松村俊和のページ：日記 / 2009-01

今年の抱負[diary]

ここ2年間達成できていない2本の論文の受理を目指す．1本はすでに投稿中で修正中．もう1本はほぼ準備完了したものがある．さらに，もうひとつ準備中のものがある．さて，2度あることは・・・か，3度目の正直のどちらになるだろうか？

ハードディスク交換[diary]

ハードディスクがクラッシュして，古いハードディスクの環境を一時的に利用していた([2008-11-22])．この正月休みを利用して新しいハードディスクに交換した．手間はそれなりにかかった．中でも無線LANの設定にてこずった．しかし，原因は最も初歩的ともいえるパスワードの間違いだった．

Plant Ecology 200 2[article]

Temporal variation in the effects of habitat fragmentation on reproduction of the Mediterranean shrub Colutea hispanica

各種設定[diary]

昨日([2009-01-03])のハードディスク交換作業などに引き続き，各種設定をする．ハードディスク交換という作業はほとんどしないので，だいたい1度ではうまくいかず何度か繰り返しつつ，細かな方法を思い出す．念のため覚書を書いておこう．そのときに書いておかなければ，すぐに忘れる．

卵黄[diary][gallstone]

卵黄が食べたい．胆のう結石が見つかってから，油ものと卵黄を食べていない．これらを食べると，胆汁がたくさん分泌されて，結石が胆管に流れ出る可能性が高くなるので，やめておくように医師に言われたからだ．食事やお菓子を探すときには，必ず原材料名と成分表示を確認する．卵や鶏卵が入っているものとか脂質の多いものは選ばない．美味しそうなものには必ずといっていいほど，卵が含まれている．ということで，結石が見つかってからわかったことは，卵黄はうまいし，だからいろいろな食材で卵黄を使うのだということだ．
胆のうの摘出をしてから卵黄を食べるのが，今から楽しみだ．

かわばたみそ[diary][food]

かわばたみそというお味噌屋さん家の近くにある．ここの甘酒は本物で，増粘剤とか酒粕は使ってなくて，米と麹だけで作られている．お湯で溶くと美味しい甘酒になり，牛乳に入れるとこれまた美味しい．今は卵黄が食べれないので([2009-01-06])，唯一の楽しみだ．

胃カメラ[diary]

久々に胃カメラを飲んだ(前回は[2007-12-17])．むちゃくちゃしんどいということはないけれど，あまり気持ちのいいものではない．力を抜くことが大事だと分かっているのではあるものの，なかなかそれができない．
検査後しばらくは目がかすむ．

Acta Oecologica 35 1[article]

Environmental correlates of species richness of European springtails (Hexapoda: Collembola)

Would species richness estimators change the observed species area relationship?

MRCP[diary][gallstone]

午後からはMRCP(MRIで胆のう・胆管・膵管を写すものらしい)を受ける．これははじめての検査だ．検査前，肩に胃腸の動きをおさえるための筋肉注射を打つ．注射自体は痛くないけれども，あとから注射をしたところが重くてだるい．注射の次に黄色い液体を100ccほど飲む(写りをよくするため？)．その後，機械に縛り付けられ，中空の検査機械の中に入る．注意書きに閉所恐怖症の人は事前に言うことと書いてあるが，狭くて動けないので閉所恐怖症の人は確かにだめだろう．気分が悪くなったときのために，右手にボタンを渡される．検査が始まると，大きな音とともに体がやや熱くなってくる．途中で約15秒息を止めるのが1回と，2秒ほど息を止めるのが6回ある．それ以外は普通に呼吸をする．寝てはいけないと事前に言われていたのだが，目を閉じると寝そうになるので，できるだけ目を閉じないようにした．検査時間は20分ぐらいで無事に終了した．その後，医師から説明を受けた．胆のうには石はあるものの，胆管には石はないとのこと．

食事指導[diary][gallstone]

