松村俊和のページ：日記 / 2008-09

受理通知[進行状況]

[2008-08-27]に再々々投稿した論文の受理通知を送ったとの連絡を頂いた．査読をしていただいた方，編集委員の方には大変お世話になりました．ありがとうございました．
この論文を初めに投稿したのは[2008-02-06]．その日の日記を見ると，ちょうど資料の受理通知をもらった日に投稿したようだ．英語の論文の結果が帰ってくる前に，次の論文を用意したい．でも，植生学会の発表や現地調査があるのでなかなか難しそうだ．

研究成果[hp][diary]

昨日([2008-09-01])受理通知を送ったとの連絡を頂いていた受理通知が届いたので，自己紹介にその論文(a-07)を追加した．

迷惑メールとして判定しない[google][hp]

初めての人や頻度が非常に少ない人からのメールは，Gmailで迷惑メールに判定されることがある．先日はそれほど重要ではないものの，通常のメール1通がGmailの段階で迷惑メールに判定されていた．メーラーの設定では，特定の言葉が含まれる場合は，迷惑メールにしないという設定ができる．Gmailではそのような機能が無いと思っていた．フィルタの設定をしていたら，まさしくその機能があることに気づいたので，早速，漢字とローマ字の名前を登録した．
また，メールアドレスを書いたページに漢字あるいはローマ字で名前を書いたら迷惑メールに判定されにくい旨を書いておいた．

客観的に見る[diary]

自分が書いた文章を客観的に見るのは非常に難しい．その点，他人に見てもらうと客観的に批判を受けることができるのでありがたい．次の論文に向けて，共同研究者に文章を見てもらって，あらためて感じた．もちろん，自分自身でも出来るだけの努力はするし，何度も文章を読んで確認をする．それでも，やはり難しいものは難しい．「自分のことは客観的に見ることができる」と自信を持って言えるようになりたいものだ．

植生学会の発表要旨[2008植生学会]

しばらく前に植生学会の講演要旨(PDFファイル)を作成し，大会事務局に送った．当日の発表用の資料は準備中．発表用の資料の作り方を自分用に書いておこう．

本文はLaTeXで作成し，PSを経由してPDFに変換
写真はVixで85%の1280*1024に変換し，AcrobatでPDFとして結合
図はRでPDFを作成
本文・写真・図をConcatPDFで結合

過去の成果[hp]

自己紹介の過去の成果が大学のリポジトリに登録されたのに気づいたので，その本文(PDFファイル)へのリンクを追加した(b-01, b-02)．

発表資料[2008植生学会]

投影資料の予定枚数は20枚ぐらい．うち，似たようなものが4枚ほどあったり，写真だけのものがあるので，実質的には15枚ぐらい．発表15分，質疑5分なので，ちょうどよいぐらいの発表内容になりそう．20枚のうち8割は一応作成した．残りは時間がかかりそうなものばかりが残っている．全部作成したら，原稿を作成して，分量の調整をしつつ，投影資料の修正をする．
発表時間について確認するため，植生学会第13回大会の一般講演のところを見たら，恐ろしいことが書かれていた．「発表時間は講演15分，質疑応答5分の合計20分を予定しています．申込数によっては，これより短くなることもあります」．

リハビリ調査[diary]

約1年ぶりに本調査をした．暑いのと久しぶりなのが重なって，しばらく調子が出ない．調査時期の初めは(常に？)無理せずに調査をするように心がけている．無理な調査をすると，事故のもとだし，調査精度が悪くなる．

キツネノカミソリ・ツルボ[photo][plant]

キツネノカミソリが咲いていると友人から教えてもらったので，見に行った．キツネノカミソリはあまり頻繁に見かけるものではない．そこには，キツネノカミソリが群生しているとともに，ツルボもたくさん生えていた．


調査地にもツルボが生えていた．ツルボはつぼみもなかなか趣がある．

共同研究[diary]

共同研究をしていると，いいことがたくさんある．各人の専門分野を活かすことができる・相互を客観的に見ることができる・締め切りを守る(守ろうと努力する)・労力を分散あるいは集結できるなどなど．ただ，役割分担や作業日程が曖昧な共同研究では，逆効果になってしまう．各人が他人をあてにして結果的に誰も何もしないということがある．
これは，単独研究でも同じことで，綿密に練られた研究計画の有無が重要で，要は誰が何時までにどのような方法で何をするのかが決まっているかどうかだ．

日々の整理[diary]

作業をしている中で，日々の整理整頓があまりに中途半端なのに気づく．調査資料の入力，TeXのスタイルファイル，業績の整理が中途半端．その時々にきっちりと整理しておけば，労力が少なくてすむのに，あとから整理すると資料自体が散乱していたりして，余計に時間がかかる．
数が少なければ整理する必要が無く，初めの段階では整理の方法を決めていない．数が増えてきた段階で整理をしようとするものの，整理の仕方をちゃんと決めないまま整理にかかってしまう．さらに数が多くなると，きっちりと整理の仕方を決めなければならない．上記の3つとも，ちょうど数が多くなりつつある段階だ．
ただし，整理整頓が完全に出来て無くても，とりあえずの作業をするには困らない程度には整理されている．例えば，調査資料で未入力なのは，調査地点の緯度経度といった解析では直接的には使わないような情報だ．後々に，追跡調査をするときには必要になるので，やっぱり整理しておくのが肝心だ．

