松村俊和のページ：日記 / 2009-04

Y日記で紹介されていた本[book]

たぶん，これらも生態学会の本屋さんには並んでいたのだろう．普通の本屋さんで確認しよう．

生きものの数の不思議を解き明かす

これからの進化生態学

発芽生物学

自動修正機能[diary]

普段あまり使わないMSワードを使っていたら，自動修正機能でイライラときてしまった．『「(」と「)」』と二重鍵括弧内のように表記をしたいのに，勝手に括弧の対応がうまくいくように(実際はうまくいっていない)『「())と「」」」』と修正されてしまう．それを放置したまま編集をしていると，『「(」)))))))))))))))))と「)」」」」」」」」」」」」」」」」」」』のように分けが分からないほど括弧だらけになってしまった．オプションで自動修正の機能をはずすことができると思うのだが，場所がよくわからなかった．
追記：[メニュー]-[ツール]-[オプション]の設定を探していた．[メニュー]-[ツール]-[オートコレクト]で設定できるとの連絡を頂きました．ありがとうございます．勝手に修正されて自分の思い通りに入力できないと腹が立つので，すべての項目を外しておいた．

三群の平均値(代表値)の差の検定[stat][r]

[2009-02-28]と[2009-03-26]に書いた二群の平均値(代表値)の差の検定に関連して，三群の平均値(代表値)の差を検定するときというのがある．結論としては，母分散の異なる可能性がある場合は，予備検定なしで等分散性を仮定しない一元配置分散分析を行うのが良いらしい．Rでは以下のようにする．

oneway.test(extra ~ group, data = sleep) # 等分散を仮定しない場合(デフォルト)
oneway.test(extra ~ group, data = sleep, var.equal = TRUE) # 等分散を仮定する場合

参考：一元配置分散分析

春[diary]

しばらく前(2週間くらい前？)から，いろいろな植物が発芽しはじめていたり，花が咲き始めている．今の時期にゆっくりと現場にまわれたらいいのだけど，なかなかそうはいかない．植物の発芽や開花とともにツバメも見かけるようになった．

具体的な種の説明[論文][教訓]

去年の植生学会での発表に対して，電子メールで助言を頂いた．せっかく頂いたアドバイスなので，できるだけ忘れないようにここに覚書を書いておこう．
どの学会の発表でも，できるだけ具体的な研究対象のイメージをお客さん(聞き手)に伝えることが重要である．特に植生学会の発表では，具体的な種名を説明することで，ほとんどのお客さんに群落や植生をイメージをしてもらうことができる．自分が研究対象にしている植生について，写真や言葉の説明(例えば，「○○の優占する××の植生では...」や「○○が生育(あるいは出現)する××の植生では...」)をすることが大切である．こういう説明は，たぶん1回だけではだめで，何回かしないとお客さんの頭の中には入らないだろう．

生物多様性と生物地理学の統一理論[book]

[2007-01-21]に書いた「ハベル」の「生物多様性と生物地理学の統一理論」(The Unified Neutral Theory of Biodiversity and Biogeography)の邦訳書が出たようだ(群集生態学―生物多様性学と生物地理学の統一中立理論)．

カヤラン原稿の修正[進行状況]

原稿を提出して査読してもらっている間に，別の原稿の執筆やら修正やらをする計画でいるのだが，どうもうまくいかない．原稿が返ってくる時期が重なって，手元で滞ってしまう．原稿が返ってくるとその修正に取りかかるので，新たな原稿を書く時間がなくなり，予定がどんどんと遅れてしまう．だいたい予定に原稿の修正時間を考慮していない，もしくは過小評価しているのが駄目なのだろう．
3日前から本格的にカヤラン原稿の修正に取りかかりはじめた．全部で修正指摘は51項目(たぶん)．今のところ19項目修正済み．

当面の優先順位(覚書)

カヤラン(査読結果を受けて修正中，4月末までの予定)

紀要への原稿2本(5月15日締め切り)

