松村俊和のページ：日記 / 2008-11

IAVS[diary]

IAVSのウェブページが新しくなった．それとJournal of Vegetation Science(JVS)とApplied Vegetation Science(AVS)の出版社が変更された(次号から変更される)．英語の論文はAVSに投稿している．投稿のウェブページも更新されていた．今までに投稿したものは，自動的にウェブ上の投稿が更新されるのだろうか．とりあえず昨日のメールでは，ウェブ上での作業ではなくて，直接担当編集者に原稿を送るように指示を受けているので，当面はそれでいいだろう．

重たいメール[進行状況]

昨日の朝に電子メールの確認をしたら，やたらと重たくてなかなか保存作業が終わらない．メールの件数は3件なのに，3MB近い大きさだ．誰かが写真か何かを送ってきているのかと思っていた．保存が完了して，件名を見てびっくり．英語の論文([2008-06-11])の査読結果だ．
まずは，他の2件のどーでもいいメールを開いてから捨てて，心を落ち着かせる．やたらと分量が多いということは，一発却下ではなさそうだ．でも，安心はできない．おもむろに内容を確認．どうも却下ではなさそう．ただ，査読者が3名もついているではないか．中身をざっと見てみると，3名とも悪くは無い評価をしてもらっているのに，なぜだろう？報告書は担当編集者(6.5頁)と査読者3名(0.5頁，2頁，2頁)で合計11頁．担当編集者の分量がやたらと多いのはつらい．でも，それだけ力を入れてみてくれているということだと思って感謝するしかない．英語でのお手紙をこの2倍以上の分量で書かないと駄目なのだろう．
自分自身が査読者と著者と両方の立場に立つようになって分かったのは，立場が違えば査読報告書の分量に対してかなりの意見の相違がある([2008-10-18])．著者は査読報告書の分量が多いと面倒を感じる．一方，査読者としてきっちりとした仕事をしているとそれなりの量の査読報告書になってしまう．
[2008-09-01]に書いたようには，英語の論文が帰ってくる前には次の論文の用意まではたどり着かなかった．それでも，次の論文はもう少しでとりあえずの完成までたどり着きそう．

自分への覚書(当面の優先順位)

着生植物

英語論文

依頼原稿(12月末〆切)

草原生植物

その他

迷惑メールの確認[diary]

久々にGmailで迷惑判定されたメールを確認したら，Wiley-Blackwellからの雑誌表題が入っていた．新しくなってからあんまり配信されていないと思ったら，そういうことだったか．設定を変更した．まずは，着手中の論文を仕上げたいので，ほとんど論文を読んでいる時間は無いけど，興味がある表題だけ覚書を残しておく．

Journal of Ecology 96 6[article]

Phenology of fine roots and leaves in forest and grassland

Oikos 117 10[article]

Dispersal and seed limitation affect diversity and productivity of montane grasslands

Dispersal strategies and spatial organization of vegetation in arid ecosystems

Invasibility of grassland and heath communities exposed to extreme weather events - additive effects of diversity resistance and fluctuating physical environment

Diversity and Distributions 14 6[article]

Species richness of herbivores on exotic host plants increases with time since introduction of the host

Additive partitioning of butterfly diversity in a fragmented landscape: importance of scale and implications for conservation

Global Ecology and Biogeography 17 6[article]

What determines the relationship between plant diversity and habitat productivity?

Soil salinity determines the relative abundance of C3/C4 species in Argentinean grasslands

Diversity and species composition of West African ungulate assemblages: effects of fire, climate and soil

Journal of Biogeography 35 11[article]

Definition of grassland biomes from phytoliths in West Africa

記録媒体[diary]

フロッピーディスクはほとんど使うことは無い．それでも，デスクトップパソコンには読み書き装置が付いているのが多い．ところで，荷物の整理をしていたら，一時期よく使っていたMOがでてきた．最近では全く使っていない．記録媒体があっても，読み書き装置が無くなると保存している意味がなくなってしまう．同じようにファイル自体はあっても，それを読めるアプリケーションがなくなると駄目だ．その点ではテキストファイルだと汎用性があるので，ほとんどそのような心配をする必要が無い．

Environmental and Ecological Statistics 15 4[article]

Comparing geographic boundaries in songbird demography data with vegetation boundaries: a new approach to evaluating habitat quality

Plant Ecology 199 2[article]

Postfire seed bank dynamics in semiarid grasslands

Arbuscular mycorrhizas contribution to nutrition, productivity, structure and diversity of plant community in mountainous herbaceous grassland of northern Greece