図上の位置を知る[r]

対話的作図関数というのがあって，locator()を使うと図上の座標位置を知ることが出来る．plot()で適当な作図をして，次に，locator()とすると，描画画面上に十字の印がでてくる．これで知りたい位置をクリック(複数可)し，終われば，右クリックで終了を押す．すると，コンソール上にクリックした位置の情報が表示される．また，以下のようにすると，その位置をオブジェクトに代入できる．
x <- locator()

発表用の位置図[r]

群馬大学の青木さんが作られた関数群にあるdraw.map()を使うと，簡単な日本地図や都道府県別の地図を描くことができる(参照：地図を描く)．
draw.map()を少し修正した関数を作って，それを使って植生学会第13回大会での口頭発表用の投影資料で使う位置図を作成した．以下，関数とか．

# 基礎的な設定をする関数たち
set.par <- function(){ # 色などの設定
  bg <- "darkblue"
  fg <- "white"
  par(bg=bg, fg=fg, col.axis=fg, col.lab=fg, col.main=fg, col.sub=fg) # 色の設定
  par(omi=c(0.3, 0.3, 0.3, 0)) # 全体の余白をインチ設定
  par(cex=cex, cex.lab=cex, cex.main=cex, cex.sub=cex)
  layout(matrix(c(1,2), nrow=1), width=c(2.2,1), TRUE) # 作図画面を分割
}
clear.plot <- function(n=10) plot(c(0,n), c(0,n), type="n", ann=F, axes=F) # 空(から)の散布図

# draw.mapの修正(線幅とその他の引数の追加)
# http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/src/all.R 参照
draw.map2 <- function(fn, lwd=1, ...){ # 境界線データのあるファイル名
  data <- matrix(scan(fn, quiet=TRUE), ncol=2, byrow=TRUE) # x, y 座標が組みになっている
  continue <- apply(data, 1, any) # x, y 座標が共に 0 であるのは，一連の境界線の終わりを意味する
  plot(data, type = "n", axes=FALSE, bty="n", asp=1, ...) # 枠組みをとる
  start <- 1
  for (i in 2:nrow(data)) {
    if (continue[i] == FALSE) { # 一区切り
      lines(data[start:(i-1),], lwd=lwd) # (0, 0) の次から，(0, 0) の前までを折れ線で結ぶ
      start <- i+1
    }
  }
}

# 位置図の描画
cex <- 1.8
pdf("d:/hoge/hoge.pdf", family="Japan1", width=11.69, height=8.26) # ファイル位置は適宜変更
  set.par()
  par(mai=c(4.5, 1, 1, 4.5)) # 個々の余白をインチ設定
  draw.map2("D:/hoge/jpn.dat", ann=F, lwd=0.5) # ファイル位置は適宜変更
  box()
  par(new=T)
  par(mai=c(1.2, 1, 1, 0)) # 個々の余白をインチ設定
  draw.map2("D:/hoge/hyougo", ann=F, lwd=0.5) # ファイル位置は適宜変更
  box()
  par(mai=c(0, 0.2, 0, 0))
  clear.plot()
  text(x=-0.4, y=9.0, "ここに説明を追加", adj=0, cex=cex) #
dev.off()

カワセミ[diary]

久々にカワセミを見た．コバルトブルーがすばやく移動するのが見えた．ほんの一瞬だった．それほど珍しいものではないものの，たまにしかお目にかからないので，見つけると得をした気になる．

Acta Oecologica 34 2[article]

Variation in seed dispersal along an elevational gradient in Great Smoky Mountains National Park

Biological Conservation 141 9[article]

Restoration of species-rich grasslands on ex-arable land: Seed addition outweighs soil fertility reduction

Determinants of native avian richness in suburban remnant vegetation: Implications for conservation planning

Biodiversity and Conservation 17 11[article]

Woody plants diversity, floristic composition and land use history in the Amazonian rain forests of Madidi National Park, Bolivia
DOI: 10.1007/s10531-008-9348-x

Relationship of butterfly diversity with nectar plant species richness in and around the Aokigahara primary woodland of Mount Fuji, central Japan
DOI: 10.1007/s10531-007-9265-4

バームクーヘン[diary]

ここのところ，バームクーヘンを食べる機会が多くあった．食べる時にはついつい輪の数を数えてしまう．

プログラム[2008植生学会]

植生学会第13回大会のプログラムが送られてきた(大会サイト内のPDFファイル)．口頭発表の時間は20分あるようで，よかった([2008-09-06])．また，時間帯は6番目の10:40からということでまずまず．残念なのは，もう1つの会場の発表を聞けないこと．

発表練習[2008植生学会]

