松村俊和のページ：日記 / 2008-12

知らない論文が沢山[diary]

論文の査読をしてもらって，その論文の文章について"Give some references"といくつか指摘された．論文を書いているときには，そんな都合のいい論文は無いだろうと思っていた．でも，GoogleScholarで真剣に探してみると，知らない論文がむちゃくちゃ沢山あるものだ．うまく使える論文は少ないし，中には既読の論文もあるけど，知らない論文が本当に多い．
それでも，特定のことについて書かれた論文をたくさん読んでいると，論文数と被引用論文数とは，面積と種数との関係のように飽和していく．また，優占種とも言うべき頻繁に引用されていて，はずせない論文にたどり着く．このような状態になれば，文献検索の終了は近い．

残数量[diary]

長丁場の仕事は，1/3終わった，1/2終わったとかというようにどの程度残っているかを計算してしまう([2008-11-25])．残数量を数えるのは，達成感を少しでも味わいたいからだろう．そうえいば，国立環境研究所の竹中さんは管理職の任期の残りを数えておられる．

視覚的な記憶[diary]

論文を読んでいて，図を見ると過去に読んだことがある論文かどうかわかることがある．題名，著者を見ても覚えていなくて，要旨を読んでいると，なんとなく聞いたことがあるような感じがする．図を見て読んだことがあることをほぼ確信する．BiBTeXの覚え書きで題目を検索すると，確かに読んだことがあることを確認する．

文献読み込み完了[進行状況]

ようやく文献の読み込みが終わった．かなり時間がかかってしまった．
現在：79/108
[2008-11-25]：75/108
[2008-11-16]：55/108
[2008-11-09]：35/108

イントロダクションの構成[論文]

論文の構成を考えようと思っている．今まで自分自身でも覚え書きを書いてきた．今回は九州大学の矢原さんのイントロダクションの書き方を参考にしようと思っているので，リンクをまとめた．

イントロダクションの標準構成

イントロダクションの書き方

論文原稿改訂のためのチェックポイント(1)

論文原稿改訂のためのチェックポイント(2)

Y日記での論文の項目

ガタガタ・ボロボロ[diary]

お腹が痛くて，病院にいった．ちょっとした病気だった．2年半ほど前には腹痛で10日間ほど入院をした([2006-04-11])．年を取ると(と言っても30歳代)，体がガタガタ・ボロボロになってくる．日ごろから養生をしないと．

Diversity and Distributions 15 1[article]

Habitat diversity, ecological requirements of species and the Small Island Effect

共著の論文[hp][diary]

自己紹介に共著の論文(a-08)を追加．

ウツギ[plant][photo]

中空なのが良く分かる．

Journal of Biogeography 36 1[article]

Historical biogeography of European leuciscins (Cyprinidae): evaluating the Lago Mare dispersal hypothesis

Spatial species-richness gradients across scales: a meta-analysis

Ecology Letters 12 1[article]

Dispersal failure contributes to plant losses in NW Europe

残り1/4[進行状況]

論文の修正は思うようには進まない．しかし，逆戻りすることはないので，いつかは終わるはず．一つ一つの項目だけで終わる修正はなくなってきて，複数の項目に関連するのが増えてきた．修正するのには時間がかかるけれど，一気に2つや3つの項目が進む場合がある．
現在：81/108
[2008-12-06]：79/108
[2008-11-25]：75/108
[2008-11-16]：55/108
[2008-11-09]：35/108

Journal of Ecology 97 1[article]

Co-occurrence based assessment of species habitat specialization is affected by the size of species pool: reply to Fridley et al. (2007)

Beta diversity metrics and the estimation of niche width via species co-occurrence data: reply to Zeleny

Resources, recruitment limitation and invader species identity determine pattern of spontaneous invasion in experimental grasslands

相手の意図[diary]

査読の返事をしていて一番困るのは，相手が何を言いたいのか分からない場合だ([2008-11-18])．いくつかこういう指摘があって，そのうちひとつで相手の言いたいことがわかった．意図が分かれば対応はできる．
自分が査読をする場合には，多少冗長な表現になったとしても，きるだけ具体的に述べて自分の意図が伝わるように使用と思う．

久々のR[diary]

このところ論文の修正ばかりしていた．論文の修正の一環で表を作るために，久々にRでプログラミングをしている．感覚を取り戻すにはしばらく時間がかかりそう．試行錯誤をしながら，徐々にいろいろと思い出しつつある．

Oikos 117 12[article]

A model for small-scale seed bank and standing vegetation connection along time

Year-to-year variation in the topology of a plant-pollinator interaction network

How does plant richness affect pollinator richness and temporal stability of flower visits?