畦畔の英語論文(英文校閲中，4月末に返ってくる予定)

スキー場(英語第2弾)

草原生植物(先が長そう)

博士論文

Rの依頼原稿(修正稿を提出済)

Plant Ecology 202 1[article]

A conceptual model of coastal dune ecology synthesizing spatial gradients of vegetation, soil, and geomorphology

Global Ecology and Biogeography 18 3[article]

Macroecological analyses reveal historical factors influencing seed dispersal strategies in Brazilian Araucaria forests

Beta diversity in relation to dispersal ability for vascular plants in North America

Global analysis of bird elevational diversity

Drivers of moth species richness on tropical altitudinal gradients: a cross-regional comparison

Invasion success of alien plants: do habitat affinities in the native distribution range matter?

The relationship between local and regional diatom richness is mediated by the local and regional environment

Journal of Ecology 97 3[article]

Impact of invasive plants on the species richness, diversity and composition of invaded communities

Canopy closure shapes clonal diversity and fine-scale genetic structure in the dioecious understorey perennial Mercurialis perennis

Frayed at the edges: selective pressure and adaptive response to abiotic stressors are mismatched in low diversity edge populations

Journal of Biogeography 36 5[article]

Patterns of seed dispersal and pollen flow in Quercus garryana (Fagaceae) following post-glacial climatic changes

Substrate dependency of Lateglacial forests in north-east Germany: untangling vegetation patterns, ecological amplitudes and pollen dispersal in the past by downscaling regional pollen

Long-distance colonization of the Western Mediterranean by Cistus ladanifer (Cistaceae) despite the absence of special dispersal mechanisms

Ecology Letters 12 5[article]

Plant-pollinator networks: adding the pollinator's perspective

Biodiversity maintenance mechanisms differ between native and novel exotic-dominated communities

Biodiversity, productivity and the temporal stability of productivity: patterns and processes

Ecography 32 1[article]

Predicting future shifts in species diversity

Plio-Pleistocene climate change and geographic heterogeneity in plant diversity-environment relationships

Predicting the future of species diversity: macroecological theory, climate change, and direct tests of alternative forecasting methods

Predicting future distributions of mountain plants under climate change: does dispersal capacity matter?

Is there a latitudinal gradient in seed production?

Invasion success and threat status: two sides of a different coin?

The worldwide airline network and the dispersal of exotic species: 2007-2010

Habitat selection by an Alpine ungulate: the significance of forage characteristics varies with scale and season

Practical tool for landscape planning? An empirical investigation of network based models of habitat fragmentation

Relative importance of climate vs local factors in shaping the regional patterns of forest plant richness across northeast China

Aggregations from using inadvertent social information: a form of ideal habitat selection

Botanical richness and endemicity patterns of Borneo derived from species distribution models

WinBUGSとR2WinBUGS[stat][tool]

カヤラン論文関連で，zero-inflated poisson model(ZIP model)を使うため，WinBUGSを使うことにした．そのためには，ZIP modelとWinBUGS(とR2WinBUGS)の使い方を勉強しなければならない．インストールしてとりあえず動かせる状態にはなった．

インストール
The BUGS ProjectからWinBUGS14.exeを入手・実行．
RのメニューでR2WinBUGSを実行．

実行
生態学データ解析のR2WinBUGS をとりあえず動かす (Windows user むけ)のコードで，bugs.directoryを変更して実行してみる．これで，とりあえずサンプルは動いた．
飯島の雑記帳の研究ソフト/R2WinBUGSなどを参考にしながら，使い方を勉強しよう．

library(R2WinBUGS) # R2WinBUGS のよみこみ
example(bugs) # モデルファイルやパラメーター・データが準備される
schools.sim <- bugs(
data, inits, parameters, model.file,
n.chains = 3, n.iter = 5000,
bugs.directory = "d:/pf/WinBUGS14/",
working.directory = NULL,
clearWD = TRUE,
debug = TRUE # これは FALSE でも動作する
)
print(schools.sim) # bugs オブジェクトのまとめ
plot(schools.sim) # bugs オブジェクトの作図