胆のうの食事指導を受ける．今まで脂っこいものや卵黄をあまり食べないように言われていたので，これらは徹底的に控えていた．今日の食事指導によると，少しは脂分や卵黄も食べてもいいようだ，でも，さすがに揚げ物などはだめとのこと．脂っこいものは特に食べたいとは思わないけれど，卵黄を食べれるのがはうれしい．

論文の別刷り[diary][hp]

植生学会誌に掲載された論文のPDFファイルが届いた．転載許可は事前に申請しておいたので，早速自己紹介のページにアップロードした(a-07)．

論文を書く環境[hidemaru][r][tex][論文]

メールでのやり取りをした内容で一般的に有益だと思うことがあったので，整理・拡充させた．

多少時間がかかっても，論文作成のための環境を整えるべし
ただし，パソコンの環境を整えることは，パソコン好きの人間にとってはそれほど苦にならないことではあるものの，それ以外の人間にとっての苦労は非常に大きいかもしれない．
自分にとって論文を書く上で，欠かせない環境は，テキストエディタの秀丸エディタ，統計解析環境のR，組版ソフトのLaTeXだ．

秀丸エディタ
秀丸エディタは単純にエディタとしての機能が優れているだけでなく，各種のマクロと組み合わせることで活用している．英語の論文を読むときには，PDFファイルからテキストファイルを取り出し，PDICと組み合わせて英単語を検索するマクロを使っている．このことで，いちいち辞書を引かなくても瞬時に英単語の意味を知ることができる．また，文章全体の構成を考えたり，文章の流れを確認したり，細かな表現の統一をしたり，というような文章自体を考えるのにもっとも重要な作業も秀丸エディタ上で行っている．ワープロソフトのように不必要で無駄な機能がなく，検索，置換，GREPなどの機能が充実していることと動作が速いことが優れている．また，RやLaTeXを使う上でもマクロと連携したり，色表示を自分好みにしたりということにも優れている．ほかにもよくできたテキストエディタはたくさんある．マクロを多用しているので，今から他のエディタに乗り換えることは自分にとっては困難である．

R
Rは，高度な解析機能を無料で使えこと，解析作業のやり直しを手作業でしなくてもいいことなどの点で優れている．詳しくは植生学でデータ解析ソフト"R" を利用するに詳しく書いているとおりである．

LaTeX
LaTeXは，本格的に使い始めてからあまり時間がたっておらず，完全には活用し切れていない．それでも，なくてはならないものになっている．それは，文章を投稿先の雑誌に合わせることができるからである．雑誌ごとに異なるレイアウトや引用文献の形式にいちいちあわせることは無駄な時間と労力を使う作業である．引用文献に関しては，BiBTeXを使えば漏れや不要なものが入っているかの確認がほとんど省略できる．また，再投稿時の修正箇所の確認に活用している(参考：[2008-07-12][2008-07-13])．LaTeXはマークアップの言語であり，HTMLが分かる人であれば，LaTeXの概略はすぐに理解可能なので，ちょっと使うだけだったらそれほど難しくはない．
このようにLaTeXは便利であり，それほど難しくないにもかかわらず使い始めた時期が遅かった．この理由は，LaTeX自体を知ったのが遅かったほかに，LaTeXは秀丸エディタやRと比べてインストールが難しいためである．LaTeXだけをインストールしてもうまくいかないことがあるので，インストールを試みては断念することを何度か繰り返した．結局，たどり着いたのがTeXインストーラ，秀丸エディタ，祝鳥の組み合わせであった([2006-10-21])．初心者の人にはとりあえず，この組み合わせをお勧めする．
また，LaTeXの教科書的でお勧めはLaTeX2ε美文書作成入門である．ざっと勉強するだけだったら，古い版でも十分だ(古い版だと安い古本があるはず)．オンライン本の好き好きLaTeX2eやLaTeX入門が入門書に適している([2008-01-27])．

文献の整理方法[tex][論文]

