松村俊和のページ：日記 / 2006-12

階級で区切ってから回帰分析[stat]

論文ではないが、とあるところで間違った解析方法を見つけてしまった。
階級ごとに区切り、平均値をとってしまって、回帰分析をしている。階級ごとに資料数が違うので、個々の点の重み付けが不均等になってしまうし、資料数が減るため相関係数もおかしくなる。また、階級値の区切り方によっても回帰分析の結果が変わってしまう。
Rで実行するならば、具体的には次のような感じ。

身長 <- c(147,162,170,155,168,164,172,171,151,157,174,172,163,189,185,189,181,171,183,178)
体重 <- c(57.5,58.9,72.1,49.7,68.8,52.7,74.1,60.5,52.6,48.5,74.0,72.4,60.4,79.8,76.2,75.1,72.7,73.4,78.2,67.5)
plot(体重~身長) # 本来の散布図
summary(lm(体重~身長)) # 本来の回帰分析
階級 <- cut(身長, breaks=seq(140,190,10), right=F, labels=c("145", "155", "165", "175", "185"))
階級値 <- tapply(体重, 階級, mean) # 階級ごとに平均値を算出
plot(階級値~as.numeric(names(階級値))) # 階級区分後の散布図
summary(lm(階級値~as.numeric(names(階級値)))) # 階級区分後の回帰分析

Biological Conservation 134 3[article]

Hay strewing, brush harvesting of seed and soil disturbance as tools for the enhancement of botanical diversity in grasslands

Patch size and isolation effects on epiphytic and epiphyllous bryophytes in the fragmented Brazilian Atlantic forest

冷えてきた[diary]

ここ数日で、一気に冷えてきた。最低気温は1℃。朝晩は外に面している壁から冷気が降りてくる。

氷点下[diary]

今朝はさらに冷えた。最低気温は−0.6℃。そろそろ必要だろうと思って、昨日スタッドレスタイヤに付け替えた。雪が積もるのはまだしばらく先だが、積もってからでは遅い。

Flora of Japan[plant]

Flora of Japanでは登録されている植物の説明を見ることができる。ただ、「現在、Flora of Japanの I, IIc, IIIa, bの内容が公開されています」とあるのだが、それぞれの範囲が分類群のどの範囲にあたるのかがわからない。

レッドデータブックのリンク切れを修正[diary][hp]

リンクのレッドデータブックを更新。リンク切れを修正するとともにいくつかを追加。これで奈良県以外の全ての都道府県で植物のレッドデータブックができたようだ。奈良県は作成中らしい。

Flora of Japan[plant]

[2006-12-05]に書いたことについて情報を頂きました。Flora of Japanというのは、講談社サイエンティフィクのFlora of Japanのことらしいです。これを見れば、どこが公開されているのかが分かります。

論文関係のPDFファイル[diary][hp]

これまで書いたPDFファイルを整理しておくために、雑文からリンクした。

論文書きのメモ

論文の執筆順

植生学でデータ解析ソフト"R"を利用する

情報の一元化と活用

分身が旅をする[diary]

美穂の旅というのがあって、登録すると、いろいろなところの旅行記を送ってきてくれる。一度に送ってくるのではなくて、実際にかかる時間にあわせて送ってくるので、自分の「分身」が旅行しているような気分になれる。
ちなみに、私の分身は現在フランスに行っています。
楽しみ方：http://travel.teglet.co.jp/infoj/index.htm
登録：http://travel.teglet.co.jp/scripts/add/default.asp

Restoration Ecology 14 4[article]

Effect of Seed Source, Topsoil Removal, and Plant Neighbor Removal on Restoring California Coastal Prairies

Acta Oecologica 30 3[article]

Seed bank assembly in an unmanaged ruderal grassland recovering from long-term exposure to industrial emissions

古本屋[diary]

古本屋さんで買った本にMatsumura.Tのような感じで表紙の裏に名前が書かれていた。しばらく前にメーリングリストか何かで亡くなったというのを知った先生のお名前と一致する。確証は無いのだが、その方が持っていたのではないだろうか。

外来種調査のモデル地区での調査結果[diary][grassland]

北国新聞の記事によると、モデル地区にモデル地区で調査をして対策を練るようだ。ただ、供給源になるところがどこかに残るとだめだ。生息地が限られているものを除いては、モデル地区だけで考えてもなかなか対応策は難しいだろう。

