松村俊和のページ：日記 / 2009-07

ポメラ[tool]

この前，都会に行ったときにはじめてポメラを触ってきた．これはなかなか良さそう．値段が安ければ(5000円ぐらい)いいのに．

ほぼ修正完了[進行状況]

要修正で返ってきていたカヤランの論文([2009-06-18])の修正がほぼ終わった．何度か自分で内容を確認してから(2-3日かかる予定)，共同研究者にも修正稿の確認をしてもらおう．ちょうど共同研究者が日本のレッドデータ検索システムというのを発見されていたのはありがたかった．同じような目的のサイトで植物レッドデータブックCOMPLETEというのがあるが，こちらは個人運営のようだ(未確認)．前者はNPO法人が運営しているので，公的な機関ではないが個人運営よりは永続性がありそう．

Journal of Applied Ecology 46 4[article]

Impacts of forest fragmentation on species richness: a hierarchical approach to community modelling

Introduced plague lessens the effects of an herbivorous rodent on grassland vegetation

Responses of invertebrate trophic level, feeding guild and body size to the management of improved grassland field margins

半年が終わった[diary]

気が付けば既に2009年の半分が終わっていた．今年の抱負([2009-01-03])は昨年と一昨年に引き続き論文2本の受理．一つ(カヤランの論文)は受理までもう少しのところまできた．もう一つ(畦畔の英語論文)は修正稿を提出して審査待ち．とりあえず，この2つの受理が現在の大きな目標．この2つがうまく受理されたら，次は博士論文だ．でも，できることなら通常の投稿論文も同時に進めたい(あくまで可能ならば)．投稿中あるいは投稿準備中の論文があるのと無いのとでは，張り合いが結構違う．次はスキー場か草原生植物か．このうちどちらかを通すのが来年の目標になるのだろう．
そういえば，ここのところ本を読んでない．まとまって読むという時間がない．そういえば論文もあまり読んでない．読むよりも書くほうが多い．学生時代は，文章を書いてばかりいると，書くべき内容が枯渇する感じがして，ある程度文章を放出したら，文章を読まないと次の文章が書けなかった．今はそんな感じはしないけど，じっくりと本や論文を読んだりするのは必要だ．

植生学会誌第26巻第1号と植生情報第13号[hp]

植生学会誌と植生情報が発行された．どちらも時間をとってじっくりと読みたい．後者には自分が書いたRを使った植生資料の解析を掲載してもらっている(この記事のサポートページ)．

日食は月の影[diary]

日食観測地、空から見ると？という新聞の記事の衛星から撮影した写真を見ると，日食は月の影だというのが良く分かる．

jecon.bst[tex]

この前修正をお願いして，早速作業をしていただいていたjecon.bstのver.2.62が公開されている．jecon.bstはカスタマイズがいろいろできるし，使いやすいので本当にお勧め．

セリ[photo][plant]

家の近くを散歩していたら，セリが咲いていた．一つ一つの花は地味だけど，まとまって咲くと見栄えがする．
花を横から見たところ．

咲きはじめを上から見たところ．つぼみの形も奇麗．

Ecology Letters 12 8[article]

Ecological limits and diversification rate: alternative paradigms to explain the variation in species richness among clades and regions

Biodiversity scales from plots to biomes with a universal species-area curve

The intermediate disturbance hypothesis applies to tropical forests, but disturbance contributes little to tree diversity

Relationship between female mating strategy, litter success and offspring dispersal

ミミズバイ[photo][plant]

ミミズバイの花をはじめて見た．変な花のつき方だ．花序は発達せず，葉腋からいきなり花が咲いている．

修正稿の投稿[進行状況]

要修正で返ってきていたカヤランの論文([2009-06-18])の修正が終わり，電子メールで投稿した．今度こそ受理になればいいのだが．

植生学会第14回大会[備忘録]

植生学会第14回大会(準備中のようです)の参加と発表の申し込みの締切りは9月4日．

推敲[進行状況]

[2009-06-01]に投稿していた紀要の論文うち1つが返ってきた．修正をする必要がある．投稿前に確認をしていたつもりではあるが，細かな間違いも結構ある．もっと推敲に推敲を重ねなければ．

Ecological Research 24 4[article]

The relative importance of positive and negative interactions for pollinator attraction in a plant community

モリアオガエル[photo]

