがまず表示されることが多いが…。

今日見た花：フキ・オオイヌノフグリ・ホトケノザ

(2005-03-07)

やるべき解析をするのを忘れていたことを3日ほど前に気づいた。やってみると、思っていたほどきれいな(統計的に有意な)結果が出なかった。その後、いろいろと考えたが、きれいな結果が出るほうがおかしいという結論にたどり着いた。解析結果は解析結果として受け止めるしかないので、論文の中での重点のおき方を少し変えなければ。

と、書いた後にもう少しいろいろと解析をしてみた。全体としてはきれいな結果ではないが、部分に分けて考えていくときれいな結果のところと、層でないところがあることがわかった。さらに考えてみると、これは有意な結果が出るべくして出ている部分と、有意な結果が出るべくもなく出ていない部分とであって、全体としてはわかりやすい結果であると解釈した。ただし、論文の書き方を変えなければならないのは変わらず。

それにしても今回の論文ではRが大活躍している。本来ならば解析をすべて終わってから論文を書き始めるべきなのだろうが、特に今回みたいにあとからあとからデータ解析を追加するときは、Rの命令をちょっと書き換えるだけでいいので便利。

(2005-03-08)

自分の文章を客観的に評価するのは難しいのと同じように、自分のデータを客観的に評価するのは難しい。思い込みが大きすぎて、過大な評価をしすぎる。今回の論文でも勝手な思い込みから、ちゃんとした解析をせずに結果を過大評価をしていた。統計的な結果自体には、思い込みの入る余地が無いので、そこで冷静な判断が可能だ(ただし、結果の解釈には思い込みが入る余地がある)。今回の解析でも、過大評価しすぎていた部分と適度に評価していた部分とが統計的な解析を通じてやっとわかった。

今書いている論文の図表が他の論文と比べてかなり少ないことに気づく。投稿しようと考えている雑誌の手持ちをざっと調べて平均すると、表は3.5個、図は3.2個だった。自分のは表が1つ、図が2つ。論文として必要ならば増やさねばならないが、今のところはその必要性はないので、とりあえずはこのままで行こう。

(2005-03-09)

昨日の続きで、さらにたくさんの論文を見てみた。確かに図表はあわせて5-6個ある論文が多い。でも、本当に必要な図表ばかりだろうかという疑問が頭をよぎる。論文を読んだ後で印象に残っている図表(たいていは図)ってほとんどの場合は1つだ。多くても2つだろう。ということは本当に必要な図表っていうのは1つか2つぐらいなのではないだろうか？

(2005-03-10)

「トップジャーナルにアクセプトされる医学論文」という本を読んだ。その中に書いてあった論文の執筆順についての文章を自分なりにまとめなおして、論文の執筆順(PDFファイル：ソースファイルをTeXを使ってみようでコンパイルした)という文章を書いた。今書いている論文はこの文章とは全く違う順序で論文を書いていたので、方向修正だ。この他にも論文の書き方のメモをまとめたものを少し前に書いた。公開するには未熟な文章なので、もう少し練り直してからアップする予定ではあるが、とりあえずは今書いている論文を仕上げることが最優先。

(2005-03-12)

図表の原型ができたので、きっちりとした結果を書こう。

これまで何度かEmacsを使おうとしたが、設定がよくわからないのとショートカットキーが違うので、結局使うのを断念した。ショートカットはEmacs秀丸化計画で何とかなりそう。

ここのところ、カシミール3Dについて聞かれることが何度かあったので、植生調査のGPSの項目をまとめなおした。

今日見た花：アセビ･オオイヌノフグリ・タネツケバナ・ナズナ

(2005-03-14)

今日の発見。結果の項目は基本的に過去形で書くが、次のような場合は現在形が出てくる。今までなんとなくは読んだりしていたけど…。

"the results of ... are shown in table 1." とか "figure 1 shows that ..."

(2005-03-15)

論文を書いていて、用語の統一など細かいところまで結構気になる。でも、気にしだすと書くことができないので、とりあえずは統一せずに書くことにした。もちろん用語の統一は必要なので、後で作業がしやすいようにメモは書いておく。執筆作業がひと段落したら、メモを元に原稿を検索して、どのように統一するかを検討しよう。

パソコンのキーボードを使って作業していると、それだけで作業が進んでいる気がしてしまう。でも入力と削除を繰り返しているだけの時やほとんど進んでいない時がある。そんなときは、ノートとボールペンを使って作業すると、「なんや、そんなことか」と頭の中が整理できることがある。必ずうまくいくとは限らないが、自分にとっては試してみる価値あり。今日はひとつ。

と書いた後に、ビロテンFC日記帳を見た。すると、「2005-03-10-14」のところに「仮想メモリ仮説」というのが載っているではないか。まさにこれだ。本文を見ると、やっている作業が似ているので、同じような思考がでてきたのだと思う。ところで、仮想メモリ仮説では触れられていないが、たぶん紙＋頭の仮想メモリの方がパソコン＋頭の仮想メモリよりも容量や演算速度が速いから、紙でやる方がいいのだろう。つまり、紙とペンはある意味でどんなアプリケーションよりも柔軟性があって、思い通りに動いてくれる。さらに、ディスプレイの大きさに縛られることが無く、ハングアップすることはまず無い(自分の頭はするかもしれないが)。紙とペンは偉大だ。

(2005-03-16)

昨日の補足。紙とペンは偉大だが、検索機能とか計算機能とかはパソコンが断然優れている。ここらをどう使うかパソコンを使う鍵だ。その他の創造的なところは紙とペンをいかに使うかが鍵だ。

Ecological Society of AmericaのESA journals -- Information for Authorsによると、Ecologyでは査読されずに却下されることがあって、その理由は論文が長すぎることらしい。

今日見た花：ヤマネコノメソウ・ヒメウズ・シキミ・アセビ・オオイヌノフグリ・ヒメオドリコソウ・ハコベ

(2005-03-17)

論文の結果を書いている。しばらく前に、図表を作ってから結果を書いてという論文を書く順番についての文章を作ったが、今のところ正しそうだ。

Googleデスクトップ検索をインストールして試した。使ってみる価値は十分あり。

(2005-03-18)

図表と結果が一応書けた。方法は途中まで書いていたのがあるので、追加・修正すれば出来上がるはず。考察の部分はだいぶ前に書いた断片的なものがある。はじめにの構成は一応できている。これらをもとにして、文章を書くつもり。3月中に仕上げるのは無理だが、たたき台としての草稿ぐらいはできそう。

(2005-03-21)

ノートパソコンでは液晶表示にだいぶバッテリーを使っているようだ。デスクトップの画面を真っ黒で使っている場合と真っ白で使っている場合で、さらに輝度を調節している場合と一番明るくしている場合とではかなりバッテリーのもちが違う。

考察の構成を考えているが、うまく作業が進まない。そんなときに結果や方法を見ると、文章がわかりにくいことに気づく。どこがどう悪いのかを考えてから、検討しなおさなければ。

(2005-03-22)

ちょっとだけ考察の構成が見えてきた。

今日見た花：ヒサカキ・ヒメオドリコソウ・ヤブツバキ・アセビ・オオイヌノフグリ

(2005-03-23)

だいぶ前に作っていた既読論文のまとめを見直した。結構きっちりとまとめてある。それに比べて最近読んだ論文は、ちゃんとまとめていない。読みっぱなしだ。読んでもちゃんと中身を覚えている論文は少ないので、こんなんでは読んだ意味が無い。早くまとめなければ。

と思って、読んだ論文を見ようとしたら、あちこちに散らばっている。それをかき集めているうちに、未整理のままで残っている文献がたくさん出てきた。前から未整理のものはたくさんあって、徐々に減らそうとしているところだった。未整理ものでも、とりあえずほっておいていいものと、早急に手をつける必要があるものとがある。その分類をしたり、その他もろもろの作業をしたり。結局、論文のまとめまではたどり着かずで、明日以降に持ち越し。

(2005-03-24)

仕事の関係で引越が決まったので、本の整理をした(写真)。ちょっとダンボール箱が足りないが、全体で20箱ぐらい詰めたが、まだあと5箱ぶんぐらいはありそう。ちょっと多すぎる。多すぎて床が落ちないか心配なぐらい(鉄筋コンクリートなので落ちるわけが無いが…)。前の引越し以降でほとんど見ていない本がたくさんある。何らかの処理を考えなければ。