外部記憶データベース[tool]

外部記憶データベースは複数のテキストファイルを管理するソフト．テキストエディタを使い慣れてない人にとっては試す価値があるかも．Grepができるテキストエディタに慣れている人には不要かも．

Biodiversity and Conservation 17 13[article]

Impacts of large dams on riparian vegetation: applying global experience to the case of China’s Three Gorges Dam

Seedling establishment of vascular epiphytes on isolated and enclosed forest trees in an Andean landscape, Ecuador

Changes of species richness pattern in mountain grasslands: abandonment versus restoration

Rの解析結果[diary]

[2008-10-25]に書いたテキストファイルを介する方法で，Rの解析結果をLaTeXの本文や表に入れ込む作業がほぼ終わった．こうしておくと，安心感がある．万が一，解析結果が変わったとしても，本文や表を触らなくても，数値は自動的に更新される．こういった作業をいちいち手作業でやるのは，時間の無駄だ．無駄な手作業を繰り返していると，「自分は，同じことをなんどもやって，何をしてんにゃろ」と思ってしまう．こういう疲労感がないのがうれしい．

コンパクトデジカメと魚眼レンズ[tool]

DMC-LX3はコンパクトデジカメでありながら，マニュアル操作が充実していて良さそう．デジタル一眼レフより，値段が適当だし，軽いのが良い．拡大機能が劣るのは仕方ないか．
ところで，魚露目8号という魚眼レンズがあるのを知った．いろいろなコンパクトデジカメに簡単に取り付けられそうなのが良さそう．画質はそれほど良くないのだろうけれども，全天写真ぐらいの用途には耐えるのだろうか．

Functional Ecology 22 6[article]

Long-term enhancement of N availability and plant growth under elevated CO2 in a semi-arid grassland

A4の紙に出力[r]

しばらく前まで，Rで作図したものをPDFで出力する時には，widthとheightで幅と高さを指定していた．何かの拍子にpdf()のヘルプを見ていたら，用紙の大きさの指定はpaper="a4"とすることを知った．描画領域の大きさの設定は，今までの方法で良くて，widthとheightで指定する．

pdf("d:/hoge.pdf", width=8.26, height=11.69)
plot(rnorm(100), rnorm(100))
dev.off()
pdf("d:/hunya.pdf", paper="a4", width=8.2, height=11.6)
plot(runif(100), runif(100))
dev.off()

図の挿入[tex]

LaTeXで図を挿入するのと，それを参照する方法の覚書．

\usepackage{graphicx} % プリアンブルに書いておく．
\usepackage{mediabb} % プリアンブルに書いておく．
\begin{document}
本文本文本文(図\ref{figtitle})． % 本文での図番号の参照
\begin{figure}[p] % 図表を入れる
  \begin{center}
    \includegraphics[width=10cm]{D:/figtitle.pdf}
  \end{center}
  \label{figtitle} % 図番号
  \caption{図の説明}
\end{figure}
\end{document}

着生植物の改訂稿[進行状況]

着生植物の論文を共同研究者に見てもらって，意見をもらっていた．その意見を受けた改訂稿ができた．早速，共同研究者にメールで送った(関連日記：[2008-11-01], [2008-04-10])．

表中の中途半端な横線[tex]

表の右から左まで全部の横線ではなく，途中だけに横線を引きたい場合，\lineや\midruleの代わりに\cline{n-m}とすると，n番目からm番目までの項目にわたる横線を引くことができる．
参考：LaTeXで表を作るには

ウェブ上の例文集[tool]

日本語例文検索 JReKと英語例文検索 EReKは，それぞれ日本語と英語のウェブページを例文集とみなして，検索するサイト．ウェブ上の情報なので，正いい表現だけではないが，参考にはなる．

Biological Conservation 141 12[article]

Regional population viability of grassland songbirds: Effects of agricultural management

Remaining large grasslands may not be sufficient to prevent grassland bird declines

指摘の項目数[進行状況][論文]