Who are we sampling? Apparent survival differs between methods in a secretive species

Positive interactions among plant species for pollinator service: assessing the 'magnet species' concept with invasive species

applyファミリー[r]

applyとtapply，そしてsapplyとmapplyは慣れるまでは非常に使いにくい関数である．でも慣れると，すごく便利で手放せない．applyとtapplyはエクセルのピボットテーブルをもっと強力にしたようなもの．

apply familyの紹介(Seeking for my unique color.)

apply() ファミリー(R-Source)

種群，地点群ごとでの集計[r]

Rではapply()とtapply()を使うことで，様々な集計が可能である．例えば，地点，種，被度，地点のまとまり(群落など)，種のまとまり(生活形など)などの情報のあるデータフレームで，地点のまとまりごと，かつ，種のまとまりごとで1地点あたりの平均出現種数を計算することが一つの関数を定義しておけば可能である．

# 入力データ(データフレーム)
# この例ではHTLM上で見やすくするため，全角空白(実際のデータでは無用の長物)を入れている
# 　stand 　　　　　species cover community 　　 growth
# MT00001 　　　 ジャノヒゲ 0.001 　　　　 A 常緑多年草
# MT00001 　　 キツネノマゴ 0.020 　　　　 A 　　　1年草
# MT00002 アキノタムラソウ 0.010 　　　　 A 　　 多年草
# MT00003 　　　　　 ネザサ 0.010 　　　　 B 　 常緑低木
# MT00003 　　　　　 ツルボ 0.015 　　　　 B 　　 多年草
# MT00003 　 カワラナデシコ 0.001 　　　　 C 　　 多年草
# MT00004 　　　　　 ヨモギ 0.100 　　　　 C 　　 多年草
# MT00004 アキノタムラソウ 0.050 　　　　 C 　　 多年草
# MT00004 　　　　　 ウツギ 0.010 　　　　 C 　 夏緑低木
#
# 関数の定義
mean.s.group <-
  function(df, stand="stand", species="species", cover="cover", st.group="st.group", sp.group="sp.group"){
  apply(tapply(df[,cover], list(df[,stand], df[,st.group], df[,species], df[,sp.group]), length), c(2,4), sum, na.rm=T) /
  apply(tapply(df[,cover], list(df[,stand], df[,st.group]), length), c(2), function(x) sum(!is.na(x)))
}
#
# 使い方
mean.s.group(df, st.group="community", sp.group="growth")
#
# 関数の解説
# 一つ目のtapply(...)では，地点，地点群，種，種群ごとでの被度の出現回数を計算
# 一つ目のapply(tapply(...), c(2,4), sum, na.rm=T)では，上のtapplyで計算したものを地点群，種群ごとで合計
# ここまでで，地点群ごと，種群ごとの総出現回数を集計しているので，
# 地点あたりの平均値は地点数で割る必要あり
# 二つ目のtapply(...)では，地点，地点群ごとでの被度の出現回数を計算
# 二つ目のapply(tapply(...), c(2), function(x) ...)では，NA以外の個数(つまり地点数)を合計
# これが地点数なので，上で求めた総出現回数を割る

胆石[diary][gallstone]

胆石(正確には総胆管結石)のため，2008-12-21から入院した．お腹が痛くて寝れないことがあったので，病院には行っていた([2008-12-09])．右側のあばら骨の一番下の奥に激痛が走り([2006-04-11]に入院したときの痛さよりはマシ)，病院に行ってCTなどで検査をしてもらってわかった．超音波(エコー)検診では見えにくい結石だったみたいだ．結石といっても石のようなものからドロドロのものまであるようだ．どんなものかは取り出してみないと分からないらしい．現在の治療は絶食(少量の水は大丈夫)と点滴．内視鏡による手術をする予定で，２週間ぐらいかかりそうだった．
手術をする予定ではあったのだが，お腹の痛さが無くなっていた．そのことを医師に伝えると，「もしかしたら石が流れ出ているかもしれない」とのこと．ということで，再度CTで検査した．
CTの結果，石は大腸まで流れていた．ということで，当面は内視鏡の手術は不用とのこと．ただし，胆嚢に石はいくつか残っているようなので，胆嚢を切除する手術は別途必要らしい．この手術は込み合っているらしく，1-2ヶ月後の予定．手術をするには事前にいろいろな検査が必要とのこと．また，胆管や総胆管にも石が残っている可能性があるので，MRIの検査をしてもらう予定．結局，当面の手術は不用ではあるものの，入院と絶食はしばらくかかりそう．
点滴は1日4本(1本500ml)．2本は乳酸リンゲル液，もう2本はソルデム3AG輸液．乳酸リンゲル液は単に水分やら各種の鉱物が入っているだけのようだ．ソルデム3AG輸液には7.5%糖加，150kcalと書かれている．ということで，1日の摂取カロリーは300kcalだけ．そのため，体重は入院時から3日間の絶食で2kg減少した．
以下の囲み部分は尿の話なのでいやな人は飛ばしてください．