年度末やら引越しやらで論文作業はちょっとペースが落ちそう。

(2005-03-26)

引越しの準備。行き先は和田山町。

(2005-03-27)

明日の生態学会の自由集会(W17)で発表する準備に追われている。いつものごとく、もっと早く準備しておけばよかった、と思いながら準備。

Rubyを使ったシステムを動かそうとしたらなかなかうまく動いてくれない。Rubyはしばらく使って無かったので、動かすのに一苦労。

(2005-03-29)

相変わらず年度末と転勤のためバタバタ。でも生態学会の自由集会(W17)も終わり、気分的にはちょっと一息。仕事もなんとなく目処がついてきた。

(2005-03-30)

自分用のメモはいつになったら消せるのか？ここ数日は全く論文作業に手をつけることができず。

通勤の電車の中で「葉の寿命の生態学」という本を読んでいる。葉の生理的な話だけでなく、生態的な戦略にもところどころで述べられていて、すごく面白い。

「草木を見つめる科学―植物の生活史研究」は読んでいないが、面白そう。

(2005-03-31)

失敗知識データベースがあって、科学技術分野の事故や失敗の知識と教訓が載っている。確かに失敗や間違いから学ぶことって大事だ。

(2005-04-03)

引越しの第1弾。荷物の大半が書籍や学会誌。新しい住まいは広くて、さらに収納スペースがたくさんある。でも、これに甘えてものを増やしすぎると次が大変なので、できる限り手放せるものは手放すことにした。書籍では一般書は古本屋に売ることに。この前の引越しでは、ダンボール2箱分を売って1000円ぐらいだったような記憶がある。今回もダンボール1箱か2箱程度売る予定。

(2005-04-04)

荷物の移動後にダンボールを明けて中身の整理をしていて、昔に書いた文章を見つけた。なんと生意気な文章を書いてたことか。自分自身で読んで恥ずかしくなる。

(2005-04-06)

「残業しない技術」という本がある。転勤先は仕事量が多そうなので、読んでおくか。前の職場は電車通勤だったので、通勤時間を有効活用して結構本や論文を読んでいた。新しい職場は自転車通勤するので、読書の時間が減りそう。

論文の書き方関係で、「理科系のための入門英語論文ライティング」と「うまい!と言われる科学論文の書き方―ジャーナルに受理される論文作成のコツ」という本が出ている。本屋に行く時間が無いので中身は見ていないが、タイトルを見る限りなかなかよさそうな感じ。

ここ1週間で見た花：コバノミツバツツジ・ノゲシ・セイヨウタンポポ・オオイヌノフグリ・カラスノエンドウ・キュウリグサ・ソメイヨシノ

(2005-04-09)

引越しに伴う作業がたくさん。住民票の異動とか荷物の整理とか。本はほとんど新しいところに持っていったが、それ以外の荷物もたくさんある。捨てるべきものが本当にたくさんある。

(2005-04-10)

植生調査のページから研究テーマの見つけ方と初めての論文の探し方をリンクしている横浜国立大学の小池さんのページに「生態学とGIS」講演会の内容というのがアップされている。一見の価値あり。小池さんの作られている「みんなでGIS」はフリーのGISソフトだ。

植生調査のページのGPS受信機の項目にGPS受信機の比較表リンクを追加。

3月末に大阪であった生態学会の自由集会計算生態学の当日資料がアップロードされている。見に行けなかったのは残念だが、資料だけでも大まかなところは理解できた。

(2005-04-11)

今週はネットにつながらないので、更新はまとめてだ。

今年初めてタムシバが咲いているのを見た。去年よりも少し遅いような気がする。

今日見た花：タムシバ・コバノミツバツツジ

(2005-04-13)

ようやく新しい職場や環境に慣れてきて、生活が安定してきた。論文作業を再開。今日見た花：カスミザクラ・ムラサキケマン

(2005-04-14)

職場は家から近いので、自転車で通勤。久々に自転車をこいだ。ここ数年の体力低下を実感した。

今日見た花：タムシバ・コバノミツバツツジ・ヤマザクラ・カスミザクラ・ムラサキケマン

(2005-04-19)

新しい家の電話が使えるようになったので、無料のプロバイダを使ってダイヤルアップでつなぐことにした。ここ数年はADSLを使っていたので、久々のナローバンドだ。WindowsXPをのせているパソコンでダイヤルアップをしようとしたが、設定方法が良く分からなかった。当面はWindows98のパソコンでダイヤルアップの予定。

今日見た花：ムラサキケマン・ヒメウズ・シハイスミレ・スミレ・ウリカエデ・キランソウ・セイヨウタンポポ・シロバナタンポポ・コバノミツバツツジ

(2005-04-20)

やっぱりダイヤルアップは遅い。でも、日記の更新とメールの確認は毎日できるので、無いよりはまし。

今日見た花：ヤマブキ・キブシ・ウリハダカエデ・キランソウ・タムシバ

(2005-04-22)

久々にテレビのある生活をしている。油断するとテレビをつけっぱなしにして、だらだらと見てしまう。ただ、ラジオがほとんど入らない環境なので、テレビを切るとやたらと静かになってしまう。

今日見た花：オドリコソウ・カキドオシ・キランソウ

(2005-04-23)

生物多様性を保全しなければならないということを前提として、多くの研究が行われている。一般の人でも生物多様性の重要性を分かってくれる人はいるが、そういう人ばかりではない。「生物多様性はなぜ大切か?」という本がでたようだ。分かりやすくて論理的にもきっちりとした本だったらいいのだが。家の近くに大きな本屋が無いので、手にとって見ることはできないかも。

今日見た花：イカリソウ・クサイチゴ・アケビ・ウワミズザクラ・マルバアオダモ・ウマノアシガタ・コンロンソウ・サルトリイバラ・ヤマブキ・キランソウ・ツボスミレ・タチツボスミレ・シハイスミレ・スミレ・ヘビイチゴ・ノヂシャ

(2005-04-25)

ようやく生活のリズムが整ってきた。荷物はだいぶ整理したが、まだちょっと残っている。

画像を取り込もうと思って複合機のスキャナ機能で取り込んだ。ちょっとだけだが、どうも画像がいがんでいる。自動用紙送りで読みとりでやると、何度やってもいがむので、ガラス面に直接紙を置いて取り込んだ。でもまだいがむので、原稿を確認したら、原稿がいがんでいた。そらいがむはずだ。

今日見た花：フジ・クロバイ・ヤマザクラ

(2005-04-26)

イソヒヨドリがいい声で鳴いている。本当にいい声なので一度聞いたら忘れない。

今日見た花：シャガ

(2005-04-27)

ADSLが開通。無線LANを使いたいが、現状では有線のみ。ダイヤルアップと比べるとすごく快適。

今日は夏日だった模様。道路沿いに表示されている温度で27度というのがあったがあまり信用してなかった。テレビの天気情報を見て本当だったんだとわかった。今日見た花：ニガナ・シャガ・ヤブツバキ・ヤマザクラ・ヘビイチゴ・ヤマブキ

(2005-04-28)

前の職場と今の職場ではトイレまでの距離はそれほど変わらなが、前よりも遠く感じる。ただ、前の職場ではフロア全体の中では中間かやや遠いぐらいの位置だったのに、今の職場ではフロア全体の中で一番遠い位置だ。絶対的な距離よりも相対的な距離の方が、心理的な距離の方に近い。

今日見た花：コバノガマズミ・クサノオウ・キツネノボタン・カキドオシ・オニタビラコ・キランソウ

(2005-05-01)

もう、5月になってしまった。早い。

連休を利用して引越し荷物の片づけを終えた。本は開架図書(約150冊)とダンボール書庫(約300冊)に分けて、それぞれどんな本があるのかをテキストファイルに入力した。古本屋に売る本(約100冊)も、どんな本を読んだのかを記録するためにテキストファイルに入力した。

今日見た花：フジ・ヤマフジ

(2005-05-02)

Y.HADA'S Home Pageには多くの植物が紹介されてる。結構頻繁に更新されているので、新しく登録された植物を見るだけでもだいぶ勉強になる。また、カヤツリグサ科植物図鑑も写真がたくさんあって充実した内容だ。

(2005-05-03)