基本的な間違い[教訓]

論文の査読を受けて，いろいろな指摘を頂く．その中でも一番だめだめなのが，基本的な間違いとか，勘違いである．視点の違いなどは指摘されないと気づかないのは仕方ないと思っている．でも，基本的な間違いとか，勘違いとかは，投稿前の確認作業で確実に減らせるはずである．

査読の黄金則[review][diary]

The American Naturalistに掲載されて，jecnetで紹介されていたThe Golden Rule of Reviewingを読んだ．結局は，自分が査読を受けてもらうのと同様に他人の査読をすることということか．中には，通常査読の締め切りは21日としているのに，1日遅い22日(査読が遅れていた場合に雑誌の事務局からリマイダが送られる日のようだ)が最頻値というのがいかにもという感じ．29日のところにもピークがある．これも同様の催促があるのだろうか．

zero-inflated poisson model[r][stat]

鳥居稔さんのお試しポアソン回帰(特に61頁以降)を参考にして，簡単なzero-inflated poisson modelの解析をしてみる．以下はRのコード．
今回やりたいカヤランの解析も基本的には同じようなデータ構造なので，これと同じようにやってみよう．これで，ようやくカヤラン論文の修正の目処がついた．結局，WinBUGSとR2WinBUGS([2009-04-10])は使わず．

# # 準備(rmutilとgnlmのインストール)
# http://popgen.unimaas.nl/~jlindsey/rcode.htmlから以下のファイルを入手して，インストールする
# http://popgen.unimaas.nl/~jlindsey/rcode/rmutil.zip
# http://popgen.unimaas.nl/~jlindsey/rcode/gnlm.zip
dist <-rnorm(1000)
poi <-rpois(1000, exp(1.5 +0.8 * dist))
table(poi) # データの確認(結果は省略)
mean(poi) # 平均値
# [1] 6.369
var(poi) # 分散
# [1] 52.48132
# 0過剰(zero-inflated)にする
inf.poi <- poi # 基本はポワソン分布
inf <- rbinom(1000, 1, 0.7) # 7:3の2項分布を発生
table(inf) # データを確認(結果は省略)
# inf
# 0 1
# 286 714
inf.poi[inf==0] <- 0 # infが0のところはポワソン分布のデータを0にして0を過剰にする
table(inf.poi) # データの分布を確認
mean(inf.poi) # 平均値が変化している
# [1] 4.322
var(inf.poi) # 分散が変化している
# [1] 35.54386
library(rmutil)
library(gnlm)
# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #
gnlr(inf.poi, distribution="Poisson", mu=~exp(b0+b1*dist), pmu=c(b0=1,b1=0))
# Call:
# gnlr(inf.poi, distribution = "Poisson", mu = ~exp(b0 + b1 * dist),
# pmu = c(b0 = 1, b1 = 0))
#
# Poisson distribution
#
# Response: inf.poi
#
# Log likelihood function:
# {
# m <- mu1(p)
# -sum(wt * (-m + y * log(m)))
# }
#
# Location function:
# ~exp(b0 + b1 * dist)
#
# -Log likelihood 3127.206
# Degrees of freedom 998
# AIC 3129.206
# Iterations 10
#
# Location parameters:
# estimate se
# b0 1.2021 0.01851
# b1 0.6916 0.01402
#
# Correlations:
# 1 2
# 1 1.00 -0.57
# 2 -0.57 1.00
# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #
fmr(inf.poi, distribution="Poisson", mu=~exp(b0+b1*dist), pmu=c(b0=1,b1=0), pmix=0)
#
# Call:
# fmr(inf.poi, distribution = "Poisson", mu = ~exp(b0 + b1 * dist),
# pmu = c(b0 = 1, b1 = 0), pmix = 0)
#
# Poisson distribution
#
# Response: inf.poi
#
# Log likelihood function:
# {
# m <- mu1(p)
# s <- mixt(p)
# -sum(wt * log((1 - s) * cens + s * dpois(y, m)))
# }
#
# Location function:
# ~exp(b0 + b1 * dist)
#
# Mixture function:
# exp(p[1])/(1 + exp(p[1])) * rep(1, n)
#
# -Log likelihood 2000.778
# Degrees of freedom 997
# AIC 2003.778
# Iterations 13
#
# Location parameters:
# estimate se
# b0 1.498 0.01993
# b1 0.801 0.01564
#
# Mixture parameters:
# estimate se
# p[1] 0.9546 0.07613
#
# Correlations:
# 1 2 3
# 1 1.0000 -0.6295 -0.1118
# 2 -0.6295 1.0000 0.1010
# 3 -0.1118 0.1010 1.0000
# Warning message:
# NA/Inf は正の最大値で置き換えられました
# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #
# pに影響を及ぼす変数を組みこむ場合
# fmr(inf.poi, distribution="Poisson", mu=~exp(b0+b1*dist), pmu=c(b0=1,b1=0), mix=~b2+b3*dist, pmix=c(b2=0,b3=1))

