松村俊和のページ：日記 / 2007-08

TeXで図を挿入[tex]

TeXでjpgやpdfなどの図を入れようとしたが，うまくいかなかった．Cannot determine size of graphicでググッたら，ArchiveQandA - TeX Wikiというページが出てきた．そうか，bbファイルというのがなかったら駄目なのか．これをいちいち手入力で命令を打ち込むのは面倒だ．マクロとかバッチファイルで処理する方法を考えよう．と思って，いろいろやっていたが，bbファイルを作成してもなぜかうまく動かない．
\includegraphics[bb= 0 0 480 480]{***.pdf}
として，dvipdfmxを使用してdviから直接pdfを作成すればうまくいく．ただ，これはすごくめんどくさいので，またまた別の方法を探して試した．
するとmediabb.styを使って，dviから直接pdfを作成する方法でうまくいった．インストール(というほどではないが)は下記のとおり．

- graphicsパッケージのdvipdfmドライバでpdf画像のサイズを直接取得するからmediabb.styをダウンロード

C:/tex/share/texmf/tex/latex/miscに保存し，/tex/bin/mktexlsr.exeを実行

EPSで図を出力[tex][r]

いろいろ調べてみると，TeXでの画像を挿入するには，EPSからするのが一番いいようだ．そこで，RでEPSを出力する関数を調べた．eps()という関数もあるのかと思っていたが，違った．ちなみに，PDFで出力するのは，pdf()という関数を使う．

dev.copy2eps(file="...", family="フォント名"), width=..., height=..., pointsize=... ) # 出力場所や大きさなどを指定する．
dev.copy2eps(file="| convert -negate - ファイル名.eps") # 色を反転させる

情報源：EPS形式の出力 - RjpWiki

ps(PostScript)を経由する理由[tex]

ワープロユーザーのためのLaTeX入門にはLaTeXのインストール方法から使い方までいろいろと役立つ内容が多い．中でも勉強になったのは，PSファイル経由でPDFに変換する方法を説明した頁だ．TeX -> dvi -> PDFではなく，TeX -> dvi -> ps -> PDFというように何故わざわざpsを経由するのかがわからなかったからだ．画像を扱うには，psを経由しないとできない，あるいは難しいことがあるらしい．

Book Darts[tool]

神戸の文房具屋さんでbook dartsというのを見つけた．薄い金属製の栞で，ここまで読んだというのを矢印で指し示せるのがいい．形もおしゃれだし，実用的にも優れていると思う．

植生学会の申し込み[備忘録][論文]

第12回植生学会(岡山大会)が10月6日(土),7日(日),8日(祝)の日程で開催される．2007年8月17日(金)が参加申し込みと発表申し込みの期限．要旨は必着なので，2日ぐらい前には送付する必要があるだろう．
今年はカヤランのネタで発表する予定．要旨はほぼ完成した．1週間ほど寝かせて，修正をかませてから送ろう．
肝心の本文は第1稿を共同研究者(予定)に見てもらってから大幅に方向転換した．今回の発表に向けて解析をだいぶやり直した．発表内容を詰めながら，論文を書く作業を進めよう．でも，その前にずっと前から書いている英語の論文を書き終えなければ．

Restoration Ecology 15 3[article]

Seed Rain and Seed Dispersal Agents in Pure and Mixed Plantations of Native Trees and Abandoned Pastures at La Selva Biological Station, Costa Rica

Landscape Ecology 22 7[article]

Are hedgerows the route to increased farmland small mammal density? Use of hedgerows in British pastoral habitats

Molecular Ecology[article]

Estimation of the seed dispersal kernel from exact identification of source plants

図や画像を扱う[tex]

TeXで画像を扱う方法はいくつかある．今まで仕組みをよく知らずにいたがちょっと勉強したのでメモ．
通常の文書でRなどで図を用意した場合は，dvi -> pdfというように直接PDFに変換する．

% 図や画像を扱う例
\documentclass{jsarticle}
\usepackage{graphicx}
\begin{document}
\includegraphics[bb=0 0 432 432,width=6.3cm]{d:/.../.pdf}
\end{document}

LaTeX-Beamerを使った場合は，これではうまくいかないので，epsファイルを用意して読み込む．この場合は，dvi -> ps -> pdfというようにpsを経由して変換する．Rで図をepsに出力する方法は，[2007-08-03]参照．
以下，参考にした頁

画像を含む TeX ソースを dviout で印刷すると共に PDF に変換する方法

TeXでjpgファイルを取り扱う方法

TeX入門/図

BibTeXのカスタマイズ[tex]

[2007-05-23]に英語にのみ対応するbstファイルを作ったが，日本語も使えるものを作っていなかった．今すぐは作業しないつもりだが，そのうちに作業をする時のための参考頁．
Making bibliographyとDocument of BibTeX：BibTeXについてかなり詳しい
The publishing TeX (sources)：ftp://ftp.ascii.co.jp/pub/TeX/ascii-ptex/tetex/ptex-texmf-2.4.tar.gzの中に日本語の解説文
bstファイルのカスタマイズ：既存のbstファイルを修正する方法
jecon.bst:経済学用BibTeXスタイルファイル：jeconの解説とカスタマイズ
LaTeX handbook：クラスファイルやbstファイルのカスタマイズについて詳しい
bstファイルの修正(KuboLog)：makebstを使ったカスタマイズのtips
LaTeX覚え書き：LaTeX全般の解説
[2007-05-22][2007-05-23]