天気が良かったので、家の近くの糸井渓谷に行ってきた。大学時代の先輩から大きなカツラがあるということを聞いていたので、そのカツラを見て、さらに東床ノ尾山の頂上まで登った。去年の台風の影響があって道はかなり荒れていたが、気持ちのいいトレッキングだった。

今日見た花：フデリンドウ・ヤマルリソウ・クロモジ・キランソウ・オオカメノキ・ウリハダカエデ・ムラサキサギゴケ・ヤマブキ・フジ

(2005-05-04)

生態学関連の本で生態学―個体・個体群・群集の科学・生態学事典・植物生態学が少し前に出版されている。それぞれ良い本だが、ちょっと値段が高いのでまだ購入していない。余裕のあるうちに近いうちに買っておきたい。

引っ越したところはこの4月になって町が合併して市になったので、新しい市長の選挙がある。名前の連呼がうるさい。

(2005-05-05)

フリーの英和翻訳ソフトでYamato英和.NET Liteというのがある。オフラインで使えるので、使ってみる価値はありそう。

一昨日、糸井渓谷に行ったときに特徴的な声で鳥が鳴いていた。アカショウビンかと思ったが、断定するほどちゃんと聞いたことが無いのでわからなかった。家に帰ってから日本野鳥大鑑のCDで聞きなおしたところ、アカショウビンの声で間違いなさそうだった。

家の近くのスポーツセンターにプールがあるので行ってきた。泳ぐなんて何年ぶりだろう。ちょっと泳いだだけだが疲れた。

日本生態学会誌の第55巻の29-50頁に「群収集合に影響を及ぼす要因」という総説が載っている。生物多様性の研究者は読んでおいた方がいい総説だと思う。ただし、内容が抽象的で難しいので理解するのには少し時間がかかる。

(2005-05-08)

ゴールデンウィークが終わってしまった。部屋の片付けは予定どおり終了。論文もほぼ予定どおりかけた。草稿完成まで、後もう少し。

今日見た花：トチノキ・キリ・オカオグルマ・ヒメウツギ・カキドオシ・ニガナ

(2005-05-09)

もう一息。

今日見た花：クサノオウ・クサフジ・オオカワヂシャ・ホオノキ・カラスビシャク・オニタビラコ・アカツメクサ・シロツメクサ

(2005-05-10)

ひとまずできた。2週間ほど寝かそう。寝かしている間に別の論文を書く予定。

今日見た花：シャガ・タニウツギ・コガクウツギ・イヌガラシ・ホオノキ

(2005-05-11)

前の職場は電車で通勤していたので、通勤途中に結構本を読んでいた。今は自転車通勤をしているので、毎日定期的に本を読む習慣が途絶えてしまった。 Geographical EcologyとThe Theory of Island Biogeographyを買ったが、読むだろうか？ちなみに、この2冊を買ったのは国立環境研究所の竹中さんのホームページの過去の様子に影響を受けたから。前書きだけでもちゃんと読もうと思う。

今日見た花：キリ・ホオノキ

(2005-05-12)

ここのところ図面作業をすることが多く、仕事でJw_cadを使っている。使い始めは使いづらかったが、慣れてくるとだんだんと作業が早くなって、うれしい。職場の人が持っているJw_cad4徹底解説を参考にしつつ、あとは直接人に教えてもらったり、自己流で試行錯誤したり。

(2005-05-13)

ウツギがもうすぐ咲きそう。職場の草地にたくさんネジバナがある。ちょっと刈り取られたりしているど、もうすぐしたらたくさん花が咲いて綺麗な景色になりそうだ。

今日見た花：コウゾリナ・ヒメジョオン・キツネノボタン・オドリコソウ・ウマノアシガタ・ジャケツイバラ・トチノキ・ノイバラ・ヒメヨツバムグラ・タニウツギ・コガクウツギ

(2005-05-16)

Rのページのテーブルからデータフレームへの関数についての覚え書を追加。
Rに関する書籍を本の紹介に追加。

今日見た花：ハルガヤ・ミズキ

(2005-05-18)

ちょっとあたたかくなってきたからか、夜には家の周りで虫やカエルがないている。

今日見た花：タジマタムラソウ・ホオノキ・タニウツギ・ジャケツイバラ

(2005-05-20)

仕事でもそうだし、研究でもそうだし、いろいろな場面で手作業をしなければならないことがある。その中には自分で頭を使いながらでないとできない作業もあるが、データさえ作っておけば作業を自動化できるものがある。今日はエクセルのVBAマクロで作業を自動化できるようにした。多少の苦労はあっても手を抜くための苦労は惜しまない()やっぱり作業を自動化できるとうれしい。

今日見た花：マツヨイグサ・コナスビ・カナメモチ・アズキナシ・タニギキョウ・コウゾリナ・キリ・タジマタムラソウ・ホオノキ・タニウツギ・ジャケツイバラ・バラ科の何か(その葉)

(2005-05-22)

最近、下のようなごみメールがよく送られてくる。英語で「3%」と大文字の「STOP!」が目印ですぐにごみメールとわかる。
subject:Your order: 7934025. You have been refunded.
Hello,
You have been chosen to participate in an invitation only limited time event!
Are you currently paying over 3% for your mortgage? STOP! We can help you lower that today!
Answer only a few questions and we can give you an approval in under 30 seconds ? it’s that simple!

今日見た花：ヤマボウシ・ニワゼキショウ

(2005-05-24)

ポインティングデバイスはキーボードから手の移動距離の少ないトラックポイントやトラックパッドが好きだが、職場でJW_CADを使っているので、職場ではマウスを使うことが多くなった。ただ、機械式のはすぐに動作の反応が悪くなる。メンテナンスの問題もあるだろうが、やっぱり光学式のマウスが欲しい。BOMU-SDB USB対応光学式マウスとELECOM MP-066GT 光学式マウス対応マウスパッドは安くてよさそう。

(2005-05-26)

家の裏にあるコンクリートの庭(？)からノブドウが生えているのを発見した。コンクリートのちょっとした隙間から良くはいているものだ。根元を見ると切られた後があった。たぶん前の住人が切っていたのだろう。

(2005-05-27)

ViXを使ってデジカメでとった写真の整理をしている。ここのところわりとよくアップしている花の写真もこれで生理している。わりと使いやすいソフトであるものの、画像ファイルに直接コメントを書き込めないのが唯一の弱点。それさえクリアすれば、ほぼ完璧だ。
GPSで位置が分かるものは、さらにカシミール3Dのデジカメプラグインで位置を落としている(植生調査のページのGPS受信機を参照してください)。

今日見た花：ノイバラ・ウツギ・ガマズミ

(2005-05-29)

Rでロジスティック回帰による分析をやった。ロジスティック回帰の手法は内容は大体分かっていたものの、実際に使うのは初めてだ。使ってみてより理解できるようになった。Rでのロジスティック回帰分析手法はThe R Bookの第13章に載っている。備忘録としてRのページに手法の説明を追加。

今日見た花：ヤマツツジ・コガクウツギ・ヒイラギソウ・ヤブデマリ・ハクウンボク・タニウツギ・ウツギ・ウラジロウツギ・ヤマムグラ

(2005-05-30)

植物屋の覚え書きが毎月着々と更新されている。月1回とはいえ確実にしかも有用な情報を提供するのはすごいことだ。

(2005-05-31)

日々粗忽の2005-02-21のところに書かれているようにデジカメは簡易ルーペとして使えそうなので、試しにウツギの星状毛を撮影してみた。結構使えそうなので、植生調査のページにその旨を追記した。

だいぶ前に書いていた植生学でデータ解析ソフト"R" を利用すると説明用の図(どちらもPDFファイル)をアップロードした。でもまだ未完成品です。

(2005-06-01)

川と森の生態学という本が面白いらしいということを聞いたので、早速たのんでみることにした。

(2005-06-02)

たつをのChangelogを時々見ている。有用な情報が結構あります。

その１：ライブドアのスクロール地図はスクロールして使いやすい。反応速度は速くて、実用に耐えそう。

その２：もんたメソッドは面白そう。もんたメソッドとはこのように隠し文字をクリックすると表れるようになるものらしい。

(2005-06-04)

久々に論文用のノートを開いたら、まるまる5月は書き込みをしていなかった。パソコンで作業をしていたというのはあるが、論文をまともに書く時間をとれなかった。とはいっても、時間は自分でつくるものだ。

