松村俊和のページ：日記 / 2008-05

諸々の写真[教訓][論文]

人前で話をしようとすると，写真で状況を示すのが一番わかりやすい．昔に比べたらだいぶ色々と写真を撮っているように思うが，いざ探すとなかなか見つからない．例えば，調査地点の写真の場合，調査地をアップしただけの写真ではなかなか他人に説明するには十分でない．草丈がわかるようにスケールを当てておくとか，ちょっと引いて周りの景色を入れて全景をおくとかが大事だ．また，普段からどういう場合に使おうということを考えて，意識的に撮影しておくことが何よりも重要だろう．また，写真のExif情報に覚書を書いておくとすごく便利．今回もAbleCVが役立った(参考：[2007-09-22]・[2006-08-13]・[2006-01-17])．

Journal of Applied Ecology 45 3[article]

SPECIAL PROFILE: POLLINATION AND POLLINATORS

The interplay of pollinator diversity, pollination services and landscape change

The restoration of ecological interactions: plant-pollinator networks on ancient and restored heathlands

At what spatial scale do high-quality habitats enhance the diversity of forbs and pollinators in intensively farmed landscapes?

The influence of grazing intensity and landscape composition on the diversity and abundance of flower-visiting insects

The effects of forest fragmentation on bee communities in tropical countryside

Wild bee pollinators provide the majority of crop visitation across land-use gradients in New Jersey and Pennsylvania, USA

Environmental and landscape effects on cross-pollination rates observed at long distance among French oilseed rape Brassica napus commercial fields

Local and landscape effects of organic farming on butterfly species richness and abundance

その他

Ski tourism affects habitat use and evokes a physiological stress response in capercaillie Tetrao urogallus: a new methodological approach

Restoration of salt-marsh vegetation in relation to site suitability, species pool and dispersal traits

植生学会第13回大会[備忘録]

2008年10月11日(土)〜13日(月・祝)に植生学会第13回大会が開催される．今年は何を発表しようかな．

Ecology Letters 11 6[article]

Global concordance in diversity patterns of vascular plants and terrestrial vertebrates

仕上げ[進行状況]

英文校閲の質問に対する返事が返ってきたので，早速原稿を修正した．

reshape[stat][r]

Rでまず修得すべき技能は何か?の中で解説されているreshape(data.frame)という関数で，データフレームの形式変換が出来るようだ．as.data.frame.tableという関数と似ているが，使い方はちょっとちがうみたい．

Journal of Biogeography 35 6[article]

A general dynamic theory of oceanic island biogeography

Coalescent analyses support multiple mainland-to-island dispersals in the evolution of Malagasy Triaenops bats (Chiroptera: Hipposideridae)

Cycads in the insular South-west Pacific: dispersal or vicariance?

Colonization and diversification in the African 'sky islands' by Eurasian Lychnis L. (Caryophyllaceae)

Origins of Bradyrhizobium nodule symbionts from two legume trees in the Philippines

Turnover of plants on small islets of the eastern Aegean Sea within two decades

Are small sedentary species affected by habitat fragmentation? Local vs. landscape factors predicting species richness and composition of land

Vascular plant species richness in relation to habitat diversity and island area in the Finnish Archipelago

Mammals of Borneo - small size on a large island

Why is habitat breadth correlated strongly with range size? Trends amongst the alien and native floras of Mediterranean islands

The biogeography of avian extinctions on oceanic islands

Extinction of the autochthonous small mammals of Mallorca (Gymnesic Islands, Western Mediterranean) and its ecological consequences

Mass extinctions in the Azores during the last glaciation: fact or myth?

Human impact on an island ecosystem: pollen data from Sandoy, Faroe Islands

図表を入れる[tex]

[2007-08-02]に書いていたメモを実際の文書に入れる場合の例を[2008-01-07]に書いていたが，mediabbを使うのなら，「bb=...」というところは不要なので，下の例でも可能だ．

\documentclass[a4,12pt]{jsarticle}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{mediabb}
\begin{document}
\includegraphics[width=8cm]{d:/fig1.pdf}
\includegraphics[width=10cm]{d:/fig2.pdf}
\end{document}

FORTRAN[program]

学生時代に実習で少しだけかじったことがある．でも，ほとんど忘れてしまった．訳あってちょっとだけFORTRANを勉強するので，参考になるページをリンク．

Fortran入門

FORTRANプログラミング初級編

マルコフ連鎖モンテカルロ法[book]

マルコフ連鎖モンテカルロ法は本屋で見てみたい本だ．内容が良かったら欲しい．

オンラインストレージ[tool]

リコーが写真や文書などを1GBまで無料でアップロード・共有できる“quanp”というのを作ったらしい．無料なのはうれしい．しかし，専用ソフトを使わないといけないのがいやだ．

フォルダリン[tool]

