松村俊和のページ：日記 / 2006-01

MySQL[diary][db]

RubyとMySQLの連携は思ったよりも難航。それぞれはちゃんと動いているが、連携をするためのプログラムがなかなかうまく動かない。PHPやPerlなど、他の言語で作り直したほうが早いだろうか？

SmartOCR[tool][pc]

フリーの日本語OCRソフトでSmartOCR Lite Editionというのがあるようだ。OCR(Optical Character Recognition: 光学式文字認識)という技術はどんな仕組みになっているのかすごく興味がわく。たくさんある文字の候補の中から一番近いものを選び出すのだろうが、ここの文字に関する合致度合いだけでなく、日本語変換の辞書との照合もしているのだろう。そういった複雑な機能であるOCRがフリーで使えるのはうれしい。今まではあまり、フリーのOCRはなかったように思う。

気温分布図[tool]

灯油の消費量が異様に多いので、ポリタンクを1つ買い足して2つにした。これで灯油を買いにいく手間が少なくなるだろう。ただそれにしても2005年の12月は寒かった。気象庁の毎月の分布図では月・季節・年ごとの気温・降水量・日照時間の平年差(比)の分布図を見ることができ、とよくわかる。

GoogleMaps[tool][map]

Ajax Google Mapsを自サイトに設置するというのを参考にして(ほとんどそのまま)、職場付近の地図を表示するページを作った。マウスでドラッグすると動くし、拡大と縮小もできて楽しい。

大雪[diary]

大雪が年末から続いているので、自転車で通勤できず、車で通勤をしている。自転車での通勤が唯一の運動なので、だいぶ運動不足気味だ。

地図改定[tool][map]

Google Maps 活用講座を参考にして、この前作った地図を改定。内容：自分のパソコン用に画面の大きさを変更衛星写真と地図との切り替えボタンを設置・クリックしたら緯度経度を表示。

大雪[diary]

あまりに雪がよく降るので、雪かきに慣れてきた。

Google活用・日本のスゲ[book]

昨日、神戸に行く用事があったので、久々に大きな本屋に行くことができた。そこで確認した本をいくつか。翻訳に役立つGoogle活用テクニックという本を買った。基礎編に書かれているgoogleの検索方法は技術的には簡単なことだが、実際に活用するにはどうすればいいかという演習編は結構役立ちそう。日本のスゲは期待通りの内容だった。今日は買わなかったが、後日購入予定。はじめてのS-PLUS/R言語プログラミング―例題で学ぶS-PLUS/R言語の基本は初歩的なことしか書かれていなかったので、やや期待はずれ。

デジカメ[diary]

NikonのデジタルカメラCOOLPIX 4500を使っているが、水の中に浸けてしまったり、地面に落としたりしている。そのためか、最近は広角側のピントが甘い。甘いというかたぶんずれている。COOLPIX S4が後継機種らしい。値段はそこそこなので、買い替えを検討している。

自転車で転倒[diary]

久々に自転車で出勤したら、橋の上の凍っていたところでこけて足を強打した。

googleの検索方法[tool]

最近覚えたgoogleを使うときのコツ。検索語に「site:○○」を入れると○○というサイト内に関するものだけを検索できる。例えば、「植生 site:go.jp」で検索すると「go.jp」というドメイン名を持つところ(主に政府関係機関)だけを検索することができ、「植生 site:ac.jp」で検索すると「ac.jp」というドメイン名をもつところ(主に教育関係機関)だけを検索することができる。ただし、ドメインが「go.jp」や「ac.jp」であるからといって信用できる情報であるとは限らないのは言うまでもない。

時間づくり[diary]

しばらく前に、人と自然の博物館に行って、先生や友人と話をしていたときのこと。
ひとつは、いかに時間がない中で作業をするかということ。仕事が忙しくて、時間がないながらもどのようにして時間を作るのか、一日に少しずつでも時間を作ったり、5分の休憩時間でもあったら思考を巡らせたり、常に頭の片隅で考えをめぐらせておくことが大事だというのを聞いた。成功術 時間の戦略にもたしか気持ちの持ち方しだいというようなことが書いてあったと思う。