ThinkPadのキーボードの右上あたりのキーがどうも打つとやや変な音を発するようになった。購入してまだ1年も経たないのに、ThinkPadの長所であるキーボードがおかしくなったかと心配していた。そのまま使っていたのだが、パソコンを動かすとどうもパソコンの下に何か小さなものが挟まっているようだ。よく見るとパソコンのねじであった。だいぶ前に遊びでパソコンの中身を見ようとして分解したときにねじが完全にしまってなかったのが原因で外れてしまったようだ。

(2005-06-06)

Rはグラフを簡単につくれるのがよい。解析途中のデータを plot(...) と入力するだけでそのときの状態を図示して眺められる。眺めてみると数字だけではなかなか分かりにくいことが分かってくる(ことがある)。作図は自動での繰り返しをすれば同じ形式の図をたくさん作れる。例えば、調査地点ごとの図を作ったり、解析の対象とする種を分けて作図したり、いろいろと本当に便利。このおかげで、新たな解析の方針がでてくることがある。

国立環境研究所の竹中さんがRで自動図化という文章を執筆されているようだ。たぶんR初心者の人でも使えるようになるような気がする。

(2005-06-07)

そろそろ入梅かと思いきや、まだもう少し先のようだ。

今日見た花：ウツギ・ドクダミ・ササユリ・テイカカズラ・ソヨゴ

今日見た実：ヤブヘビイチゴ・サルトリイバラ(未熟)

(2005-06-09)

しばらく前に買ったGeographical EcologyとThe Theory of Island Biogeographyの前書き部分だけを読んだ。意味を知らない英単語がたくさん出てきたので、眠くなってしまった。

今日見た花：ホタルブクロ

(2005-06-10)

本当に暑くなってきた。「別のやつ」がほぼできてきた。寝かせている論文はちょっと寝かせすぎか？

今日見た花：ドクダミ・ノアザミ・クリ

(2005-06-13)

Rは図の細かいところまでいろいろと指定できるので便利だ。でも凝りだすとそれなりに時間がかかる。

今日見た花：ユキノシタ・サワギク

(2005-06-14)

職場への通勤は自転車で行っている。行きはいいのだが、帰りにすごい数の虫にあたってしまう。特に道が水田にはさまれているとこはおびただしい数の虫がいる。口に入ってくるのは、口を閉じておけば問題ないが、目と鼻はどうしようもない。

今日見た花：ナンテン・ドクダミ･ヤマツツジ・ヒメジョオン・クマノミズキ

(2005-06-15)

しばらく前に秀丸でRというマクロを作った。はじめは結構使っていたが、思ったほど便利ではないように感じたのであまり使ってなかった。でも、図を作るだけのときはわりと便利なので、ここのところまた使っている。ちなみに、実際に使われているかどうかは別にして、秀丸エディタマクロライブラリで見てみるとそれなりにダウンロードされているようだ。

Rのページに秀丸でRのことを書いていなかったので、追加した。ついでに複数の図を書く方法を追加。

(2005-06-16)

昨日Rのページに追加した複数の図を書く方法を修正。昨日のは複数のページにわたるものは考えていなかった。今回は複数のページにわたるものでも可能にした。それと、不足していた説明を追加。

(2005-06-17)

Statistics: An Introduction Using R(ハードカバー版)という本があるようだ。英語なので読むのはかなり時間がかかる。欲しいが買ってもゆっくり読む時間はなさそう。

(2005-06-18)

Rで作る図は大きく分けて2種類ある。ひとつは、データの概要を見るためにとりあえず作る図。もうひとつは、清書のための図である。ひとつめの図はplot()という関数などを使えば簡単にできるし、ふたつめの図は作図環境を細かく設定していけば綺麗なものができあがる。ただし、清書の図面の段階でいろいろと機能を付け加えていくと、継ぎはぎが増えてきて、変数がどれがどれか分からなくなってしまうことがある。プログラミング中のコメント(=自分へのメモ)は大切だ。

Rのページの複数の図を書く方法をまた少し修正。

(2005-06-19)

忍者ツールズのアクセス解析を導入してみた。無料のわりにいろいろと分かって面白い。画面の左上に変なものがついていると思いますが、気にしないでください。

今日見た花：コアジサイ・クマノミズキ

今日見た実：ナガバモミジイチゴ

(2005-06-21)

アクセス解析をしていると、予想もしていなかった検索のキーワードが分かってくる。

帰宅の途中に虫が多くて虫が目や鼻にたくさん飛び込んでくるので(2005-06-14)、帰り道のルートを変えてみた。そしたら、だいぶましになった。

今日見た花：テイカカズラ・ドクダミ・クマノミズキ

(2005-06-22)

クマノミズキの花がちょうどたくさん咲いている。卒業論文の対象植物としてクマノミズキを少し調べていたので、結構この時期は気になる。それにしても花の咲いている時期っていうのは、普段目立たない植物でも結構目立つ。タムシバなんかも好例だろう。

しばらく前にたのんでいた川と森の生態学―中野繁論文集がやってきた。時間があれば少しずつ目を通していこうと思う。

今日見た花：クマノミズキ・ネジバナ・ノグルミ・テイカカズラ・ドクダミ

(2005-06-23)

毎週木曜日の午前11:30から職場のパソコンでウイルスチェックが作動する。そのため15分ぐらいはパソコンの動きが遅い。お腹が減ってきて、あんまりタイミングが良くないときに作動するので、結構いらいら来てしまう。管理者権限がないと設定は変えられないので不便だ。

(2005-06-24)

RwikijpのエディタでRにTinn-Rというエディタが載っていた。早速ダウンロードして少し使ってみた。なんとなくだが、使いやすそうな感じ。普段は秀丸エディタしかエディタとして使ったいないが、Rだけだったらこれを使ってもよさそう。

(2005-06-24)

直観でわかる数学というのが面白そう。近くの本屋で探そう。でも、大きな本屋ではないのでおいてないかも。

google mapsのSatelliteはすごい。去年行ったカナリア諸島のテネリフェ島の最高峰(スペインでも最高峰)へのケーブル乗り場までしっかり見える。ただし、場所によっては画像の精度がやや劣る(参考図：画像の上下で精度が違う)。

(2005-06-27)

256MBのUSBメモリにKNOPPIXをインストールした(インストール方法)。無線LANは使えないけど、有線のLANだったら使えそう。LINUXはほとんど使ったこと無いので、使い方は良く分からないが、とりあえず非常用においておこう。RとかTeXとかも入っているKNOPPIX/MathがUSBメモリから起動できたらいいのだが(自分でカスタマイズすれば可能だろうがやり方が良く分からない)。

今日見た花：クマノミズキ・ウツボグサ・ネジバナ

(2005-06-28)

ヤマモモが実をつけていた。近くだったら取って食べたのに、遠くで取れなかった。残念。そういえば引越し前の住宅の敷地内にはヤマモモがあって、取り放題だった。

(2005-06-29)

他のプログラムでも同じだろうが、Rでデータ解析をしていると、思いつきで変数の名前をつけてしまって、後々ではわけが分からなくなる。特にデータ解析のプログラム全体を通して変数名を使っていると、変数が10個も20個にもなってごちゃごちゃになって全体の見通しが悪くなる。

ここのところそんな傾向があったので、汎用性の高い部分は関数としてまとめた。関数としてまとめることで、一時にだけ使う変数を減らすとともに、プログラムの見通しをよくすることができた。それに、後から手直しをするときも楽になるはずだ(たぶん)。

(2005-06-30)

昨日に引き続き、プログラム全体の方針を変えて、よく使う命令の集合を関数にする作業。

川と森の生態学―中野繁論文集を少しだけ読み始めた。確かにこれは面白い。論文の書き方の参考にもなる。

(2005-07-01)

月末になると植物屋の覚え書きが更新されるのが楽しみになって見に行く。6月は30日に更新されていた。それにしても毎月更新していて、(いい意味で)すごくマニアックなネタが尽きないものだと感心する。

今日見た花：チョウセンアサガオ？・アカメガシワ(おまけ：アカメガシワの花についていたゾウムシの中間)

(2005-07-02)

最近導入したり、導入しようかと検討しているアプリケーションなど

USB Linux：各種USB起動のLinuxたち。

Autoruns：Windowsを起動したときに自動実行されるソフトを一覧表示する。無効にすることもできる。

PrimoPDF：各種アプリケーションからPDFファイルを作成可能。仮想プリンタとして動作。

MigemizeExplorer：エクスプローラでインクリメンタル検索を可能にする。

(2005-07-03)