しばらく前に，旅行先でモリアオガエル(だと思う)を見た(写真)．じっとしているので，はじめは生きているのかよくわからなかった．一旦捕まえたけど，逃げられてしまった．逃げたカエルは大きい．

頁数と行数の指定[tex]

論文に修正作業は必須で，共同研究者，編集者，査読者と文書のやり取りには必ず行数とページ数で箇所の特定をする．ただそのときに，人によって頁数と行数の書き方が異なる(例：Page1 Line2，P.1, L.2，1ページ2行目，1p. 2行など)．基本的には自分はP1L2というような書き方をしようと思うが，編集者や査読者からの修正指示の場合，できるだけ相手と同じ書き方で回答書を書く．回答書での修正箇所の特定には，外部ファイルの相互参照を使っている([2008-07-14])．この場合，sub.texで定義している\refPLを修正すれば，簡単にページ数や行数の表現を修正することができる．

ホルトノキ[photo][plant]

ホルトノキは，だいたい一部の葉が紅葉している．これは同定のポイントの一つ．このように年中，展葉・紅葉・落葉をしている常緑樹があるかと思えば，クスノキのように一斉に展葉・落葉をする種がある．それぞれが発達した歴史は，それぞれあるのだろう．

アカメガシワ[photo][plant]

葉柄の長さが長かったり，短かったりして葉の重なりが少なくなっている．すごい技だ．

光合成[plant]

大学の集中講義にもぐってきた．学生時代にも面白そうな講義には「もぐり」をしていた．今回もぐったのは，光合成とはなにか (ブルーバックス)の著者である園池 公毅さんの光合成に関する講義．講義の前に光合成とはなにかを読んでいったけど，講義を受けてさらに理解が深まった．
以下に覚書を記すけど，文章が良くないのでうまく伝わらないだろう．興味のある人は，本を読むか，東北大学の彦坂幸毅さんの光合成の生理生態学講座の光合成システムとしての葉などを見たほうがいいだろう．

今回新たに知ったことの一部

植物の葉の表には柵状組織細胞が規則正しく並んでいて，光はあまり散乱しない．これに対して，葉の裏には海綿状組織細胞は複雑な形をしていて，光が散乱する．その結果，有効に光を使うことができる．光が散乱するため，葉の裏が白っぽく見えることが多い．

植物が必要とする水のうち，光合成に使われるのはわずかで，蒸散される水のほうが多い．

カルビン回路中で炭素を固定する酵素のルビスコは，CO2とも反応するが，O2とも反応する．O2と反応した生成物は光合成の阻害要因になる．O2が無い環境はそれでも良かったけど，O2ができてからはO2との反応をあまりしないようなルビスコが発達している．ただし，最大活性は非常に低い(トレード・オフ)．

C4植物ではカルビン回路の前に別の経路でCO2濃度を上げている．

C4植物がすべて優れているかというとそういうわけではない．水分条件が十分のところでは，わざわざエネルギーを使用するのは効率が悪く，C3植物の方がすぐれている．(トレードオフ)

光呼吸によってエネルギーをわざと無駄遣いして，光阻害を回避しているという説明がある．

C4植物は別々の系統で独立して進化した．

CAM植物(ベンケイソウ科など)は，夜に炭素を取り入れて，昼間にカルビン回路を動かす．時間的な分化．

過剰な光エネルギーが光阻害の要因になり，光は最大のストレスにもなる．

暗い環境下では，葉緑体は光に対して垂直に並び光をたくさん受けるように配置する．

明るくて光が過剰な環境では，葉緑体は光に対して平行に並んで，光を受けすぎないように配置する．

葉緑体の移動以外にも葉の運動によって，光を受ける量を調節している．例えば，フジやクズの小葉が垂直に立つ．

光合成能力を上げることによって，収穫量が多くなった例はほとんど無い．収穫量の増大は，資源の配分の変化によるもの．

Rを使った植生資料の解析(入門編)[hp][r]

植生情報第13号に掲載された「Rを使った植生資料の解析(入門編)」の別刷りを自己紹介に掲載した(この記事のサポートページ)．

写真さがし[tool][2009intecol]

いんてこるの準備．ポスター用の写真を探す．探すといっても，手作業では探さない．写真のExif情報に覚書を書いているので，検索後を入力してAbleCVに探してもらう([2006-08-13])．これは大変便利．ただ，出てくる写真は自分が撮ったものなので，特別にいい写真が出てくるわけではない．