統計の使い方[stat]

また、普段は統計学を分かりにくい道具だとして考えがちであるものの、そうではなくて、本来ならばすべての母集団を調べなければ分からないことを、少しのサンプルで明らかにするための道具だとして考えると、もっとフレンドリーに統計を使えるようになるのではないかということを聞いた。この統計の考え方は、言い方は違うけど根本的には少し前に知人の送ったメールで書いた文章「得られた標本の数値の大小というのは、事実としてありますが、その母集団はどうなのか、というのが検定です。論文の結果で直接に論じるのは標本ですが、それが母集団でも同じ性質を持っているといえなければ、論を一般化できません。」というのと同じだろう。聞いた話は建設的な話し方で、自分の文章は否定的な書き方なので、前者のほうが聞き手(読み手)にとっては受け入れやすいでしょうね。いずれにせよ、統計とはうまく付き合わないといけない。

生命を捉えなおす[book]

通勤が電車でなくなって、自転車(雨や雪の時は車)になってから本を読む時間がめっきり少なくなってしまった。ここのところ寝る前に少し時間をとって本を読むようにしている。今はしばらく前に買った生命を捉えなおす―生きている状態とは何かを読んでいる。生物のことだけでなく、観測をする規模や物質の相などの話題もあって、興味深い内容だ。

年賀状[diary]

年賀状が住所不明で返ってきたのがいくつかある。年賀状を投函したのは12月25日ぐらいだった。あて先不明にしても、返送されるのに時間がかかりすぎだ。今から出すわけにも行かないし…。年賀状が届いていない方がおられたら、そういう事情かも知れません。すみません。

アイデア[diary]

最初のアイディアに固執するなという話は全くそのとおりだ。思いつきで行動す
るのもいいが、まずは考えて行動したり、途中でいい案が浮かべば変更する方がいいものができあがる。

google Moon[tool][map]

Google Moon。月面の地図です。拡大していってください。

紙で切る[diary]

紙をたくさん扱っていると、紙で指を切ってしまう。なんか指先が痛いなと思ったら、切っている。最近特によく切るようになったと思う。年齢によって肌質が変わるので切りやすくなるのだろうか。そういえば、今ではまっさらで明け口のくっついた買い物袋は指に水分をつけずには開けることができない。

AbleCV[tool]

写真の管理にAbleCVを使うことにした。1000円を出す価値は十分にある。Exif情報にコメントを書き込めるし、Exif情報の入出力・検索機能も優れている。写真の補正では、Picasaの操作性にはかなわないものの、それなりに使える。

旅行記(動物編)[hp][nzl]

昨年の11月に行ったニュージーランドの旅行記を少しずつ作成中。まずは、 動物編を公開。

Filebank[tool]

Filebankは大容量のファイルをインターネット上に保存することができる。しかも無料。しかし、FireFoxでは使えないのが難点。

三浦折り[diary]

三浦折りという紙の折り方がある。折り目の角が重なって紙が敗れるのを防ぐために、折り目を少しずらせていく折り方だ。ちょっと不思議な折り方だが、木の葉や蝶の羽など自然界でも三浦折りがあるのは興味深い。

旅行記(パノラマ編)[hp][nzl]

昨年の11月に行ったニュージーランドの旅行記。動物編に続いて、パノラマ編を公開。

異常気象報告[diary]

気象庁のページに異常気象報告2005というのがある。白黒で印刷すると図表が見にくい。パソコン上で見ることやカラープリンタで印刷することを前提に作っているのだろう。でも、パソコンで長い文章を読むのはしんどいし、カラーで印刷するほど興味があるわけでもない。文句を言うようなら読むなといわれそうだが、原図はカラーにしておいても凡例を工夫すれば十分に白黒でもわかるようにできると思う。そうすれば、さらに多くの人に読まれる文章にできるのではないだろうか。