ウバユリが花茎を伸ばし始めている(写真)。今ついている葉はロゼットではないが、ほぼ同じ高さのところから生えている。上からみると葉の重なりも隙間もあまりないのがよくわかる(上からの写真)。うまい具合になっているものだ。

今日見た花：ネムノキ・タケニグサ

(2005-07-04)

山に行ってヤマビルにやられかけた。雨のときは特に注意が必要。しばらく前に近くの山に登ったときは同居人の方がヒルにやられました。

川と森の生態学―中野繁論文集を引き続き読書中。

群馬大学の青木さんの作られた折れ線回帰を使って解析。

(2005-07-05)

Rでの同じ軸を使って複数の図を書く方法の説明を修正。

ここのところRを使って加工する前の生データの特性を見るべくグラフをたくさん作るようにしている。その結果として、データの色々な側面が見えてきて面白い。

これに対して、DCAやCCAなどの環境傾度分析はなぜかあまり使う気にならない。直接的には詳しい使い方を知らないからだ。ただ、使う気になればRなどのソフトで簡単に実行可能だし、計算方法は勉強すればよいだけのことだ。それより根本的な理由として、間接環境傾度分析の結果を現実の生物群集の生息している空間にもどして考えにくいからのような気がしてきた。また、環境傾度の1軸と現実の環境傾度(例えば標高)とは非常に高い相関があったので、1軸はその環境傾度を示しているという解釈をすることがある。それならば、そもそも直接環境傾度でその環境傾度を軸にして解析すればよいと思う。あるいは単純に一般化線形モデル(あるいは重回帰分析)で解析する方法がある。ただし、手探り状態の探索的な解析としてDCAやCCAなどを使う有効性はあると思う。

(2005-07-07)

職場のシバ草地にたくさんあったネジバナは一旦芝刈りをされてしまって、激減していた。それでも中には被害を免れて花をつけているものがある。成長が遅めのものの方が助かったという感じ。

今日見た花：ネジバナ(ねじれの多い花序とねじれの少ない花序)・ヤブジラミ・ネムノキ

(2005-07-08)

Rで図を描画するための自分用の関数を作るとき、どこまでを関数で決めてしまって、どこからを変更可能なものにしておくかを迷う。汎用性を持たすためには、あまり決めない方がいいけど、いろいろと決めてしまった方が個別の解析には便利だ。

(2005-07-09)

統計について分からないことがあるとまずは、おしゃべりな部屋で調べる。Googleで調べても多くの場合はこのページの中のどこかが引っかかってくることが多い。さらに、この中のR による統計処理でRの関数がたくさんあるので、そのまま実践的に使うことができて便利。今回も共同研究者のやり取りの中でいろいろな疑問が出てきたが、このページの内容でかなり勉強した。

(2005-07-11)

CopitXを使うと、普段はコピーできない文字列(例えばウィンドのタイトルやアプリケーションからのメッセージやボタンの文字列など)をコピーできる。常に使うわけではないが、あると便利なソフトだ。

今日見た花：ネムノキ・タケニグサ・ネジバナ

(2005-07-13)

ここのところ、都会から離れて暮らしていることを実感している。

例えばお酒。飲み会が圧倒的に少ない。少ないというよりほとんどない。家でも全くといっていいほど飲まない。ビール350ml缶の半分くらいで酔っ払ってしまう。

例えば本。大きな本屋がないので、手にとって本を見ることができない。メーリングリストなどで情報が流れてきても本当にいい本かどうかは判断できないので、知り合いからの情報に頼るしかない。それでも、メールやネットという情報源があるので、しばらく前と比べたら大違いだ。

(2005-07-14)

使ってないけど、Google アラートって使いようによっては便利かもしれない。

自己紹介を更新(「和田山へ」を追加)。

今日見た花：ツユクサ・リョウブ・ヤブカンゾウ・ネジバナ・ネムノキ・タケニグサ

(2005-07-15)

群馬大学の青木さんのRによる統計解析には有用なRの関数が満載だ。最近では共分散分析のRの関数を使った。

R言語による統計学も参考になる。その中ででてきているGraphvizというソフトは面白そう。ただし、日本語の表示には少しややこしい設定が必要だ。具体的には、入力ファイルをUTF-8で保存して、filenameの設定で日本語フォントを指定することが必要。

(2005-07-19)

続・わしの頁にある「R・勉強会」のPDFファイルがRの入門編としてすばらしい。

今朝、ちょっといいことを思いついた。が、メモし忘れた。夕方に思い出そうとしたら思い出せない。単に寝ぼけていただけか？

今日見た花：ノリウツギ・リョウブ・タケニグサ・クサノオウ・ツユクサ

(2005-07-20)

九州大学の矢原さんが書いておられる Y日記の2005年07月20日に「植物種の多様性を決めるのはニッチ分割か中立過程か？」という文章がある。ウィーンで行われている学会での内容がメモとして書かれている。一流の研究者が書いているメモを読めるというのは幸せなことだ。

(2005-07-21)

日本の哺乳類という本があるようだ。ちょっと高めだが、これで日本にいる哺乳類がほぼ分かるのならば、それだけの価値有りか。

一昨日の朝に思いついたことは、寝ぼけてたわけではないことがわかった。かといって、それほどすばらしいアイデアでもなかったので、実行はせず。とりあえず、パソコン上にメモだけ。

Rのページに因子オブジェクトに順位をつける方法を追加。

今日見た花：カワラナデシコ・ヤブカンゾウ・リョウブ・タケニグサ・クサノオウ・ツユクサ

(2005-07-22)

The R tips -データ解析環境Rの基本技・グラフィックス活用集-を参考にして関数を作った。でも、確認してみるとうまく動いていないことが分かった。当然作り直したのだが、よく考えて作ったら、より高機能なものをより簡単に作ることができた。

便利系ソフトのメモ。Jpeg Resizerは指定したファイルサイズに収まるようにJPEGの圧縮率を自動調整してくれる。ファイルサイズに上限がある場合に、圧縮率を試行錯誤しなくてもよいので便利そう。Renamixはファイル名の変更ソフトで、正規表現(参考：サルにもわかる正規表現入門)が使える。

Rのページに植生調査データの中から地点ごとの優占種を抽出する関数を追加。

(2005-07-24)

私事ですが、昨日は人生の節目となる日を迎えました。たくさんの方々にお集まり頂いて感謝しています。また、ご祝辞、楽しいパフォーマンス、スピーチなど、心温まるひとときを過ごすことができました。司会・幹事など、お手伝いをしていただいた方には大変お世話になりました。本当にありがとうございました。これからもお世話になると思いますが、どうぞよろしくお願いします。

(2005-07-25)

しばらく前から導入している忍者ツールズのアクセス解析の結果まとめ。このページに来られた人がgoogleなどで検索した単語で10回以上のもの：R(半角)・統計・統計解析・グラフ・Ｒ(全角)・エクセル・データ解析・解析・統計解析ソフト・植生調査。予想以上に統計解析やRの関係が多い。そのほかで健闘しているのが、ファーブル(9回)・顕微鏡(7回)。ほかではあまり出てこないのだろうか？

植物群落モニタリングのすすめという本が出版されたようだ。本屋で実物を見たいが、近くに大きな本屋はない。大都会との違いを感じる。

モリアオガエルがいた。手足の吸盤がすごい。そういえば子どものときに「○○のふしぎ」というような感じの本をよく読んでいたのを思い出した。そのときにモリアオガエルの話もあったような気がする。

今日見た花：ヘクソカズラ・ネムノキ・タケニグサ

(2005-07-26)

北海道大学の久保さんが書かれた統計学の解説文書、生態学研究で得られたデータを解析するための統計モデリング -- 理解できる統計学めざしてと「検定」の使われかたを観察してみる -- 「検定」ってそんなにエラいのか?は分かりやすくて面白い。

今日見た花：ヒヨドリバナ・タケニグサ・ホタルブクロ

(2005-07-28)