メールでのやり取りの第2弾(今回はこれで終わり)．

文献整理では，一元化したデータベースで情報を管理するべし
入手した文献は，入手順に番号をつけてすべてPDFファイルとして整理している．だいぶ前に入手した紙媒体のものもスキャナで取り込んでPDFファイルにして([2006-10-25][2008-11-11][2008-09-22])，さらに文字認識させている([2008-06-15])．番号で管理せずに著者ごとや分野ごとに整理している人は多いだろう(自分もはじめはそうしていた)．しかし，これだと量が多くなると必然的に破綻をきたす．第2著者が実質的な著者であったり，複数の分野に絡む論文などがあるためである．具体的には，00001.pdfから番号をつけ，BiBTeX形式のテキストファイルで題目や著者などの書誌情報と覚書などを記入している．
BiBTeXを使って，上記の論文番号と学会誌ごとの引用の仕方を指定すると，学会誌別の書き方で引用文献を出力してくれる(実際の出力例：jplain，jabbrv，plainnat)．つまり，いちいち参考文献を手入力しなくてもいいわけだ．また，著者名や分野別で整理しておかなくても，秀丸エディタの自作マクロ([2007-05-29])を使うことで，分野別の文献一覧を作ることは用意にできる．BiBTeXの詳しい使い方を書いた書籍は知らない．ただ，簡単な説明はLaTeX2ε美文書作成入門をはじめとするLaTeX関連の書籍に書かれている．また，ウェブではBiBTeX概要がもっとも参考になる．

参考(BiBTeX関連記事)：[2007-01-05][2007-05-28][2007-08-09][2007-08-10][2008-07-26])

Biological Conservation 142 2[article]

Seed bank development after the restoration of alluvial grassland via transfer of seed-containing plant material

Ecology Letters 12 2[article]

How does climate warming affect plant-pollinator interactions?

卵黄解禁[diary]

[2009-01-09]の食事指導を受けて，少しだったら食べてもいいということで，卵黄の入ったお菓子を食べた．やはりうまい！

2009生態学会[diary]

大会講演要旨が公開された．検索した語句と一緒に「esj56」を入れると今大会の発表だけの結果を表示できる．

レジストリの掃除[tool]

レジストリをいじるのは，結構危険なことが多い．でも，Windowsをずっと使っていると，削除したプログラムのレジストリなど不要なゴミがたまってくる．Wise Registry Cleanerを使うと比較的安全に不要なレジストリを削除できる．

Agriculture, Ecosystems & Environment 130 1-2[article]

Spiders are not less diverse in small and isolated grasslands, but less diverse in overgrazed grasslands: A field study (East Hungary, Nyirseg)

The effect of manure application on carbon dynamics and budgets in a managed grassland of Southern Hokkaido, Japan

Journal of Applied Ecology 46 1[article]

Succession of floodplain grasslands following reduction in land use intensity: the importance of environmental conditions, management and dispersal

Large river floodplain restoration: predicting species richness and trait responses to the restoration of hydrological connectivity

Restoration Ecology 17 1[article]

Native Consumers and Seed Limitation Constrain the Restoration of a Native Perennial Grass in Exotic Habitats

Conservation Biology 23 1[article]

Effectiveness of Vegetation Surrogates for Parasitoid Wasps in Reserve Selection

Plant Diversity Hotspots in the Atlantic Coastal Forests of Brazil

Habitat Change and Plant Demography: Assessing the Extinction Risk of a Formerly Common Grassland Perennial

Eye-Fi Share[tool]

SDメモリーカードに無線LAN機能がついた製品があるようだ．SDカードってちっちゃいのにすごい．そんなことができるとは．これは便利だろうな．でも，ちょっと値段が高い．というか普通の各種メモリの値段がすごく安くなったため，相対的に高く感じる．無線LANカードだけでも出だしのころは高かった．

Eye-Fi Share

無線LAN[diary]