[2008-11-01]に書いた11頁にわたる指摘の項目を数えてみた．何の因果だろうか，煩悩と同じ108．そのうち，修正が終わったのが35．数だけで見れば約1/3が終わったことになる．でも，修正したのはすべて，短い語句の追加・削除・修正など軽微なもの．
数を数えている暇があったら，修正作業をするほうがいいのだろうが，現実逃避をしながらでないと，こんな大変な作業はできない．結果的にやり遂げればいいのだ．何があっても，ここでくじけてはいけない．結構こういうところでくじけてしまう人が多いのではないだろうか．JVSやAVSの中には受付から受理まで1年半ぐらいかかっているものがそれなりにある(もちろんそれよりも短い期間のものもたくさんある)．場合によっては3年というものも．いずれにせよ，受理された論文はくじけずに編集者とのやり取りをしたからだ．くじけてしまっては，論文が受理されることはない．
論文は投稿するまでより，編集者とのやり取りが大変だし，それが一番大事な作業だ．今までの経験では少なくともそうだった．できれば，投稿後のやり取りが楽な論文を書きたいのだが．
論文の修正お手紙では，[2008-07-07]に書いた書籍やウェブページを参考にしている．また，[2008-07-14]に書いた外部ファイルの相互参照を使っている．これを使わないと，修正箇所の確認だけで1日はかかりそう．また，間違いを続出するであろう．

調査終了[diary]

今年度に予定していた調査が終わった．調査をしていて思ったこと．ふだんぶらぶらと散策しているだけでは感じないことでも，調査をしていると真剣なので，気づくことがある．やっぱりなんとなく見ているのと，問題意識を持ってみているのでは全然違ってくる．
また，一般的に当たり前だと思われることでも，ちゃんとした調査結果がないことが結構多くある．そういう情報がいざ必要になっても，誰かが調べていなければ自分で調べるしかない．基礎的な資料は本当に大事だ．調査結果を示して述べるのと根拠の希薄な一般論として述べるのとでは，説得力の度合いが違う．

Acta Oecologica 34 3[article]

Human population, grasshopper and plant species richness in European countries

Early environments drive diversity and floristic composition in Mediterranean old fields: Insights from a long-term experiment

Seasonal variations in nitrogen mineralization under three land use types in a grassland landscape

Plant-pollinator interactions: comparison between an invasive and a native congeneric species

図表の相互参照[tex]

KuboLog2008-11-01によると，図表の相互参照中では\begin{center}\end{center}を使うのでは，\centeringを使うほうが良いらしい．まだ，ここまでの域には達していないが，もうすぐしたら図表をたくさん使った文章を書かねばならないので，手を伸ばそうと思っている．

電子化していない論文[diary]

ここ数年は新しい論文ははじめから電子化されてものが多く，電子化されていない場合はScanSnapを使って，電子化している．それ以前の論文はほとんどを一気に電子化したつもりだった．
でも，論文のPDFファイルを見ようとしたら，見当たらない．スキャンしていないものはまとめて保管してあるので，そこを見たが，それでもない．色々と探した後でようやく見つかった．
論文を使おうと思ってまとめているところから取り出し，別の場所に一時的に移動させていたのだ．実は結構こういった論文があって，いざ使おうと思ったら，見当たらないということがある．全てでなくてもいいが，さしあたり使いそうなものは電子化しておくべきだと痛感した．

流暢過ぎる[diary]

編集者や査読者の指示に従って，[2008-11-01]の論文改訂をしている．編集者が論文の一番初めの文章の提案をしてくれている．その文章がすごく流暢過ぎる．ほぼそのまま使ってもいいのだろうが，あまりに後ろの文章との釣り合いが取れていないように感じる．

指示の具体性[diary][review]

査読者からの指示で，具体的な修正方法を示してくれているところは，直すのが早い．しかし，具体的でない説明の要求に対する修正派大変だ．もちろん，文章の責任は著者にあるので，査読者が全て具体的な修正方法を示す必要はない．それでも，あまりに抽象的すぎる指摘はよくないだろう．査読をするときにはできるだけ，具体的な説明を心がけようと思う．ただし，具体的に説明するのと自分流を押し付けるのとは違うので注意が必要だ．

改行幅を変える[tex]

TeXで改行幅を変えるには，\baselinestretchや\baselineskipがある．詳しくは下のリンクを参照．

文系のマカーにも「使える」LaTeXの本文の書き方

LaTeX入門のとにかくLaTeXで文書を作ってみよう

文章のつながり[diary]

ひとつの文を書くのは比較的簡単な仕事だ．しかし，文と文とのつながりを考えて，文章にするのは大変だ．でも，わかりやすい文章の書き方(九州大学の矢原さん)に書かれているように「後の文章では、前の文章の主部または述部に必ず言及する」ということを心がければ自ずと文章のつながりができてくる．この方法は，理科系のための英文作法にも書かれている．
いきなり全体のつながりを考えて文章を書くということは，少なくとも自分には難しい．そこで，材料となる短文をたくさん書いていき，後からそれをつないでいく．つなぐ時には，上記方法を使う．

小型プロジェクタとスクリーン[tool]