群馬大学の青木さんのRによる統計処理には有用な関数がたくさんあるのは知っていたが、類似度指数や多様度指数があるのは知らなかった。

今月の植物屋の覚え書きはアレチムラサキがアップされた。

いろいろと問題はあるようだが、容量が1GBもあるGmailは便利だ。GMail Driveというのを使えば、10MBという1ファイルあたりの制限はあるものの、ローカルディスクのように使うことができる(参考：GMail Driveの解説)。なお、Gmailを使うには、招待状によってアカウントを取得しなければならない(参考：簡単に招待状が取得できるFree gmail inviter)。

(2005-07-30)

graphvizを使うと、描画ソフトを使わずに簡単に構造図みたいなものを作成できる(ウェブ上でやってみる：Ajax/Graphviz)。言語はdot言語というものを使うらしい。dot を使ったグラフ描画の22ページ以降にある例を見れば、込み入った図を描くのもそれほど難しくはなさそう。

田んぼ関係の生き物図鑑が多く出版されているようだ。(田んぼの生き物図鑑・ため池と水田の生き物図鑑 (動物編)・ため池と水田の生き物図鑑 (植物編))

(2005-08-02)

画像にフィルタをかけるソフトを探したところ、JTrimとFunFunFilterが使いやすそう。

今日見た花：クサギ・ヘクソカズラ・ナツフジ・オニドコロ・ミソハギ

(2005-08-03)

S-PLUS mini courseというのを見つけた。S言語とRで使うプログラミング言語はほぼ同じなので、Rの初心者によさそうな感じだ。例が少なめなのが、ちょっと残念。このページを読んで、by() という関数があるのを知った。tapply() とほぼ同じ働きのようだ。

舟尾暢男さんが書かれたThe R tipsはすごい良い本だが、同氏がウェブ上に無料で公開されているPDF 版 R-Tips (3Mb，200頁)もすごい充実した内容だ。

(2005-08-04)

国土地理院のページに空中写真閲覧サービスは前からあったが見れる範囲が限られていた。久しぶりに見たら、だいぶ見れる範囲が広がっていたのでびっくり。でも、白黒写真しかない範囲が広いのは残念。ついでだが、地図閲覧サービス(試験公開)の立体視サービスというのも始まったようだ。これは一度に立体視できる範囲が狭いのが残念。もう少し広い範囲を立体視できれば実用にも使えそう。

今日見た花：アキノノゲシ

(2005-08-06)

多重比較についてちゃんと勉強していなかったが、使う必要があるので勉強した。クラスカル・ウォリス検定と線形比較(シェッフェの方法)を組み合わせて使うのがよさそうだとわかった。Rでも計算可能。

ついでに調べたこと。一元配置分散分析は一般的には等分散性を仮定しているため、分散の均一性の検定（バートレットの方法）をしてから使ったほうがよさそうだが、等分散を仮定しないときはWelchの方法による拡張ができるようだ。

(2005-08-07)

Rを使って解析をしていると、前に作ったことを忘れて、同じデータを作ってしまうことがよくある。基礎データがどんなデータかは頭の中に入っている。しかし、加工したデータは結構忘れがち。メモをちゃんと残さなくては。明日の自分は他人だ。

(2005-08-08)

秀丸エディタがバージョンアップされて、さらに使いやすくなった。定期的に使うファイルを履歴に常駐できる機能がついたのと、検索文字列を強調表示できるのが特筆すべき内容。

(2005-08-11)

九州大学の矢原さんのY日記の8月4日の2つ目の話が面白い。最後のところの具体例がないので、ちゃんとは理解できていないが…。

Rのページに関数を追加。

(2005-08-12)

Rのページの関数を修正・追加。

(2005-08-14)

カシミールのGoogle Map プラグインを使うと、カシミールでGoogle マップの地図をみれるらしい。でも、自分のパソコンではうまく動かなかった。

日本高密メッシュ標高セット(10mメッシュ)を見つけた。日本全国全体で10mメッシュだったらと思ったのだが、実質的に10mの解像度があるのは主要な山岳と名古屋・東京ではらしい。他の地域では50mメッシュのデータから生成した地形のようだ。

今日見た花：ハマナタマメ・ハマナデシコ・タカサゴユリ

(2005-08-16)

九州大学の粕谷さんのブログ馬車馬のようにに交互作用と交互作用（その２）という文章がある。「効果が同じ」というときに「差が等しい」のか「割合が等しい」のか場合によって異なる。自分の研究でも同じような事を言いたい場合にも、相応しいのはどちらかをよく考えなければならない。

(2005-08-17)

Moreソフ得！には便利なフリーソフトが紹介されている。このページの作者は朝日新聞のソフ得！を書いておられるようで、そこで紹介し切れなかったものを紹介しているようだ。また、パソコンは買ったまま使うな!―フリーソフトで作る快適環境―という本も出されている。買ってはいないが本屋で少し立ち読みした記憶では、フリーソフトの初心者向けの本だった。

Rのページにsubset で抽出したデータフレームの成分の存在していない level を消去する関数を追加。

(2005-08-19)

読むのが途中で止まっていた川と森の生態学―中野繁論文集をしばらくぶりに読んだ。いい研究をたくさんされていたことがわかる。中野繁氏を偲ぶを読むと、中野さんがどれだけすごい人だったのかが、さらに分かる。

国立環境研究所の竹中さんの「様子」(2005年8月17日)に面白いことが書いてある。僕は「カリン島＿で＿研究」をしている方だと思う。

(2005-08-21)

自分のページを見られた人で、言語設定がインターリングアやタミル語の人がいるらしい。日本語・英語はまだ分かるけど…。これ以外にも英語・中国語・韓国語の人もいるようだ。

RjpWikiの知っているといつか役に立つ(?)関数達で、最近知った技。文字列ベクトルからその簡略形を作る、関数 abbreviate()と、それを応用したデータフレームの変数名を簡略化するという技。

Rのページに連番をつける関数を追加。

(2005-08-22)

九州大学の矢原さんのY日記にある生物学専門書の危機とそれに続く知識のフロー・ストック・オリジナリティは一見の価値あり。

北海道大学の久保さんのぎょーむ日誌を見て、gmail で迷惑メールを転送しない方法があることを知った。早速設定した。秀丸メール(旧名称：鶴亀メール)にも迷惑メールフィルターがあるので、これで迷惑メールへの対処時間がさらに減るだろう。

たつをのChangeLogのアンチ根性と車輪の再発明。なるほど。長い目での労力－成果を考える必要だろう。

(2005-08-25)

多重検定で使うため、Rのページに組み合わせを作る関数を追加。

(2005-08-26)

とりあえず、花の写真のみ。

今日見た花：ソクズ(黄色いのは虫を誘う腺体らしい)・センニンソウ・アオツヅラフジ・クズ

(2005-08-28)

今日も花のみ。

今日見た花：クルマバナ・クズ・ヒヨドリバナ

(2005-08-29)

Google Earthは立体画像が見れるらしい。有料ではGISみたいな使い方もできるようだが、アプリケーションをダウンロードする必要があるようだ。Google Printは書籍の一部を見ることができてすごい。

コウノトリ但馬空港から伊丹空港まで飛行機で行った。一瞬の旅で、離陸したと思ったら、「これから着陸態勢に入ります」というアナウンス。35分の飛行だったらそんなもんだろう。

Rを使っていて、プログラムが思うように動かない。打ち間違いは何度も確認した。文法は間違いない。それでもやっぱり動かない。30分後にようやく分かった。データフレームの成分名とオブジェクト名とで同じものを使っていることを忘れていた。すごい初歩的な間違い。

(2005-08-30)

毎月更新されている植物屋の覚え書き。今月はオオクボシダ。植物の探し方というか植物環境の見方というのが参考になる。

(2005-09-01)

北海道大学理学部のサイエンストピックスにある数学の応用事例-比較言語学への応用(PDFファイル)というのが面白い。細かいところは良く分からないけれども、言語学と統計学について書かれていて、生態学にも同じことが言えそう。

(2005-09-02)

長崎から伊丹空港に帰ってきたら、ちょうど伊丹から札幌行きのJAL便がオーバーブッキングというアナウンスがあった。羽田経由に変更するのに協力したら1万円か7500マイルがもらえるらしい。急いでなければ結構おいしいかも。余裕がある場合は、混雑しそうな早めのフライトを予約しておくと、こういう場合に得をするだろう。でも、いつもオーバーブッキングするとは限らないので、狙ってもなかなかダメだろう。