BibRef[tex][tool]

あべのりさんのBibRefはbibファイルを閲覧するソフト．BibTeX形式だと見にくいという人にはいいかも．

植生学会誌用のbst[diary][program][tex]

武田史郎さんの作られたjecon.bstをもとにして，自分が使うための(主に植生学会誌用)のbstファイルを作った．もともとのファイルがよくできていて，自分用に使うための修正がしやすい．唯一少しだけ苦労したのは，von Abcという人がいた場合の表示順序を"A"ではなくて"V"のところにするところ．bstファイルを隠しておくつもりはないが，作業が少量である・十分な動作確認をしていない・修正箇所のメモをちゃんとつけていないことからウェブ上には置かない．ほしいという人はメールをください．

ブラックボックス[diary][program]

TeXのbstファイルを修正作業をしていて思ったこと．何故プログラミングが楽しいか？一からプログラムする場合は作る楽しさがある．他人が作ったものの場合は，ブラックボックスの中身を紐解いていくという楽しさがある．基本的にブラックボックスをそのままでおいておくのは好きではない．特に自分が思うように動かないブラックボックスは，気持ちが悪いし，中身を調べてうまく動かしたくなる．また，自分の思い通りに動いてくれるブラックボックスであれば，仕組みを知りたくなる．
何か仕組みのよくわからないことを知りたい，調べたいと思うことは研究にも通じている．

植生学会の発表資料[論文]

植生学会の講演要旨(PDFファイル)を作成した．当日の発表用の資料もいろいろと考えているが，早いうちに用意しよう．

Ecological Modelling 207 1[article]

Changes of species diversity in a simulated fragmented neutral landscape

Biological Conservation 138 3-4[article]

Conservation of grasshopper diversity in a changing environment

Journal of Ecology 95 5[article]

Network properties of an epiphyte metacommunity

Ecography 30 4[article]

Does seed retention potential affect the distribution of plant species in highly fragmented calcareous grasslands?

Global Ecology and Biogeography 16 5[article]

Habitat and climate heterogeneity maintain beta-diversity of birds among landscapes within ecoregions

Latitudinal patterns of range size and species richness of New World woody plants

章などの見出しの調整[tex]

TeXでは章などの見出しの大きさや改行幅などを自動的に調整してくれる．これはclsファイルで設定されているので，自分で気に入らないときは，調整できる．
Tex tips"見出しを変えたい"
四方山節考"前後の空白の調節"

Oikos 116 9[article]

A review of similarity between seed bank and standing vegetation across ecosystems

解体作業[diary]

[2007-08-13]に関連するのだが，そういえば，何かを解体して中身を見ることも好きだ．最近はノートパソコンのキーボード交換するときにパソコンを開けるのが好きだ．子どものころは，壊れた機械(ラジオなど)を解体するのが好きだった．

雑誌の省略形[論文]

[2007-01-07]に書いた以外にも，雑誌の省略形をまとめているサイトがあった．かなり多くの雑誌を網羅しているようだ．

http://library.caltech.edu/reference/abbreviations/

Journal of Biogeography 34 9[article]

Floristic turnover in Iceland from 15 to 6 Ma - extracting biogeographical signals from fossil floral assemblages

picture環境[tex]

TeXで図を描くのにpicture環境というのがある．使ったことはないけど，何かの機会に使うことがあるかも．
参考の頁

http://www.h4.dion.ne.jp/~latexcat/intro/intro12.html (LaTeX 入門)

http://www.geocities.co.jp/HeartLand-Poplar/1240/latex/picture.html (らすてすでいこう)

SIST[論文]

科学技術情報流通技術基準には論文の書き方や引用の仕方の指針が，目的別(「文献を引用したい」「論文を書きたい」「学術雑誌・予稿集を作りたい」「データベースを作りたい」)や対象者別でまとめられている．

PDF出力で背景色を変更[論文][r]

投影資料で，PDFの色を変える場合，Rでは次のようにする．fgで全ての描画色を変更できればいいのだが，col.axis：軸の数値，col.lab：軸の説明，col.main：題名，col.sub：副題で変更しないといけないようだ．

bg <- "darkblue"
fg <- "white"
pdf("d:/test.pdf")
  par(bg=bg, fg=fg, col.axis=fg, col.lab=fg, col.main=fg, col.sub=fg) # 背景を濃青，その他を白に設定
  plot(rnorm(100), rnorm(100))
dev.off()

下のような関数を定義しておけば，便利かもしれない．

par.col <- function(bg="darkblue", fg="white"){
  par(bg=bg, fg=fg, col.axis=fg, col.lab=fg, col.main=fg, col.sub=fg)
}

ConcatPDF[tool]

[2006-04-16]と[2006-04-21]に書いたConcatPDF．最近CUI(DOS窓)でも使えるということを知った(ConcatPDFのヘルプ)．こういう使い方ができると，いちいちマウス操作をしなくても，バッチファイルを作っておけばいいので便利．
具体的には学会の発表用の投影資料を作っている．このときに，うまくTeXからPDFの読み込みができなかったりしても，Rで作成した図をConcatPDFで結合する予定．