発表の投影資料がだいたい出来たので，一人で予行演習みたいなのをやってみた．まったく駄目．すごく分かりにくい．やっぱり一度原稿を作成して，話の流れとかどこで何を話すかを整理する必要性を感じた．
原稿の目安は300-350文字/分で，発表時間は15分(+質疑応答4分30秒)なので，用意する原稿は4500-5250文字程度．
参考：学会発表での話し方 (TAKENAKA's Web Page)

スタイルファイルの整理[diary]

発表の練習は少しおいといて，学会の投稿用のTeXの書式を整理([2008-09-09])．力技でやっているので，汚いコードだ．それでも整理しておかないよりはましだろう．作業の項目数は半分ぐらいが1日で終わったので，あと1日くらいで終わらせたい．

行番号の無効化[tex]

linenoパッケージを使って，行番号を表示させる方法は知っていた．しかし，一旦行番号を表示させるように命令した後で，逆に行番号を表示させない方法は知らなかった．Tex tipsを見て，\nolinenumbersを使えば良いらしいというのがわかった．このページにはその他の小技がたくさん載っている．

\usepackage[pagewise]{lineno} %
\linenumbers % 行番号を表示させる
\nolinenumbers % 行番号を表示させない

整理作業第1弾完了[diary]

[2008-09-18]に続いて作業をした．日付が変わってすぐに完了したので，ほぼ予定どおり．これで，だいぶ使いやすくなったはず．校正記号なども整理して，最終原稿提出時にいちいち指定しなくてもよくなった(はず)．

整理作業第2弾[diary]

業績の整理をした．まず，忘れていたものを自己紹介のページに追加した．次に，発表資料などをPDFファイル化していないものがたくさんあったのでPDF化した．電子ファイルがあるものは，電子ファイルから直接PDFに変換．電子ファイルがないものは，印刷物をスキャナ(ScanSnapの古いモデル)で取り込んでPDF化．そのときには同時に文字認識をしておいた．これで，とりあえずの業績整理は完了．今後の分は多くが発行時にPDFファイルを作成してくれるだろう．そうで無い場合は，その都度スキャナでPDF化する予定．
ところで，ScanSnapはScanSnapS300という小さいやつも出ている．このモデルはAcrobatが付いていない．

最低気温[diary]

ここのところになって，ようやく最低気温が20度を下回るようになってきた(気象データ)．それまでは窓を開けて寝ていた．しかし，20度を下回るようになってからは寒すぎる．

連番のファイル名に変更する[dos]

業績や文献の整理をするにあたって，ある特定のフォルダにあるファイル名を連番に変更する必要があった．手作業でもできる範囲ではあるものの，将来も同じような手作業をたくさんする可能性がある．そこで，以下のページを参考にしつつ，自動化するバッチファイルを作成した．

http://www.fpcu.jp/dosvcmd/bbs/log/delerase/4-1673.html

http://questionbox.jp.msn.com/qa4070983.html?StatusCheck=ON

http://www.geocities.co.jp/SiliconValley-SanJose/1227/batfor.html

http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1118909151

発表原稿[2008植生学会]

原稿を書いた．だいたい4600文字．スライドの枚数からしてそれぐらいになるだろうと思っていたのだが，特には調整はせずに，だいたい目標([2008-09-17])どおりの文字数になってよかった．文章にすると，言うべきことと言わなくてもいいことを比較的客観的に判断できる(と思っているのだが，実はまだまだだろう)．あとはこれでもごもごと練習をしつつ，投影資料の微調整をしていこう．

Biological Conservation 141 10[article]

The contribution of roadside grassland restorations to native bee conservation

調査資料の入力[diary]

9月に収集した調査票の入力作業をした．1箇所ではそれほど時間がかかるわけではない．ただ，60地点もあるので，それなりに時間がかかる．ついでに，過去の調査資料も整理できれば良いのは分かっている([2008-09-09])．しかし，そこまでの余裕は無い．少なくとも，後で困らないように，今回だけの分はしっかり入力すべき情報を入力している．その一環として，業績や文献と同じようにスキャナで読み込んでPDFにしている([2008-09-22])．これで，万が一調査票の原票が見当たらなくても，PDFファイルがあるので，一応安心だ．

花粉症[diary]

秋の花粉症がはじまった．調査に行ったら花がむずむずしてきた．帰り道の道端ではヨモギが咲き始めていた．去年も一昨年も，ほぼ同じ時期に花粉症を発症している([2006-09-27][2007-09-29])．

Plant Ecology 199 1[article]

Heat shock increases the reliability of a temperate calcareous grassland seed bank study

Potential for red spruce (Picea rubens Sarg.) establishment from natural seed dispersal in old fields adjacent to forest stands

Complex vegetation responses to soil disturbances in mountain grassland

Spatio-temporal patterns of tree community dynamics in a tropical forest fragment in South-east Brazil

2つ目の査読[diary]

査読の依頼がやってきた．前回の英語([2007-12-22])と違い，今回の査読は日本語．