岐阜大学の澤田さんがいんてこる日記というのを書かれている。モントリオールで行われたINTECOLに参加したときの記録だ。はじめて国際学会に参加されたらしいが、その感動が伝わってくる。次回の第10回INTECOLは2009年にオーストラリアで行われるようだ。

(2005-09-03)

etrexは充電池で動かしている。充電池をケースに入れずに持ち歩いていたのだが、どうもばらばらして使いにくい。100円均一で電池ケースを買おうとしたが見当たらなかった。また別のところで探そう。

Rのパッケージの生態学用のlabdsvというパッケージを発見(参考：圧縮ファイル)。

ついでにVegetation Classification in RとS-Plus/R tutorialという解説文を発見。Individual Species AnalysisがRでできそうなので、うれしい。

さらについでに、Seminar in biostatisticsというのを発見。生態学の基礎を体系的に学ぶための講座の資料のようだ。

(2005-09-04)

DESCRIBING INEQUALITY IN PLANT SIZE OR FECUNDITYという論文にあるGini Coefficient とGini Asymmetry Coefficientはなかなかよさそうな指数であるものの、生態学の分野で使われているのはあまり見ない。群馬大の青木さんが既にローレンツ曲線を描いてジニ係数を求める関数を作っておられるものの、Gini Asymmetry Coefficient は入っていなかった。そこで、Rの関数を作った。

数式の意味を理解しなくても、数式を単純にプログラムに変換するのはそう難しくない。でも数式の意味を理解せずにプログラムを作っていると間違いやすいし、出力結果に対する理解があまりできないように思う。今回のプログラムでは数式を見ているうちに、その中身がだんだん理解できてきて、何をいわんとしているか分かった。

岐阜大学の澤田さんのいんてこる日記と国立環境研究所の竹中さんのR でプログラミング：データの一括処理とグラフ描きをリンク集に追加。

スタイルシートを変更して日付をわかりやすくした。

(2005-09-06)

RのページにIndicator Spcies Analysis を簡単に実行する関数を追加。

(2005-09-07)

大容量のファイルをメールで送るには、メール容量の問題があるので、大きなファイルは無理だ。そこで、無料のファイル保管サービスを使う。今回ちょっと大き目のファイルを送ろうとして調べたところ、Orbium -そらのたま- の無料ファイル転送サービスリンク集にあるようにたくさんあることがわかった。もちろんこれ以外にもあるだろう。

(2005-09-09)

統計解析の中で、何度説明を読んでも分かったような分からないような感じになってしまうものがある。最尤法だ。たぶん、自分で実際に使えば分かるようになるのだろう。そのときのためのリンク：最尤推定法あれこれ

統計関係の最近知った本。

よくわかる実験計画法

実験と評価のはなし

自然科学の統計学

(2005-09-12)

KNOPPIXを本格的に導入しようといろいろと試している。それなりに時間はかかるものの、ウェブ上から100MB単位のファイルをダウンロードできるというのはすごい。MDCalcでダウンロードが成功しているかを確認。isoイメージでCD-Rに焼くものは、cdr_directを使って焼き付ける。

今日見た花：クズ･センニンソウ･ツリフネソウ・ツリガネニンジン・アケボノソウ・キツネノマゴ・シシウド

(2005-09-13)

Linux のインストールがなかなかうまくいかない。最大の原因はフロッピーもCD-ROMも付いていないノートパソコンでやろうとしているから。うまく行かないなりにいろいろと勉強。そのメモリンク。Daemon ToolsはisoイメージをCD-ROMを焼かずに使うためのツール。Debian のハードディスクインストールとVine Linux 3.1 のインストールとLinux日記はハードディスクからのインストールの参考。

(2005-09-16)

4-5日くらいまえから目が痒かったり、鼻がむずむずしていた。2日ほど前から本格的に鼻がむずむず、鼻水が通常よりも大量に出てくる。もしかして、花粉症？ヨモギかブタクサかそれとも他のやつか？

今日見た花・実：ゲンノショウコ・オニグルミ・食べられたオニグルミ・ベニバナボロギク・ダンドボロギク・クマシデ・イヌタデ・コナラ(ゾウムシの仲間にやられている)・チヂミザサ・クマノミズキ(森林から離れているところに果柄ごとあった)・マツカゼソウ

(2005-09-20)

花粉症かと思ったが、違うかも。鼻は時々むずむずするぐらいで、ほとんど治まりつつある。むずむずしていたのは、季節の変わり目だからか。

変“漢”ミスコンテストは結構笑える。自分自身も知らないうちにやっているかも。

今日見た花：ツルボ・キツネノマゴ・ヤマジノホトトギス・ヒガンバナ

(2005-09-23)

友人からメールがやってきた。メールのタイトルや本文に「紹介」や「いかがですか？」という表現があったため、メールサーバーで spam 扱いされていてちょっと受けてしまった。内容はもちろん普通の内容だったんですが。

amazonでThinkPadのトラックポイント・キャップ(ソフト・リム)を頼んでいたのが宅急便で届いた。中身は本の小さなものなのに、専門書の分厚いやつが入るようなダンボールで送られてきた。

今日見た花：バアソブ・ヒガンバナ・アキノノゲシ・アキチョウジ・

(2005-09-25)

鼻がむずむずしたり、しなかったりはかなり日によって差が大きい。外出の有無とは関係ないので、花粉症ではないのか？

運動不足解消のため、久々にプールに行ってきた。今までになく連続して泳いだら筋肉痛になってしまった。

(2005-09-28)

写真の管理にViXとカシミール３Ｄのデジカメプラグインを使っている。ViXは写真のコメントを一括入出力可能であるが、コメントは写真ファイルのExifではなく独自のファイルに書き込むため、写真ファイルを移動したときにコメントがくっつかない。デジカメプラグインは位置情報とコメントをExifに書き込めるものの、一括入出力ができないのとコメントの入力にやや手間がかかるのが難点。最近見つけたPicasaはコメントの入力はそれほどしやすくないが、IPTCというので写真ファイルに書き込まれているようだ。とりあえず、デジカメプラグインで位置情報を、Picasaでコメント入力することにしよう。

(2005-10-02)

パソコンがうまく動かなくなりしばらく復旧作業をしていた。データはもちろんバックアップを取っているので無事だが、時間を浪費してしまった。

Rのページをほんの少し修正。実質的な変更はなくて、関数の改良のみ。

(2005-10-03)

通勤の途中にキンモクセイのいい香りがする。

昨日、Rの関数のページをアップしたときに、このページもアップしようとしたのだが、転送がうまくいかずホームページが見えない状態になっていた。いつもはリンクがちゃんと動いているかどうかを見るのだが、昨日は確認を忘れていたので、転送の失敗に気づかずほったらかしにしてしまっていた。

(2005-10-04)

Germinの純正ケーブルは長くて携帯用に不便なので、短いものが欲しかった。eTrexのケーブルを取り扱っているライトスタッフにメールで問い合わせたら、注文に応じてケーブルの長さが短いものもを作ってもらえるということだったので、20cmのものを作ってもらった。少量であれば、値段はそのままで加工してもらえるとのこと。

(2005-10-05)

PDFの閲覧には Adobe Reader を使っていたが、起動が遅くてイライラすることがあった。Foxit Reader(窓の杜の紹介ページ)は起動が早くて快適だ。日本語を表示させるには、fpdfcjk.binをダウンロードしてプログラムと同じフォルダにおく必要がある。

(2005-10-06)

アマゾンで本を買うことがある。1500円以上なら送料無料なのが、田舎でアマゾンを使う魅力だ。ただ時々、商品の入手に時間がかかることがあるのが難点だ。でも、この前は「誠に申し訳ございませんがご注文いただいた以下の商品がまだ確保できておりません。商品の発送が4~6週間ほど遅れます。」というメールがあった次の日に商品発送のメール通知がきた。いったいどうなっているのだろう？一定期間商品が発送できないと、自動的に遅れる旨のメールを送るのだろうか？

(2005-10-07)

健康診断の結果：胃ポリープ(精検不要)・血糖値119・視力右0.9・視力左1.0・その他異常なし。血糖値は本来なら正常なはずだった。というのは、お腹を空かした状態で普通に採血をした。その後、検査が終わってお菓子を食べていた。ところが、分離に失敗したということだったので、再度採血した。そりゃ食べた直後だったら、血糖値は上がるはずだという当然の結果。