フォルダの階層構造を簡単コピーするフォルダリンは使えそうなソフト．ファイル自体は複写したくなくても，フォルダの構造だけコピーしたいというのは時々ある．

画像を回転させる[tex]

PDFで書いた画像をTeXの途中にを読み込んでいたら，なぜか分からないけど画像が思わぬ方向に回転してしまっていた．TeXで画像を回転させるコマンドによると次のようにすれば画像を回転させることができるようだ．

graphicx.styが必要

プリアンプルに「\usepackage[dvips]{graphicx}」を書いておく
画像のみを回転させる場合は次のようにする．

\includegraphics[width=\linewidth,angle=90]{fig.pdf} % 「angle=」で制御

figure環境自体を回転させるには

\begin{figure}[p]
\rotatebox{90}{ % 90度回転開始
\begin{minipage}{.70\linewidth}
\includegraphics[width=\linewidth,angle=90]{fig.pdf}
\end{minipage}
} % 90度回転終了
\end{figure}

英文論文の原稿[進行状況]

初めて英文の原稿を投稿した．結果はいつごろ返ってくるか分からないが，ネットで査読状況がわかるようだ．

Functional Ecology 22 3[article]

The chemical ecology of seed dispersal in monoecious and dioecious figs

縦書き[diary]

新聞以外で縦書きの文章を読むということが非常に少なくなった．それに，書籍や新聞をはじめいろいろなところの文字の大きさは，一昔前と比べて格段に大きくなった．

文献読み[diary]

論文を書くために今までためていた論文をひたすら読んでいる．まずはAbstractを読んで，図表にもざっと目を通す．必要だと感じたら本文も読むが大抵はAbstract止まり．

ウツボグサ[photo][plant]

早くもウツボグサが咲いている．

引き続き文献読み[diary]

40ぐらい読むべき文献があった．ようやくあと一桁まできた．あと1日で完了させたい．

文献読み完了[diary][進行状況]

とりあえず，当初の予定の文献読み(着生植物関連)が完了した．とりあえずざっと目を通したので，引用できそうな論文はきっちりと読み直そう．
ひとまず完了した文献のabstract読みだが，基本的に文献を読みながらパソコンでメモを取っていた．気づくと画面に「あああああああああああああああああああああああああ」という文字の羅列が．気を失っていた．幸いメモを消したりはしていなかったようだ．

ノアザミ[photo][plant]

ノアザミ．[2007-11-12]にも同じことを書いたが，キク科が5数性なのがよくわかる．下の写真は上の写真の一部を拡大したもの．

生態学関係のパッケージ(Environmetrics)[r][stat]

[2006-08-22]に書いていたけど忘れていたので再度メモ．生態学関係のパッケージを一括してインストールするにはEnvironmetricsが良い．
参考

CRAN Task View: Analysis of Ecological and Environmental Data

CRAN Task View - RjpWiki

Azolla[photo][plant]

↓Azollaとアオサギ．ぱっと見たときは，アオサギがAzollaの上に立っているのかと思った．よく見ると枝に乗っていた．

↓Azollaとオオカナダモ．どうも不気味な光景．

コメツキムシ[diary]

久々にコメツキムシをみた．必ずやってしまうのが，平らなところに仰向けにしてパチンという音とともに飛び上がらせること．子どもの頃はもっと頻繁に見たような気がする．

クスノキ・カナメモチ:[plant][photo]

春は色々な花が咲く．全体的に目立たない花があれば，一つ一つはそれほど大きくないがまとまって咲くことで目立つものがある．
↓クスノキ

↓カナメモチ

チガヤ[plant][photo]

↓チガヤ 間の黄色いのはミヤコグサ．チガヤはこれぐらい穂がそろっているときれい．

Panoramio[map][google]

Panoramioを使うと写真をgoogleの地図上に表示できるらしいことを知った．早速アカウントを作成してみた．GPS受信機とカシミール3Dのデジカメプラグインを使ってExif情報に緯度経度を入れておけば，画像をアップロードしただけで地図上に配置してくれた．いろいろと([2006-08-03]とか[2007-11-07])画像をウェブの地図上で表示させる方法はあるが，これは便利そう．

コバノタツナミ[plant][photo]

コバノタツナミの花．

GPSの使用[map][article]

Natureの記事
位置情報は生物の研究に必要で，現在ではGPSという簡素かつ簡単な道具があるので活用すべきだという内容．

腱鞘炎？[diary]

右手の親指の辺りが痛い．パソコンでポインティングデバイスを使って作業をするときはできるだけ左手を使うようにしよう．また，変換のためのスペースキーも左手を使おう．

KeyCtrl[tool]

KeyCtrlはレジストリを書き換えるので，常駐せずにキーボードの配置を変更できる．ただし，ThinkPadのブラウザキーのように特殊なのは駄目.