最近，小型のプロジェクタが次々と出ているようだ．でも，明るさがもうひとのようよう．そんな場合のために，超小型プロジェクタの性能を倍増できるスクリーンあるらしい．

修正中[進行状況]

ぼちぼちと，英語論文の修正をしている．一気には進まない．ようやく修正済みが半分を超えた．
英語の修正ばかりやっているとしんどいので，合間には依頼原稿の執筆とか調査資料の入力作業とかを交えつつ進めている．依頼原稿は予定よりも早く仕上がりそう．たぶん．
修正済み
現在：55/108
[2008-11-09]：35/108

日本のこと[論文][diary]

論文を修正していて，具体的に書く重要性を再度感じた．特に，外国の人を読者として考える場合で，日本のことを書くのならば，調査地点・調査方法・解析方法は自分で思っているよりも具体的に書かなければ，なかなか通じない．例えば，日本の水田畦畔がどのようになっているとか，圃場整備がどのように行われるとか．いざ英語で説明しようとすると，時間がかかる．
また，編集者が大きな誤解をしていることに気づいた．こちらは日本固有のことではなく，誤解釈をし得る表現をしていたためだ．日本語で誤解を解くような説明をするのは簡単だけど，これも英語で説明するのは非常に難しい．

面倒なのが残る[diary]

たくさんある修正の指摘事項を本格的に修正しなおしている．いろいろな度合いの指摘事項があるが，よく読むと，難しく無い指摘が結構ある．それらを丁寧に説明していくと，指摘事項は結構減っていった．でも，後回しにされて残っていくものは，面倒な指摘がほとんど．
一番厄介なのは，質問や指摘の意図が良く分からないもの．いくつかは，何度も文章を読んでいたり，他の指摘との関連で分かってきた．それでもやはり意図が良く分からないものが残ってしまう．

丁寧に書く[論文]

解析方法や調査地の設定は，丁寧すぎるぐらいに書いて他人にはちょうどいいぐらいなのだろう．より詳しく書いて，これは余計だから消すように言われた場合は，消すのは早い．後でで追加しろと言われて，作業するのは面倒だ．

スターリングエンジン[diary]

スターリングエンジンというのがあることをテレビのニュースで知った．温かいコーヒーが入ったカップの上に置いても発電できるらしい．実演を見ていると，コーヒーから出る蒸気で発電しているのかと勘違いした．温度差で発電していることを後で知った．わずかな温度差でも発電できて，発電効率がいいという特徴がある．これはすごそう．

Journal of Biogeography 35 12[article]

Can spatial variation in epiphyte diversity and community structure be predicted from sampling vascular epiphytes alone?

作業環境の再構築[diary]

ハードディスクのクラッシュを初めて経験した．どうも音がおかしいと思っていたら，しばらくしてOSが動かなくなってしまった．
こんなときのために，データのバックアップは普段からしているので，データは大丈夫．作業環境の復旧にしばらく時間がかかると思った．幸いにして，少し前の作業環境が別のハードディスクに残っていた．それを元にして作業環境の復旧をした．ハードディスクは基本的に消耗品なので，新しいハードディスクに交換したとしてもいつ壊れるかは分からない．壊れるものとして，考えておかねばならない．今までは，今まではOSと同じドライブにアプリケーションを導入していたので，作業環境の復旧にはやや時間がかかってしまう．これからは，Hidemaru・TeX・Rなどの必須アプリケーションはOSとは別ドライブに導入して，データと一緒にバックアップをするよう作業環境を再構築する予定．

現実逃避[diary]

次々と優先順位の高い作業を終わらせていくのが，誰しもが考える予定だ．でも，現実にはなかなかそうはいかない．予想以上に時間がかかることがほとんど．原因は次のいずれか．

作業を取り組むまでに時間がかかる

決定に時間がかかる

作業自体に時間がかかる
このうち，一つ目は現実逃避していることが多い．現実逃避では，内容はともかく作業効率は高いことがある(参考：現実逃避の方が生産性が高い)．でも，意味のない作業をしていてはダメだ．
本来の優先順位の高い作業が，達成感の少ないあるいは達成するまでに時間がかかる場合は，どうしても達成感が得やすい優先順位が下位の作業をして現実逃避をしてしまう．そういう時の現実逃避は有益な場合が多い．

文献を探す[google]