日本のスゲ[book]

日本のスゲをamazonで注文したが、発送には少しかかりそう。

統計解析のための DLL[stat]

統計解析のための DLL(Dynamic Link Library)はwindows上で動くDLLを提供しているとのこと。S-PLUSで利用可能とのこと。Rでも動くのだろうか？試してみたいが、使い方が良く分からないのと当面は使う必要がなさそうなので実験せず。必要がでてきたらやってみよう。

後悔[diary]

出張で神戸に行った。仕事が終わってから大学時代に所属していた植生学研究室に行ってきた。ゼミの発表をしていたのだが、明日も仕事に行かないと行けないし、あまり時間がないため、泣く泣く発表を聞かずに帰宅。発表を聞けなかったのが残念なのと、発表者の方には失礼なことをしてしまった。

Dr. Martin Lechowicz さん[論文]

Dr. Martin Lechowicz さんのページにはこれまで発表された論文のリストがある。しかも論文のPDFファイルが公開されているので、見ることができる。

ペイント[tool]

WindowsXPに付属のペイントでは jpg, gif, tif, png 形式の画像が編集できることを最近知ったので、時々使っている。Windows98などでどうだったかは分からないが、bmp しか編集できないものだと勝手に思い込んでいた。

日本のスゲ[book]

時間がかかると思っていた日本のスゲがきた。詳細な検索があるし、部分ごとの写真や解説が充実している。これは買ってよかった。

ソフトマウスボタン[tool]

ソフトマウスボタンはクリックなしでマウスが操作できるフリーソフト。常駐させるほどではないけど発想がいい。

changelog導入[changelog]

秀丸からブログ更新！WindowsにChalowをインストールを参考にして
、(圧縮ファイル)をインストールした。chalowはChangeLogメモを html に変換するプログラムである。これを使ってメモ自体は前から作っていたが、単純な検索しかしていなかった。chalowをインストールすると、カテゴリや日付ごとのページを作って整理してくれる(例えば、こんな感じ)。これは便利だ。

ひと段落[diary]

昨日で仕事がひと段落して、今日は久々にちょっと早く帰ってきた。

旅行記(乗り物編)[hp][nzl]

ニュージーランド旅行記の乗り物編を公開。

省エネしようよ[tool]

窓の杜で紹介されている省エネしようよ!は画面の電気を消して電力消費を抑えるソフト。このソフトは導入していないけど、省エネ＋バッテリーの消費電力を抑えるために、画面の背景や通常使うソフトの背景色を黒に設定している。そのおかげで、バッテリーの持ちがだいぶ違う(と思っている)。バッテリーの消費が激しくて困っている方はお試しください。ちなみに、AC電源にノートパソコンをつないでいるときにはバッテリーを外したり、全部使い切ってから充電するなどの対策はもちろんしています。

chalow で日記[hp][changelog]

chalowを使って日記をつくることにした。通常のメモとホームページとを分ける必要がなくなって、手間が省ける。また、データの一元化にも役立つ。これに伴って、ホームページの体裁を大幅に変更。

画像自動収集機[tool]

画像自動収集機を使うとgoogleの画像検索を使って収集した画像を自動で保存してくれる。

dosコマンドの解説ページ[changelog][pc][dos]

http://always-pg.com/site_map.html
http://itpro.nikkeibp.co.jp/free/NT/WinKeyWord/20040805/1/
http://blog.mag2.com/m/log/0000106066/106674005?page=1
http://ykr414.com/dos/dos05.html
これらのページで勉強して、最終更新日以降に更新されたファイルを ftp.exe で転送するバッチファイルを作成。

Naefの木のおもちゃ[diary]