尿瓶で尿を集めなければならない．普通は機械に入れて比重と量を検測する．なぜか1日分の量を測るということで，別の便にためた(機械には時間とかは記録されていないのか？)．1日の量は約2000mlの量とほぼ同じ．少量の水は飲んでいるが，汗はあまりかいていないので，点滴の量と尿の量がほぼ同じなのは当たり前だ．
しょうもないことだが，尿瓶で測って初めて1回あたりの量が分かった．少ないときでは100mlちょっと．普通で150-200mlぐらい．多いときは300-500ml．朝起きて，もう耐えられないという状況が500mlだった．比重は1.01前後．

昨日(2008-12-24)の昼から流動食(ホットカルピス・ニンジンジュース・重湯<-おかゆの上澄み)が開始した．こんなんでも，食べれるって幸せ．夜は重湯とオレンジジュースと葛湯だった．葛湯が甘くて美味しかった．
今日の朝は三分粥，缶詰のパイナップル2切れ，具の入ったみそ汁，白い飲み物(少し甘かったが何か分からなかった)．
昼は五分粥，玉葱のコンソメスープ，おひたし，じゃが芋と人参と玉葱の煮付け．
固形物が食事に出てくると興奮してしまう．
昼からはようやく点滴が外れた．元気で動ける状態にあるのに，何かに繋がってはいけないというのは，結構ストレスを感じる．
明日は・・・なんだろうか，期待が膨らむ．

急遽退院[diary][gallstone]

入院して，石が流れて落ちてからは，お腹の調子は良く，落ち着いている．ただし，胆嚢に残っているものがあるらしく，いつ発作が起きてもおかしくないので，結局は手術をしなければならない状況は変らない．
手術の関係で外科の医師に見てもらった．その結果，自分の胆石は，石みたいなものではなくて，どろみたいなものかもしれないらしい，そもそも胆嚢は機能していないかも知れないということがわかった．また，寝るときは右側尾を下にして寝る方が安全とのこと．胆嚢はお腹の胃の右側にあって，その左側に出口がある．そのため，右側を下にしておけば，石とかが胆嚢から外には出にくいとのことだ．普通は座った状態でも出にくくて安全らしいが，自分の場合はそうではないらしい．
昨日の夕食は，五分粥，豆腐のみそ汁．白身・里芋・人参・麩の煮付け，何か分からない野菜のペースト，ヨーグルト．
そして，昨日の夜になって急遽，次の日(今日)退院することが決まった．退院はもう少し先だと思っていたので，うれしい．
退院前に少し検査をしなければならない．検査のため空腹にする必要があるので，今日のの朝は抜きだった．水分もだめ．再度の絶食(朝だけで大げさな！)のため，体重は少しだけ減少．入院時からだと2.5kg減った．さすがに3日間も絶食したら，1食ぐらい抜いても全然平気だ．ただ，入院して体を動かしていないというのもあるのだろうが．
検査は食事前後で超音波検診をして，胆嚢の大きさとかを見るもの．通常は食事をしていないと，胆嚢は膨らんでいて，食事後に収縮するようだ．しかし，食事前の検査では胆嚢はそれほど胆汁をためている様子がなさそうで，胆汁をためる働きをしていないかもしれないらしい．
入院中にはその他，血液が止まるまでの時間，心臓の超音波検診，心電図，肺活量の検査をした．手術をするにはいろいろな検査が必要らしい．
下の囲みはまた尿のメモ．いやな人は飛ばしてください．

点滴をしていないのと，水分を採っていないのと両方で，尿の量が格段に減った．100-150mlが標準．比重は1.02前後．

お昼ごはんで，全粥，卵白焼き(油をほとんどなし)，じゃが芋と玉葱のみそ汁，蒸しキャベツ(ドレッシングなし)，焼き茄子を食べた．食事の約2時間後に再度検査をした．まだ検査は残っているが，とりあえず無事退院した．
退院後，お見舞いに来てくれた友人とカフェでコーヒーを飲みながら，論文についての議論などをした．楽しかった．娑婆の空気はうまい！

ぼちぼち[進行状況]