GoogleScholarは2004年12月ごろから使えるようになったようだ．自分がいつごろから使っているかは覚えていないが，知ってからは文献の検索ではまずこれを使っている．すごく便利だ．英語論文の修正で，3箇所で文献を引用するようにという指摘があった．引用できそうな論文を探すのに，今回もお世話になった．まずは，適切な用語でできるだけ新しい文献をいくつか入手する．それ自身やそこから引用している論文を探して，さらに文献を探す．当分英語とにらめっこだ．
GoogleScholarは単に文献を探す以外にも活用方法はあるらしい(医家向け電脳道具箱その壱「Google Scholarを使い倒す」)．

残り1/3[進行状況]

英語論文の修正がほぼ2/3終わった．残り1/3だが，作業時間はこれまで以上にかかるだろう．年末までに完了できれば，年末年始の時間を次の作業に当てられるので，すごくうれしい．
現在：75/108
[2008-11-16]：55/108
[2008-11-09]：35/108

覚書(当面の優先順位)

英語論文(2/3完了)

着生植物(ひと段落ついた)

依頼原稿(ひと段落ついた・12月末〆切)

草原生植物

その他

重複ファイル[tool]

文献のPDFファイルを沢山保存していると，中には重複したものがでてくる．そんなときに，UnDupを使うと，重複ファイルをすばやく確認することができる．削除するだけでなく，一覧を出力できるのがうれしい．

現実逃避[diary]

現実逃避として，ただ単にウェブ閲覧などに時間を割いてしまっては，本当に逃避しているだけでもったいない．最も優先すべき作業がはかどらない時の現実逃避として，優先すべき作業以外に次のような作業があれば，比較的有効に時間を使える．具体的には，調査資料の入力作業，たまっている文献や書籍を読む，部屋の片づけをするなどだろう．いつまでも本業に戻らずにやっていては駄目なので，時間や目標工程を決めて逃避するのが肝要だ．

達成感の得やすい

いつでも作業に取りかかれる

する意味がある

アメリカ英語[english][論文]

論文でイギリス英語を使うかアメリカ英語を使うかはどちらでもよくても，一つの論文ではどちらかに統一しておかなければならない．ネットで調べてみると，一般的にはアメリカ英語だけ受け付けるというのはあっても，イギリス英語だけ受け付けるというのはあまりなさそう．とりあえずはアメリカ英語を習得するのが得策だろうか．以下は，エディテージからのメールに書かれていたアメリカ英語についての文章の要点．

引用符ははじめに""を使って，引用符の中では''を使う

カンマやピリオドは引用符の中に入れる

andやorの前にカンマを付ける

i.e.やetc.やe.g.の後ろにカンマを付ける

Dear Sir :のように，cover letterでの相手の名前の後ろにコロンを付ける

年月日は，September 28, 2008のように表現し，文章中では年の後ろにカンマを付ける

アメリカ英語の辞書で綴りを確認する

Restoration Ecology 16 4[article]

Factors Affecting the Restoration of Heathland and Acid Grassland on Pteridium aquilinum; Infested Land across the United Kingdom: A Multisite Study

The Importance of Soil Characteristics in Determining Survival of First-Year Cottonwood Seedlings in Altered Riparian Habitats

Grazing Gradient versus Restoration Succession of Leymus chinensis (Trin.) Tzvel. Grassland in Inner Mongolia

氏名の修正[diary]

[2008-10-11]に書いた査読の件で，氏名が間違えていることを編集委員会に電子メールで連絡していた．次号にて修正してもらえるとの連絡があった．ありがとうございます．

邪道な論文読み[diary]

論文の修正で引用できそうな論文を探すため，英語の論文を読んでばかりいる．Abstract, Introduction, Disccussion, Conclusionのところだけを摘み読みしている．ほとんどが電子媒体なので，AdobeReaderや秀丸エディタ上で適切な単語や句で検索しつつ読む．エディタで読むと，検索した語がすべて強調表示されて，どこを読むべきかわかって非常に便利．また，正規表現を使うと複数の語を検索可能であり，ますます便利．電子媒体の斜め読みとも言うべきか．でも，こんな読み方は，邪道だろうなー．

Agriculture, Ecosystems & Environment 129 1-3[article]

Effects of road age on the structure of roadside vegetation in south-eastern Australia

Expansion of Calamagrostis villosa in sub-alpine Nardus stricta grassland: Cessation of cutting management or high nitrogen deposition?

Pollinator diversity increases fruit production in Mexican coffee plantations: The importance of rustic management systems

Development of biodiversity in field margins recently taken out of production and adjacent ditch banks in arable areas

Post-dispersal predation of weed seeds by small vertebrates: Interactive influences of neighbor land use and local environment

Shrinkage and fragmentation of grasslands in the West Songnen Plain, China