チカラシバは綺麗だが、靴下とかに引っかかると痛い。

今日見た花：セイタカアワダチソウ(咲き始め)・ヒガンバナ(ほぼ終わり)・チャノキ

(2005-10-08)

風邪でダウンしてしまった。楽しみにしていた植生学会に行けなくて残念。しかも、出席すべきところに出席できなくて、ご迷惑をかけてしまいました。すみません。

(2005-10-11)

opuluspressの Journal of Vegetation Science とApplied Vegetation Science は準備中の論文のうちいくつかを無料で見れるようにするサービスを始めたようだ。[Journal of Vegetation Science] - [Table of Contents] - [Issue 16.6, December (In preparation)] という具合に準備中のものをたどるとすべての論文ではないが、無料で閲覧することができる。

今日見た花：ミゾホオズキ・アキチョウジ

今日見た実：ウラジロノキ・クマノミズキ・エゴノキ

(2005-10-12)

Googleローカルと同じようなサービスYahoo!エリア検索が始まった。ただ、地図画面が小さく、地図をカーソルで動かせないのが使いにくかったので、意見を送った。

ゴマナ・クロバナヒキオコシ・アキノタムラソウ・アキノノゲシ・ツリフネソウ・アキチョウジ・オタカラコウ・ナギナタコウジュ

(2005-10-13)

ここ10日間のメールのうち、迷惑メールが約70件ぐらいある。しばらく前まではそれほど来てなかったのに、ここ数ヶ月で極端に数が増えた。秀丸メールの迷惑フィルタとGmailのおかげで受信箱に到達するのは週にひとつかふたつぐらい。

(2005-10-15)

岡山大学の波田さんのページにあるセンブリの説明の中に、千葉県立中央博物館の大野啓一さんの名前が出ている。写真の撮影日時から考えてもこの前の植生学会のエクスカーションのものだろう。ムラサキセンブリもたぶん同じ時のものだと思う。ああ、行きたかった。日ごろの体調管理をしっかりとしよう。

(2005-10-16)

LinuxでMySQLのインストールを実際に作業してみて、Linuxでのrpmによるパッケージ管理がわかってきた。遅まきながらデータベース構築中。

(2005-10-17)

先日、バリ島の植物相をまとめた資料を送ってほしいというメールを頂いた。自分のやったことが何らかの役になっているとすればうれしいことです。ちなみに、メールを送ってきてくださった方はバビルサを研究されているようです。

(2005-10-18)

すぐわかる統計用語を本の紹介に追加。

(2005-10-19)

九州大学の矢原さんが生態学Iのページというところに、授業で使われたスライドを掲載されていて面白い。また、結果が出てから科研費申請書が公開されるのも待ち遠しい。さらに、リンクを張ってある瀬名秀明さんの講義blogは興味深い。

(2005-10-20)

岡山理科大学の波田さんが植生学会第10回大会エクスカーションの様子を書かれている。非常に興味深い内容だ。ほかにも当日の様子がわかるページがあればうれしい(誰か作ってもらえないでしょうか？)。

(2005-10-26)

しばらく日記の更新をしていなかった。仕事がばたばたしていたので忘れていた。それと、神戸方面に泊まりこみでの研修に行っていたため。宿泊先はネットにつながってないので、とても不便だった。

神戸に行ったついでに、久々に献血した。

(2005-10-30)

仕事の関係で休日出勤。朝は早起きして5時ごろに家を出発。久々に前の職場の人たちに会えたのはうれしかった。

(2005-10-31)

ここのところ、手の乾燥が激しい。だんだんと寒くなっているのが大きいかもしれないが、年をとったのも理由のひとつだと思う。仕事で書類を見るときは、クリームタイプの紙めくりを使っている。

(2005-11-03)

今住んでいるところは朝に霧が立ち込めていると、昼前からすごくよく晴れる。内陸部なので、もともと気温の日較差が大きい。これに加えて、夜に晴れていると特に放射冷却が大きいのだろう。

(2005-11-07)

書類が目の前にあるのに、別のところをさがしている。疲れている証拠か？

暗いところでちょっとした光が欲しいときには携帯電話が役に立つ。職場から家に帰るときにはいつも階段の電気が消えているので、携帯電話の液晶の光で照らしながら階段を下りる。プロジェクターを使えために部屋全体が暗くなっているときには、メモを見たり書いたりするのに役立つ。

(2005-11-08)

Amazonが本/なか見！検索というのを始めたらしい。インターネットで検索かつ立ち読みができるというのはすごい。

(2005-11-14)

ここのところ、更新を怠っていた。

いろいろとやらなければならないことがあるが、なかなか時間が取れない。少しずつでも片付けていこう。

(2005-11-16)

職場で昨日からストーブが点火された。家でも点火。天気は雲がたちこめている。但馬の冬を感じるようになってきた。

(2005-12-19)

しばらく更新をしていませんでした。

データ解析をしていると、おんなじことを何度もやっていたり、おんなじようなことだけどちょっと違うことをやっていたりと、自分自身のデータ整理や変数名・関数名のつけ方の統一のとれてないのがいつも感じる。これはファイル名やフォルダ名のつけ方も同じことだろう。何かうまい方法ってあるんだろうか？

昨日は大雪。今日も大雪。さすが但馬だ。

(2005-12-20)

論文を書くとき(他でもたくさん使っているけど)は、秀丸エディタを活用している。別に秀丸エディタでなくて他のエディタでもいいのだろうが、長年使っているのでショートカットキーを手が覚えていたり、他人が作った有用なマクロや自分で作った雑多なマクロを活用しているのが、秀丸エディタを使い続けている理由だ。

最近ではgrepを活用することが増えている。例えば、考察の文章を練るときに、結果で述べた項目・文献で引用できる項目・推論として述べることが可能な項目などをそれぞれ[結果]・[文献]・[推論]として箇条書きの先頭か末尾に書いておく。そこで、grepで「結果」という言葉を含む行だけを抽出すれば、結果の項目との整合性を確認するのが簡単だ。言葉で説明するのは難しいが、grepは複数のファイルを検索するだけでなく、ひとつのファイル内での検索でも検索文字列を含む行を抽出するというのは結構役に立つ。複数のファイル検索以外でのgrepの活用方法についてうまくまとめたウェブページがあれば、メモとしてリンクしておくのだが、今のところ見当たらないのでとりあえず自分のメモのみ。また見つかればリンクします。

(2005-12-23)

大きな本屋が近くにないので実物が見れないが、中身を見たらその場で買うだろうという本が2冊。

はじめてのS-PLUS/R言語プログラミング―例題で学ぶS-PLUS/R言語の基本

日本のスゲ

(2005-12-24)

昨日に引き続き本たち。ここのところ、R関係の本がたくさん出ているようだ。持っているものと知らなかったものも含めて、とりあえずメモ。

データ解析環境「R」―定番フリーソフトの「基本操作」から「グラフィックス」「統計解析」まで

フレッシュマンから大学院生までのデータ解析・R言語

フリーソフトウェアRによる統計的品質管理入門

(2005-12-26)

今日はソフトのメモ。年賀状関係で探している人もいれば、すでに使っている人も多いでしょう。

はがき／ラベル印刷ツール

宛名太郎

データ解析の時に、どうも数字が合わないと思ったら、気づかないうちにデータが落ちていた。地点数や植被率の合計などで常に確認する必要がありそうだ。ちょっと意味合いは違うだろうが、チェックサムのような考え方だ。

(2005-12-27)

ウェブ関係の情報源として利用しているたつをの ChangeLogの作者である山下達雄さんがつくられたYasazon(ヤサゾン)が面白い。アマゾンで検索しても出てこないものが、Yasazon(Yahoo! Web検索経由でアマゾンを検索)で出てくることがあるようです。ただし、単に多く出てくればいいというものではありませんが。例えば下のようなかんじで検索結果が出ます。

「植物生態学」で検索

「生態学」検索

「統計+R」で検索

(2005-12-29)

先日の日記で書いたYasazonをこのページからでも利用できることがわかったので、検索フォームをこのページのちょっと下のところに追加。

(2005-12-30)

久々にMySQLやLinuxをさわっている。文字コードや改行コードがWindowsとは違っていて、なかなかややこしい。とりあえず、データベースへのデータ入力まではできたので、次はRubyとのデータのやり取りだ。年末年始にはなんとかなるだろうか？