家では無線LANを使っている．この無線LANの調子がよくなく，一時的につながらなくなることが多くなってきた．無線LANルータの設定をいろいろと変えてみたが，だめだった．物は試しにと，ファームウェアの更新をしてみた．BIOSなどのファームウェアの更新というのは緊張する作業だ．万が一失敗したら機械的が動かなくなる可能性があるためだ．でも，この無線ルータのマニュアルによると失敗したとしてもボタンを押すことで機械的に初期化できるようだ．
ブラウザの画面から更新作業を行い，しばらく画面が更新作業のが100%のところでブラウザの画面が数分間固まっていた．もしや失敗したのかと思ったのだが，機械的に初期化できることを確認していたので，強制的に終了して再起動した．ファームウェアの更新は無事に終了していたようで，無線LANの調子は良くなった．

査読の結果[review]

査読をしていた論文([2008-09-30])が却下されたとの連絡を編集者の方から頂いた．今までの2回だけの少ない経験ではあるものの，自分が査読した論文は全て却下されている．前回は自分はMajor Revision，もう一人がReject．今回は自分はMajor Revision，もう一人がRejectのため，3人目にまわっていた(通常はこのことは連絡をもらえないそうだが，2回目の査読があまりに遅いので問合せたら連絡をもらえた)．3人目がRejectで，結局は却下になったとのこと．やや雑なところはあったものの，全体としてはいい内容の論文だと思っていた．他の査読者の基準が厳しいのか，それとも自分の基準が甘いのか良く分からない．
できることなら，もう2名の査読報告書を見てみたいものだ．少なくとも，はじめての査読([2007-12-31])の時にはそれができた．別の人の査読報告書を見てそれをまねするつもりはないし，基準を合わすつもりはない．ただ，参考に知っておくことで自分が指摘できなかった部分を知ることで，論文執筆や査読の質を向上させることはできるだろう．
査読はほとんどの場合無報酬で行われている．金銭的な報酬は無くても全然構わない．自分自身も論文を投稿したら誰かに査読をしてもらっているわけだから，そのうち自分にも査読が回ってくるというのは道理である．ただ，ある程度の労働をしているわけだから，何らかの見返りがあってもいいのではないだろうか．雑誌によっては査読後しばらく無料で論文を閲覧できるところがあるようだ(投稿論文の査読に関しての「番外編：査読者にもちょっとした報酬を」)．このような無料での論文閲覧はほとんどの人にとって有益であろう．また，上で書いたような他人の査読報告書あるいは編集者から著者への通知の内容を知ることができれば，少なくとも自分のように査読経験の浅い者にとっては，非常に有益である．
あと，ひとつ気になることがある．改善点を書いた査読報告書は著者のもとへ行ったのだろうか．単に却下の通知だけが著者のところに行っているとしたら大変残念だ．査読報告書は編集者に対するお手紙なので，著者に届かなくても仕方はない．でも，著者・編集者・査読者の共通の目標である論文の内容向上のために査読報告書を書いたので，もし編集者で留まっているとすれば残念だ．著者が今後の研究に対して少しでも参考にできるところがあるならば，著者に届いて欲しいものである．

Journal of Biogeography 36 2[article]

The Hawaiian Archipelago is a stepping stone for dispersal in the Pacific: an example from the plant genus Melicope (Rutaceae)

Linking seed dispersal and genetic structure of trees: a biogeographical approach

The role of dispersal ability, climate and spatial separation in shaping biogeographical patterns of phylogenetically distant plant groups in seasonally dry Andean forests of Bolivia

Local extent of old-growth woodland modifies epiphyte response to climate change

Response of broadleaved evergreen Mediterranean forest vegetation to fire disturbance during the Holocene: insights from the peri-Adriatic region

Determinants of diversity in afrotropical herbivorous insects (Lepidoptera: Geometridae): plant diversity, vegetation structure or abiotic factors?