スイスのNaefという会社は、興味をそそる木のおもちゃを作っている。普通の積み木のようで、そうでない。これは楽しそう。

統計結果の書き方[stat][論文]

Japanese Journal of Clinical Oncology投稿に際しての統計解析結果のレポートに関するガイドラインのテキストファイル(PDFファイル)は論文の統計解析結果を書くときだけでなく、研究計画を作成するときにも役立つ内容だ。
以下、ちょっと長いが特に有用だと思うところを引用。

１-２-２　 p値の示し方（Exact p-value）
統計学的に有意でなかった検定の結果を、一律に“N.S.”や“not significant（有意差なし）”と示すよりも、例えばP＝0.23のような実際のp値（Exact p-value）として示す方が望ましい。
表や図の中で示されるp値は本文の中で繰り返される必要はない。通常、p値は小数点以下３ケタ（P=0.025、P=0.003）まで示されるが、p値が0.1より大きい場合には、P=0.25のように小数点以下２ケタで充分である。非常に小さいp値の時はP < 0.001やP < 0.0001のように示して構わない。“p”でも“P”でもどちらでもよいがP（大文字イタリック）が国際標準である。

１-２-３　 点推定値と信頼区間
2) 平均値は通常、元のデータを越える有効ケタ数を示す必要はないが、標準偏差や標準誤差は元のデータより１ケタ多く示す。割合をパーセントで示す場合、 56.47%というように小数点以下２ケタまで示す必要があることは稀であり、特に例数が少ない時には38.6%のように小数点１ケタを示すことも必要でない場合も多い。極めて少ない例数における割合の表示でパーセントを用いることは避けるべきである（例：1/1=100%、2/2=100%）。ｔや χ２、rのような検定統計量は小数点以下２ケタで充分である。ただし、これらの注意点は結果の表示の際の話であって、解析の途中では（切り上げ、切り捨て、四捨五入のような）まるめは行うべきではない。

２-１-３　統計学的有意性と臨床的意義
例数が充分に多い（sample sizeが大きい）場合は、小さい差であっても“統計学的有意”となりうる。仮想的には1500例以上を登録する無作為化比較試験では５年生存率で５％以下に相当する小さな（生存時間分布の）差を検出できることになる。こうした小さな差が仮に“統計学的に有意”であったとしても、個々の患者の治療においては臨床的に必ずしも重要であると言えない場合があるだろう。一方、例数が少なくて、非常に大きな差であっても“統計学的有意差”が得られない場合があるが、それが臨床的に重要な差であるとみなせるならば単に“有意差がない”として無視されるべきではなく、さらなる検討の対象とされる（新たな臨床研究を行う）べきであろう。研究者は「統計学的有意差」と「臨床的な重要性」を明確に区別する必要があり、“臨床的に意味のある差”を検出し得るような研究デザインを組むべきである。

２-１-５　 確定的か探索的か？
確定的なデータ解析か、探索的なデータ解析かは常に区別されなければならない。
探索的データ解析の弱点は先述した多重性である。すべての探索的データ解析の結論は「さらなる検討を行う必要があり、かつその価値がある」か、「これ以上検討の価値がない」かのどちらかである。いかに“高度に有意な”結果が得られようとも基本的には同じである。なぜなら、予め計画された以外の探索的な解析では、自由に何通り（何十通り、何百通り）もの計算が可能であるため、意図したかそうでないかに関わらず“差のありそうな”比較に注目して進められた（“fishing”と呼ばれる）可能性が常にあり、“たまたまその時だけ偶然に出た（有意）差”を拾っているに過ぎないことを否定できないからである。

更新ファイルを転送するバッチファイル[changelog][pc]

昨日作成した更新ファイルを転送するバッチファイルを公開。たいした内容ではないが、バッチファイルとしてはそれなりに使えるものを作ったつもり。できれば、xcopyを使わずに直接更新ファイルの一覧を作成するようなもに改変したい。