調査地点図・調査位置図[r][map]

日本全体での位置や都道府県レベルでの調査地点図を描くには，群馬大学の青木さんの地図を描く関数(draw.map)を使うと良い．日本地図や都道府県ごとの地図を描くことができる．もともとの地図情報データファイルは，日本全体の分は都道府県の境界，都道府県ごとの地図は市町村の境界が入っている．試行錯誤しつつ地図データの不要な部分を除去すれば，境界線のない地図を作ることができる．

Conservation Biology 23 4[article]

Conservation of Epiphyte Diversity in an Andean Landscape Transformed by Human Land Use

ポスター発表の注意点[2009intecol]

ポスターを作っていて，ポスターの大きさをちゃんと確認していないことに気づく．いんてこるのウェブページに書かれていないか確認した．POSTER PRESENTATION ADVICEには，ポスターの大きさとか，注意点が書かれていた．以下，必要事項をまとめた．

ポスター作成の注意点など

ポスターを貼る大きさは1m×2m(下部は見にくいので，現実的には最大で1m*1.4mぐらいか？)

2mぐらいの距離からでも読めるように

口頭の説明なしでも理解できるように

持ち帰りようの縮小版を用意するのはいいけど，床には置かないように

ポスターを張る板はフェルト覆われている

縮小版を用意する場合は，ポスターの板にマジックテープ(Velcro)でくっつく入れ物を用意すること

ポスターは画鋲でなく，マジックテープで貼り付ける(マジックテープは用意してくれる？)

タイトルはAbstractと同じでなければならない

氏名，電話番号，電子メールアドレス，ウェブサイトなどを記載すること

タイトルは20-24mm(最大でも100pt)(A4から1m*1.4mに拡大する場合，A4では21pt程度)

見出しは48pt(最大でも60pt)(A4から1m*1.4mに拡大する場合，A4では12pt程度)

本文は24-28pt(最大でも32pt)(A4から1m*1.4mに拡大する場合，A4では5-6.6pt程度)

知らなかった[2009intecol]

今頃になって，いんてこるのAbstractで図表を入れても良かったということに気づいた．今頃になって気づいても仕方ないけど．でも，"Optional figures (black and white only) and/or tables, at the authors' discretion, should be permitted, subject to compliance with total length guidelines." ってある．用紙の制限は，"Margins (A4 page), Top: 2.54 cm Bottom: 2.54 cm, Left: 3.17 cm Right: 3.17 cm"なので，A4でこの余白に入るのだったらいいということだろうか．

カヤラン受理[進行状況]

カヤランの論文を受理していただいたとの電子メールを編集事務局から頂いた．審査していただいた査読者の方と編集者の方には感謝申し上げます．最終原稿作成に向けて，多少手直しをしなければならない．その中でBiBTeX関係の不具合で雑誌名が抜け落ちているとの指摘を頂いた．途中でBiBTeXのファイルを変更したのが原因だろう．確認不足だった．今後注意をしよう．

英語論文は再度修正[進行状況]

また，ちょうど別の電子メールが来た．英語の畦畔論文の修正通知が届いた．今までは，AVSのシステムの移行期間中で電子メールでやり取りをしていた．今後は速やかに，ウェブサイト上の新しいAVSの投稿システムでやり取りをするらしい．修正意見は3ページで，項目数は50項目ぐらいか？今回のメールでは，まだ「accepted」とは書かれていない．今回の修正をちゃんとすれば，受理されるのだろうか？

Dropboxの履歴の制限[diary]

Dropboxからメールが届いた．どうもシステムの変更があるようだ．Dropboxの変更履歴は永久に残されると思っていた．今までは残されていたようだ．でも，無駄だと気づいたのか，僕のようにちょっとの間ファイルを保存して削除する人が多いのか， 8月からは変更履歴とは削除されたふぁいるは1ヶ月しか保存されないようだ．残念だが，無料なので仕方ない．

Nature 460[article]

Ecology: Towards a theory of biodiversity(生態学: 多様性理論に向けて)

Global patterns of speciation and diversity(進化: 種分化と多様性の普遍的パターン)

ポスターの参考例[2009intecol]

英語のポスターの例を探した．下の例はちがうけど，やっぱり目が届きやすい上のほうは目的(と背景)・結論といった重要な情報をおくべきだろう．下のほうには個別の植物の写真など付加的な情報を入れよう．