論文に対する意見[diary]

メーリングリスト(ecotopics2)に[2009-01-10]の論文を紹介していた．別刷りの依頼をいただいていた方々にPDFファイルの別刷りをお送りしたら，論文に対する意見を頂いた．直接，意見を聞けるというのはありがたいことだ．

Evolutionary Ecology 23 1[article]

Speciation and the evolution of dispersal along environmental gradients

Associations between floral specialization and species diversity: cause, effect, or correlation?

Landscape Ecology 24 1[article]

CORINE-based landscape indices weakly correlate with plant species richness in a northern European landscape transect

Biodiversity and Conservation 18 1[article]

Spatial variability in woody species richness along altitudinal gradient in a lowland-dryland site, Lokapel Turkana, Kenya

The relationship between productivity and multiple aspects of biodiversity in six grassland communities

Determinants of species richness patterns in the Netherlands across multiple taxonomic groups

Seasonal fluctuations in butterflies and nectar resources in a semi-natural grassland near Mt. Fuji, central Japan

研究能力を伸ばす方法を考える[論文]

研究能力を伸ばす方法を考えるには論文執筆に参考になることがたくさん書かれている．内容がたくさんあるのですべてには目を通していないが，たとえば，論文検討つっこみフレーズ集を使うと，一人では見落としがちなことを再確認できる．

書籍のPDF化[tool]

最近，紙の論文は電子化(PDF化)している([2008-09-22])．また，文献複写などで入手した書籍の一部も同じ方法で電子化している．電子化の利点は，USBメモリなどに入れておけばパソコンさえあればどこにいても見れることにある．さらなる利点としては，文字認識をしておくことで検索可能な状態にできることがある．どちらかといえば後者の利点の方が大きいかもしれない．
今までは書籍自体はまったく電子化してこなかった．これは，ScanSnapで書籍を電子化するときにコピーをいちいちしなければならないためであった．そこで通常のスキャナを利用して電子化することを考えた．しかし，見開きを一度に読み取ると見開き頁のままでは見にくいし，見開きを別々に取り込んでいては手間がかかって仕方がない．そこで，見開きで読み取ったPDFファイルを分割する方法を探した．A3横PDFをA4縦2枚に分割したいの方法で可能なことが分かった．試しにやってみたら，可能なことがわかった．「ページを分割」できるのは知らなかった．特定の作業時にはすごく便利だけれども，あまり使わない機能だ．

AcrobatでPDFファイルを開く
[ファイル]-[印刷]
[プリンタを「Adobe PDF」に設定]-[プロパティで用紙を全体の半分にする]
[ページ処理のページの拡大／縮小で「すべてのページを分割」]

Acrobatがない場合は，Scan2PDFを使えばスキャナで取り込んだ画像を1つのPDFファイルに変換できるようだ．ただし，見開き頁の分割はできなさそう．

wiki[tool]

wiki形式は複数の人間が執筆・編集をする場合は，多岐の項目から構成されてそれぞれが独立している場合は非常に有用な手段である．しかし，まとまった文章には不向きだろう．覚書の形式を思案していたときに，候補のひとつにwikiを考えていた．結局現在はChangelogを活用している．

ネットでファイルの同期化[tool]

dropboxを使うと手元のパソコンとネット上とでファイルの同期化ができる．バックアップとして使うも良し，複数の場所で作業をするときの保存場所として使うのも良し．しかも，更新しても古いファイルがあったり，すべてを上書きするのではなくて，変更したところだけを更新する差分更新である点が良さそう．
初期設定では同期化するフォルダが「My Dropbox」という変な名前のフォルダになってしまう．少し調べたら，次の方法で変更できることが分かった．同期化しておきたいフォルダはたくさんあるのだが，容量が2GBしかない．とりあえず，無くなって一番困るフォルダを同期化するように設定した．

My Documents の My Dropbox フォルダを変更する

「My Dropbox」フォルダを別フォルダに変更する方法

英文校閲[進行状況][diary]