砥峰高原の火入れ[diary][photo]

砥峰高原の火入れを見に行ってきた(神戸新聞の記事)．とりあえず，火入れ前と火入れ後の写真を公開．時間ができれば，少しまとめて公開するつもり．

ムラサキケマン[plant][photo]

ネタ切れ・時間が無いときの写真シリーズ．ムラサキケマンの花を上から撮影した．

1つ解決，1つ疑問[diary]

Zero-Inflated Poisson(ZIP)モデルについて1つ分かったと思ったら，また分からないことが1つ出てきた．
(関連：[2009-04-12],[2009-04-10])

早起き[diary]

冬は7時ごろまで寝ていたが，ここのところ6時ごろに目が覚めるようになった．年をとったからか，それとも夜明けが早いからか．

ヤドリギの果実[photo][plant]

ヤドリギの種子は鳥によって運ばれる．ただし，木の枝にちゃんとたどり着くにはそれなりに工夫が必要だ．果肉はネバネバで糞として排出されるときに枝にうまく付くようになっている．ヤドリギとヒレンジャクというところには，実際に鳥がヤドリギの種子を排出している写真があるが，ネバネバであってもすべての果実がうまく枝にとどまることができるわけではないようだ．
ヤドリギの果実はこんな感じでなっている．

近くで見るとこんなところ．

皮を破ってみると，半透明の果肉に種子が包まれているのがわかる．その果肉はネバネバで，手にもくっつくぐらいである．

コバノタツナミ[photo][plant]

ネタ切れ時の花の写真．コバノタツナミの紫色は写真ではうまく表現できていないが，なんとも言えないいい色だ．

送信済みの添付ファイルを削除[hidemaru]

電子メールの送受信には秀丸メールを使っている．写真などを送信したあとで，添付ファイルを削除するとき，送信フラグの解除・添付ファイルの削除・ 送信フラグと送信済みフラグの設定と3段階の作業を手作業でしなければならない．面倒なので，簡単なマクロを作った．これでショートカット操作1つで送信済みメールの添付ファイル削除が可能だ．

// 秀丸メールの添付ファイルを削除するマクロ
loaddll "TKInfo.dll";
#n = dllfunc("SetMailFlag", "send", 0); // 送信メールを解除
#n = dllfunc("CountCurrentHeader", "X-Attach"); // 添付ファイル数
while( #n > 0 ) { // 添付ファイル数を繰り返し
  #i = dllfunc("DeleteAttach", dllfuncstr("CurrentHeader2", "X-Attach", #n-1), 0); // 添付ファイルを1つずつ削除
  #n = #n - 1;
}
#n = dllfunc("SetMailFlag", "send", 1); // 送信メールに設定
#n = dllfunc("SetMailFlag", "sent", 1); // 送信済みに設定

