松村俊和のページ：日記 / 2009-03
01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31
2009 : 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12
2008 : 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12
2007 : 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12
2006 : 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12
2009-03-01
要旨の登録[2009intecol]
Intecol10のアブストラクトを登録した．当たり前だが，単にファイルをアップロードするだけではなく，所属などの記載やキーワードの登録などがあった．キーワードなどは考えていなかったので，少し時間がかかった．自分の場合は合計で1時間ぐらい．直前にやろうとしている方は，余裕を持ってお早めに．
2009-03-02
あと2つ(＋α)[進行状況]
編集者と査読者から指摘された項目は残り2つ．でも，考察が悪いと言われたのは完全には修正しきれていないと思う．そのための考察を全体的な修正，[2009-02-08]などで見つけた点の修正，その他の部分での全体的の統制が取れているかの確認といった細部の点検とかもある．たくさんのヤラネバがある．
現在：109/111
[2009-02-15]：101/111
[2008-12-27]：92/111
[2008-12-12]：81/111
[2008-12-06]：79/111
[2008-11-25]：75/111
[2008-11-16]：55/111
[2008-11-09]：35/111
ls-Rを削除[tex]
[2007-10-17]にmktexlsrについて書いた．でも，TeXWikiのQ&Aの52793を読むと，ls-Rはなくても良さそう．というか，ls-Rがある場合は，ちゃんと更新をしないとスタイルファイルが見つからない問題が起こる．ls-Rがなくても実行速度には問題がなさそうなら，削除しておくのが無難なようだ．実際自分のパソコンでは，実行速度にはほぼ問題はないようなので，削除した．
Referrer (Inside):
[2009-03-13-3]
2009-03-04
#1と##1の区分[tex]
引数「#1」と「##1」の使い分け．#1と区別するために，##1はマクロ中のマクロで使う．
\documentclass[12pt]{jsarticle}
\begin{document}
\def\時#1{
\def\分##1{
\def\秒####1{#1時##1分####1秒}
}
}
\時{7}
\分{30}
\秒{55}
\end{document}
躓くところ[tex]
LaTeXのマクロは，数行程度の簡単なものは作ることができるようになった．しかし，やや複雑なものはまだ作成できない(例えば，こんなものやこんなもの)．しかし，少しだけ道が開けてきた．どこに躓いているかがなんとなくわかってきた．今のところ判明したのは以下の4点．上の2つは前から感じていた．下の2つはマクロの作り方を勉強する中で，明らかになってきたこと．躓いているところが判明したので，あとはこれらを克服すれば，何とかなりそう．
Journal of Applied Ecology 46 2[article]
2009-03-05
LaTeX流の書き方[tex]
プログラミング言語によって，字下げ・空白・改行の使い方が異なる．言語特有の事情にも依存しているが，そうでなくても主流の書き方というのも存在する．他の言語で自分が書くのだったら，1つ目囲みのように12行で書くところを，LaTeXでは2つ目の囲みのように3分の1の4行で済ましてしまう(実質的な内容は10行から2行なので5分の1)のが主流の書き方のようだ．どちらでも動作は同じなので，慣れるまでは長ったらしい書き方で書くことにしよう．その方が注釈も残しやすい．
\makeatletter
\def\test{ % \testの定義
\@ifnextchar[ % \textの次の文字は"["か？
{\@test} % yes：\@testを実行
{\@test[]} % no：\@test[]を実行
}
\def\@test[#1]#2{ % \@testの定義
\if#1L % \@testの引数1は"L"か？
{\LARGE#2} % yes：大きい文字で引数2を表示
\else #2\fi % no：そのまま引数2を表示
}
\makeatother
\makeatletter
\def\test{\@ifnextchar[{\@test}{\@test[]}}
\def\@test[#1]#2{\if#1L{\LARGE#2}\else#2\fi}
\makeatother
オプション引数を持つマクロの定義[tex]
オプション引数を持つマクロの定義例．\@ifnextcharを用いて，オプション引数の有無で引数のとり方のパターンマッチングを変えている．内容は上の囲みと同じ．
\documentclass{jsarticle}
\makeatletter
\def\test{ % \testの定義
\@ifnextchar[ % \textの次の文字は"["か？
{\@test} % yes：\@testを実行
{\@test[]} % no：\@test[]を実行
}
\def\@test[#1]#2{ % \@testの定義