やる気が減少したときは"田舎"で生き延びる方法を見ると，やる気が少し出てくる．
また，論文を投稿していると，強制的に査読結果が送られてくるので，やる気レベルが増加する([2008-04-11])．でも，こちら側で修正がとまったものを長期にわたって持っていると，やる気は上がるどころか，次第に低下する．
先日，Abstractの英文校閲をだしたら，真っ赤になって返ってきた．これも一時的にはやる気レベルの上昇に貢献する．この修正作業が終わり，共同研究者からの修正をもらってから修正したらいよいよこの論文の投稿だ．投稿したら，こちら側でとまっている論文修正([2008-12-27])を完了させなければ．

書籍の電子化[tool]

[2009-01-22]に書いた書籍の電子化は，裁断せずにやろうとすると手作業での作業になって手間がかかる．裁断せずに電子化すると安いところでも，30円/頁ぐらいする．この値段だと個人的に頼むのは無理だ．裁断する場合だったら3-5円/頁ぐらいで安いけれども，専門書は裁断したくない．

裁断有り：ペパレス

裁断無し：マイクロメディア
自分で書籍を電子化する場合は，見開きページの分割([2009-01-22])が役立つ．

MS officeを古いメニューに[tool]

MS Officeは古いメニューに慣れていると，Office 2007のメニューは非常に使いづらい．自分のパソコンには2007を導入していないし，古いバージョンを使う頻度も低い．しかし，職場のパソコンには2007のOfficeがあって，それを使うときにはいつもイライラしていた．オールドスタイル メニューを使うと，古いメニューで使えるようだ．

風邪[diary]

2週間くらい前，目と鼻がむずむずすると思っていた．ちょうどハンノキが咲き始めていたのを見たので，花粉症かなと思っていた．それはしばらくして収まった．今週になってから喉がすごく痛くなった．花粉症の続きかとはじめは考えていたが，どうも風邪のようだ．咳をすると喉がすごく痛い．

査読結果のばらつき[review]

野外調査でもばらつきがあるように，査読結果にもばらつきはつき物である．Natureに掲載された記事にもこのことが書かれている(下の囲み参照)．自分が甘いのだろうか([2009-01-19])というようにはあまり気にしないようにしよう．5人からexcellentと判定を受けていても，2人はunacceptableと判定しているぐらいだから，かなり質の高い論文であっても却下される可能性はある．却下されずに受理され続けることの方が難しそうだ．それでもやはり却下されないようにするには，少しでも質の高い論文を書くことだろう．そういえば，論文を書き始めた頃は却下をされ続けた．

Ernst, E. and Saradeth, T. and Resch, K. L. 1993. Drawbacks of peer review. Nature, 363, 296.
45人の専門家に原稿を送付して，31人から回答を得た．個別と全体の判定をexcellent, good, fair, acceptable, unacceptableの5段階で評価してもらった．全体の評価はそれぞれ5人，16人，4人，2人，2人であった．

流れてた![diary][gallstone]

MRCPでの検査後，再度CTや超音波での検査をした．その結果，胆のうや胆管には胆石がないことが分かった．しかし，胆のうが機能していない可能性があるため，食事の前後で超音波検査を受けて確認した．食事前に検査をした時に，食事には卵とか脂っこいものを食べるように言われたので，ゆで卵1個やバターをたっぷり塗ったトーストなどを食べて食後の検査を受けたところ，胆のうは非常によく収縮して機能しているとのことであった．ということで，手術をする必要はなくなった．良かった．
ただし，胆石ができやすいので，薬を処方された．また，食事はちゃんと定期的に食べて(今までも食べてたけど)，胆のうを収縮させるのが大切らしい．胆のうが収縮しないで胆汁が長時間滞留するといけないようだ．

Errata[diary]

査読のAcknolegementの氏名が間違えていて([2008-10-11],[2008-11-29])，これに対するErrataが掲載された．でも今度は「referees' names」とすべきところが「editors' names」となっている．まあ，いいか．

元の記事：http://dx.doi.org/10.1007/s11284-008-0542-9

訂正記事：http://dx.doi.org/10.1007/s11284-008-0564-3