 Acta Oecologica 35 3[article]

Influence of elaiosome on postdispersal dynamics of an ant-dispersed plant

Combining distances of ballistic and myrmecochorous seed dispersal in Adriana quadripartita (Euphorbiaceae)

クサイチゴ[photo][plant]

ザイフリボク[photo][plant]

時々見かけるけど，野生の個体で花が咲いているところはちゃんと見たことが無かった．花が咲いていたとしても，大きくなっていればなかなか花の写真をとることはできない．

カヤラン原稿の修正[進行状況]

今のところ45項目修正済み．残り7項目．とはいえ，修正済みとした中には，作業自体は残っているものが混在している．その場合，「\textcolor{red}{\large 修正まだ}」とか「\textcolor{red}{\large ○○の書き方を確認して，説明を追加すること}」という具合に修正項目を赤色の大きな字で残している．

当面の優先順位(覚書)

カヤラン(4月中に修正終わるか？)

紀要への原稿2本(5月15日締め切りのはず・・・)

畦畔の英語論文(英文校閲中，4月末に返ってくる予定)

博士論文(早く着手しなければ)

草原生植物(当面は先送り)

スキー場(英語第2弾：当面は先送り)

帯状疱疹の前兆？[diary]

右わき腹の辺りが，2-3日前から少しピリピリする．もしかしたら，帯状疱疹の前兆かも．

ノグルミの芽生え[photo][plant]

ノグルミの芽生え．葉柄にはたくさん毛が生えているが，すぐに脱落するのだろう．結構そういう植物は多い．食害の防止などに役立つのだろう．

集合[diary]

またもや，手元に仕事が集まってきてしまった．英文校閲に出していたのが予定よりも早く返ってきた．Rについての依頼原稿の初稿が返ってきた．カヤランの修正もまだ残っている．複数同時処理は無理なので，一つ一つ片付けて行こう．それぞれこちらの手を離れれば，次の段階までは時間ができるはずだ．その間に次の仕事をしよう．

勘違い[diary]

[2009-04-23]に書いた帯状疱疹の前兆？が無くなった．勘違いか？

ハマエンドウ[photo][plant]

ハマエンドウの花がたくさん咲いていた．いわゆるマメ科の花だ．

最終確認[進行状況]

Rの初稿は約半日で完了．カヤランの修正もほぼ完了した．でもほぼ完了と言いながら，そこから完了までが実は長い．文章全体の流れの確認，引用文献の確認(BiBTeXを使っているのでもれは無いはずだが，元のデータがおかしい場合がある)，全体の用語が統一されているか，Abstractや適用が本文の内容とあっているかなど．

当面の優先順位(覚書)

カヤラン(最終確認)

畦畔の英語論文(英文校閲後の確認と修正)

紀要への原稿2本(5月15日締め切りのはず・・・)

博士論文(早く着手しなければ)

草原生植物(当面は先送り)

スキー場(英語第2弾：当面は先送り)

推敲[diary]

文章の推敲をするにはやはり印字したものを使うのがいい．テキストエディタで文章を練るのもいいが，最終的な確認はやはり紙が必要だ．

瓦せんべい[diary]

宗家くつわ堂の瓦せんべいを食べた．今まで食べた瓦せんべいの中で一番硬かった．

Journal of Applied Ecology 46 3[article]

Strong mixture effects among four species in fertilized agricultural grassland led to persistent and consistent transgressive overyielding

Restoration Ecology 17 3[article]

Significant Achievements in Protection and Restoration of Alpine Grassland Ecosystem in Northern Tibet, China

Return of Fire to a Free-Flowing Desert River: Effects on Vegetation

Vegetation Management for Promoting Ecosystem Resilience in Fire-Prone Mediterranean Shrublands

Seed Dispersal and Seedling Emergence in a Created and a Natural Salt Marsh on the Gulf of Mexico Coast in Southwest Louisiana, U.S.A.