名古屋大学の石川さんのポスター

岡山理科大学の森研究室のポスター

岡山理科大学の森研究室のポスター

Journal of Biogeography 36 8[article]

A model of geographical, environmental and regional variation in vegetation composition of pyrogenic grasslands of Florida

カヤランの個体群統計[hp]

電子メールで郵送したと連絡を頂いていたカヤラン論文の受理通知が届いた．自己紹介の頁にカヤランの論文を追加．次号の植生学会誌に掲載される予定．

ハクセンシオマネキ[photo]

成ヶ島に行って来た．ちょうどイベントでいろいろな観察会をやっていた．ハマボウの花を見るのが当初の目的であったが，ハクセンシオマネキも見ることができた．近くによると一旦巣穴に逃げ込むが，しばらくじっとしていると巣穴から出てくるので，じっとしていればすごく近くで見ることが可能だった．

Biodiversity and Conservation 18 9[article]

Plant community response to loss of large herbivores: comparing consequences in a South African and a North American grassland

Restoration of beech forest for saproxylic beetles-effects of habitat fragmentation and substrate density on species diversity and distribution

Mapping potential habitats of threatened plant species in a moist tall grassland using hyperspectral imagery

ハマボウ[plant][photo]

ハマボウの花は，さすがにHibiscusだけあって，大きくて派手だ．こんな花を1日だけで落としてしまうのは，もったいないような気がする．けれども，蜜を出さないのでその分のコストが小さいこと，花を維持するのにはコストがかかることなどとともに，1日で受粉がほぼ完了するということがあるのだろう．2枚目の写真はたぶん次の日に咲くと思われるつぼみ．すでにたくさんの花が用意されていた．

ハママツナ[plant][photo]

塩湿地の最前線に生育していたハママツナ．低い位置から横向けに見ると，きれいな草原に見える．真上から見ると，この場所ではそれほど密に生育しているのではなく，礫の隙間に生育しているのが良く分かる．

ホソバハマアカザ[plant][photo]

海岸ものシリーズ．ホソバハマアカザはハママツナよりもひとつ陸側に生育している．

Restoration Ecology 17 4[article]

Effects of Native and Non-Native Grassland Plant Communities on Breeding Passerine Birds: Implications for Restoration of Northwest Bunchgrass Prairie

Using Remote Sensing to Evaluate the Influence of Grassland Restoration Activities on Ecosystem Forage Provisioning Services

帯状分布[plant][photo]

海側から，ハママツナ，ホソバノハマアカザ，アイアシの帯状分布(ゾーネーション)．

図表の作成[進行状況]

2009intecolのポスターの準備と畦畔の英語論文の修正をしている．論文は文章の修正はだいたいできてきた．けれど，今回は図表の修正が結構ある．2つの図をひとつにするようにとか，表を図にするようにとか．結構こういう作業は時間がかかる．前回と同じく，前半はすぐに終わる項目から取り掛かるのでいいが，だんだんと難しいのが残っていくので，もう少し時間がかかりそう．

当面の優先順位(覚書)

2009intecolのポスター(8月上旬まで)

畦畔英語論文の修正(なるべく早く，現在：37/41)

紀要原稿2本の修正(なるべく早く)

カヤランの最終原稿作成(8月末まで)

博士論文

ハマゴウ[plant][photo]

はじめは，ハマボウとよく間違えた．

書庫[diary]

家の中で開架できる書籍は限りあるので，書籍の大半は書庫に収めて保存している．書庫といってもダンボール箱に入れて，押入れにしまいこんでいるだけだ．必要なときには，ここから引っ張り出すが，これが一苦労だ．なんせ，本が詰まっているので重たい．奥のほうの書庫を取り出すのには，前の箱の山を一つずつ取り去らなければならない．年をとってくると，腰をいわさないように気をつけなければならない．
ちなみに，ダンボール箱は，かなりの重量に耐えられるようにできているみかんやりんごのものが良い．

ツルナ[plant][photo]

ツルナの花の花びらのように見えている黄色いところはガクのようだ．あと，ツルナで検索すると栽培や食べ方に関する頁が結構でてくる．さすがに，ハマヂシャというだけはある．

Oikos 118 8[article]

Structure and dynamics of pollination networks: the role of alien plants

Resources and pollinators contribute to population sex-ratio bias and pollen limitation in Fragaria virginiana (Rosaceae)

Spatio-temporal variation in the structure of pollination networks