英語の論文の修正は，ここのところ進み方が非常にゆっくりだ．部分的な修正はほとんどなくなってしまって，残っているのは，論文全体に関わる修正である．ちゃんとした方針を立ててから取り組まなければならない．そうしないと，論文がぼろぼろになってしまう．
現在：92/108
[2008-12-12]：81/108
[2008-12-06]：79/108
[2008-11-25]：75/108
[2008-11-16]：55/108
[2008-11-09]：35/108

Oikos 118 1[article]

Long-term persistence of a positive plant diversity-productivity relationship in the absence of legumes

Diversity in a complex ecological network with two interaction types

Landscape Ecology 23 10[article]

Pond density as a determinant of aquatic species richness in an urban landscape

Semi-natural vegetation and its relationship to designated urban green space at the landscape scale in Leeds, UK

Patterns of exotic plant invasions in fragmented urban and rural grasslands across continents

Ecological Research 24 1[article]

Floral traits variation, legitimate pollination, and nectar robbing in Polygala vayredae (Polygalaceae)

Reciprocal interactions between plants and soil in an upland grassland

Effects of long-term grazing on the morphological and functional traits of Leymus chinensis in the semiarid grassland of Inner Mongolia, China

The effects of environmental variables and human disturbance on woody species richness and diversity in a bamboo-deciduous forest in northeastern Thailand

Simulated annual carbon fluxes of grassland ecosystems in extremely arid conditions

Effectiveness of buzz pollination in Pedicularis chamissonis: significance of multiple visits by bumblebees

写真の選出[diary]

[2008-10-26]に書いた「生態学者の自然観を表現し、広く一般の人々に自然や生態学への興味を喚起するような写真」の展示会に写真が選出された．ただし，応募数が少なかったので，全ての写真が選出されたのだが．早速事務局に写真を送付した．

ファイル送付[tool]

ファイル送付でfirestorageを使っていたが，ハードディスクが壊れて新しくした関係で，ファイルをアップロードできなくてしまった．データ便・セキュリティ便も会員登録不要なのでいいのだが，ダウンロードの申請が必要なのが不便．YouSendItが簡素で使いやすそう．次はこれを使ってみよう．

Agriculture, Ecosystems & Environment 129 4[article]

Plant diversity differs between young and old mesic meadows in a central European low mountain region

Plant coverage is more important than species richness in enhancing aboveground biomass in a premature grassland, northern China

A multi-site study to classify semi-natural grassland types

余白幅の設定[tex]

プリアンブルに書いて，余白関係の幅を設定する．

\setlength{\marginparwidth}{50pt} % 傍注幅の設定
\setlength{\marginparsep}{4pt} % 本文と傍注幅との間隔の設定

論文掲載[hp][diary]

植生学会誌に論文が掲載されたので，自己紹介のページを修正(a-07)．

2008年の出来事[diary]

抱負([2008-01-01])によると，今年は2本の論文掲載を目指していた．しかし，結果は1本どまり．去年も目標を達成できていなかった([2007-12-31])．これでは2年連続ダメダメだ．その他でもいろいろとあった．とりあえず，パッと思いつくものをあげてみた．

大学院([2008-04-11])
4月から大学院に在籍．でもあまり行けていない．

歯が欠損([2008-08-30])
噛む力を適切に制御しなくては．

植生学会での発表([2008-10-19],[2008-10-20],[2008-10-21])
やっぱり学会は発表して何ぼだ．いろいろと意見をもらえるのでうれしい．

英語論文の修正([2008-11-09])
論文は投稿して編集者や査読者とやり取りとするのがしんどい．でもそれが一番勉強になる．

総胆管結石で入院([2008-12-25])
年をとると養生しなければならない．特に食べ物は大事だ．

植生学会への論文の受理，掲載([2008-09-02],[2008-12-30])
年末になってようやく1本掲載．最低限の目標達成だ．

定位置[tool]

AutoSizerはアプリケーションを特定の位置と大きさで表示できるらしい．何でもそうだが，定位置があると作業効率は高まるだろう．

穴空きのフォント[tool]

Ecofontは穴あきのフォントで，インクを節約できるらしい．ほんまか？エコという言葉の独り歩きが気になる．

パソコンの性能調査[tool]

窓の杜 - 【今日のお気に入り】PC性能を検査『
性能調査ツール「PerfChecker Mini」を使うと，パソコンの性能調査をできるようだ．

USBの抜き忘れ防止[tool]

Flash Drive ReminderはWindowsの終了時にUSBなどのフラッシュメモリの抜き忘れを防止するためのソフト．そういえば一度，公共の施設でUSBメモリを抜き忘れたことがあった(無事に戻ってきたけど)．抜き忘れたパソコンがMacだったので，これを使ってもダメだったろうが，入れておくに損はなさそう．