北国新聞の記事
今年九月の植生調査は、河北潟の水路や水路のり面、河畔などで行われ、一メートル四方の調査四十五地点で七十二種の植物が確認され、うち外来種は十八種で比率は２５％だった。昨秋の同一地点での調査で外来種は二十六種、３４・２％だったのに比べてやや低下したが、シロツメクサやヒメジョオンなど、新たに四種の外来種が確認された。
(中略)
このため北陸農政局は同潟周辺で確認した外来種のうち、過去に承水路に繁殖し生態系などへの影響が指摘されたチクゴススメノヒエやホテイアオイをはじめ、広範に確認されたセイタカアワダチソウや、繁茂しやすいハリエンジュやメマツヨイグサなど十一種を注目種として取り上げ、侵入拡大の予防や除去するための対応策を練る。

Journal of Ecology 95 1[article]

Identifying mechanisms of competition in multi-species communities

Niche pre-emption increases with species richness in experimental plant communities

How spatial structure alters population and community dynamics in a natural plant community

Dispersal limitation may result in the unimodal productivity-diversity relationship: a new explanation for a general pattern

Role of niche restrictions and dispersal in the composition of arbuscular mycorrhizal fungal communities

Journal of Biogeography 34 1[article]

Can Ellenberg's indicator values for Mediterranean plants be used outside their region of definition?

Diversity and biogeography of the Antarctic flora

The Greater Cape Floristic Region

Elevational parallels of latitudinal variation in the proportion of lianas in woody floras

Biological Conservation 134 4[article]

Scale-dependent homogenization: Changes in breeding bird diversity in the Netherlands over a 25-year period

Plant species richness and composition in managed grasslands: The relative importance of field management and environmental factors

利き手[diary]

左手の親指の指先をちょっと切ってしまった。怪我をしてみるとちょっとしたことがやりづらいことが、だんだんと分かってきた。基本的には利き手は右手なのだが、左利きの仕事があるのだ。例えば、鍵をあけるのは常に左手の仕事。みかんの皮を剥くのも左だ。あとは何だろう。たぶん他にもあるはず。あと、利き目は左目で、足の力が強いのも左だ。

初雪(みぞれ)[diary]

昨日の晩から今朝は冷え込んだ。朝起きて、窓の外を見ていると、雪かみぞれみたいなものがちらついていた。今年の初雪(初みぞれ)だ。

USBメモリで使う[tool]

Schwertkreuzを使うと、レジストリを使うソフトをUSBメモリで持ち運べるらしい。ちょっと試してみよう。
ノートパソコンを持ち運ばなくてもいいので、このようにソフトをUSBで持ち運んだり、[2006-11-21]のようにOSごと慣れた環境を持ち運んだりできるとうれしい。
窓の杜の記事：http://www.forest.impress.co.jp/article/2006/12/19/schwertkreuz.html

Ecological Modelling 200 3-4[article]

SEIB-DGVM: A new Dynamic Global Vegetation Model using a spatially explicit individual-based approach

Biological Conservation 135 1[article]

Seed banks in plant conservation: Case study of Santa Cruz tarplant restoration

Ecology Letters 10 1[article]

Scale dependence of the correlation between human population presence and vertebrate and plant species richness

ノート半分[diary][論文]

思いがけないところで、面白いものを見つけた。始めはすごいと思っていただけだったが、しばらくしてこれは研究対象になりそうと感じて、データを収集した。とりあえず、データ収集は終わったのだが、自分自身でその量にびっくり。ノートを丸半分(40頁)を使ってしまった。

データ入力[diary][論文]

ノート半分に収集した資料をパソコンに入力した。入力間違いがないかどうかの確認をするとともに、頭の中にある解析手法の具体化(Rでのプログラミング)をしていこう。先ずは、ヒストグラムや経験分布関数([2006-10-05])といった基礎統計量から。

認識[diary]

物理的に見えていても、気付かないことは多くある。例えば、生育環境を知らないと、小さな着生植物自信が目に入っていても認識できずにいる。しかし、ひとたび生育環境が分かったり、あるはずだと思って探すと目に付く。単に見えているというのと認識するというのとでは大違いだ。

Plant Ecology 188 1[article]

Realistic Variation in Species Composition Affects Grassland Production, Resource Use and Invasion Resistance

Journal of Applied Ecology 44 1[article]

Semi-natural grasslands as population sources for pollinating insects in agricultural landscapes

Enhancing diversity of species-poor grasslands: an experimental assessment of multiple constraints

Carbon addition alters vegetation composition on ex-arable fields

Temporal and spatial dynamics of long-distance Conyza canadensis seed dispersal

覚える[diary]

図鑑に同定のポイントが載っているので、もって帰って調べたらわかると思うとなかなか覚えない。また、同定のポイントは分かっていても、どちらがどちらかを覚えないことがある。そういう時は、何か別のことと無理やりにでも関連付けて覚えると比較的よく覚える。