\if#1L % \@testの引数1は"L"か？
{\LARGE#2} % yes：大きい文字で引数2を表示
\else #2\fi % no：そのまま引数2を表示
}
\makeatother
\begin{document}
\test[L]{大きい文字}
\test{普通の文字}
\test[その他]{普通の文字}
\end{document}
2009-03-06
\@tforの使い方[tex]
\@tforは，「文字列」から1文字あるいは{}で囲んだまとまりごとに取り出して#1に入れて，「処理」を実行する．
\@forは，カンマで区切られた部分を取り出して#1に入れて，「処理」を実行する．
\@tfor#1:=文字列\do{処理} % 書式
\@for#1:=文字列\do{処理} % 書式
\documentclass{jsarticle}
\makeatletter
\def\test{\@ifnextchar[{\@test}{\@test[]}}
\def\@test[#1]#2{%
{%
\@tfor\option:=#1\do{% 引数1の内容を1文字ずつ\optionに入れていく
\if\option L \LARGE {}\fi% \optionが"L"：大きい文字に
\if\option B \bfseries {}\fi}% \optionが"B"：太字に
#2
}}
\makeatother
\begin{document}
\test{normal} \test[A]{normal} \test[L]{large} \test[BL]{largeBF} \test[LB]{largeBF}
\test[B]{normalBF} \test[AL]{large} \test[BAL]{largeBF} \test[LBA]{largeBF} \test[BA]{normalBF}
\end{document}
2009-03-07
組み込みマクロ(関数)と自作マクロ(関数)[tex][r]
プログラミングをしていると，組み込みマクロ(関数)と自作マクロ(関数)の両方を使う．プログラミングに慣れてくると，どれが組み込みかが判断できるが，初学者のころはその判断ができない．今の自分にとってのLaTeXがそうだ．特にLaTeXでは自作のマクロを多用するので，組み込みマクロとの区別が分かりにくい．
そういえば，以前Rの勉強会をしていて，参加者から組み込み関数と自作関数との区別が分かるようにした方がよいとの指摘をいただいた．
2009-03-08
たこいも[plant]
友人であり共同研究者のsawagani550氏と両方の家族と一緒に，淡路島北部地域での棚田めぐりをした．その際，地元の方と話をする機会があった．その中で，地元の方はヒガンバナを指差して，「たこいも」と呼んでいた．sawagani550氏がなぜか聞いてみると，昔タコを取る蛸壺にヒガンバナの皮をむいて白くなった球根入れておいて，これをタコの疑似餌？(たこいも)にして漁をしていたため，ヒガンバナのことをたこいもと読んでいたのだと教えてくれた．ヒガンバナの地方名はすごく多いらしい．その辺のことやその他の話はsawagani550氏が，もっと面白い文章で書いてくれることであろう．
verbatim環境のフォント[tex]
verbatim環境のフォントを標準から変更するには，次のようなコマンドを使う．
\def\verbatim@font{\normalfont\gtfamily\ttfamily}
\def\verbatim@font{\normalfont\romanfamily{pcr}\selectfont}
Journal of Theoretical Biology 257 3[article]
2009-03-10
Landscape Ecology 24 4[article]
Plant Ecology 201 2[article]
2009-03-13
一応完了[進行状況]
編集者と査読者から指摘された項目の修正が一応完了した．けれども，細部を確認していると大小様々な文章の不具合が見つかる．英作文が下手，論理的が飛躍している，言葉足らず，単語綴りの間違い，参照箇所の間違いなど．長い戦いはまだ続く．それでも本当に先が見えてきた．3月中の完了を目指している．何度も「○○までに終わりたい」と書いているけど，未だに終わってないのは何故？
横軸が作業開始後の日数，縦軸が修正項目数．はじめに軽微な修正をしているので，一気に修正項目数が多くなっている．その後の経過は遅々たる感じ．論文に集中したところでは，時々傾斜がきつくなっている．逆に50日から80日までのところは，この論文に関してはほとんど進んでいない．何もしていなかったわけではなく，他の作業をしていたため．
[2009-03-13]：111/111
[2009-03-02]：109/111
[2009-02-15]：101/111
[2008-12-27]：92/111
[2008-12-12]：81/111
[2008-12-06]：79/111
[2008-11-25]：75/111
[2008-11-16]：55/111
[2008-11-09]：35/111
悪い情報[教訓]
悪い情報というのは，ついつい他人に言うのをためらって後回しになりがちである．でも，都合の悪い情報は早めに相手に伝えるなり，公表するほうがいい．隠そうとすると余計に自体の悪化を招く．早めに対応すれば，早めに解決策が見つかるかも．また，気持ちの時間が短くてすむ．長く考えていると時間の無駄だ．
キツネノカミソリ[photo][plant]
sawagani550氏と淡路島北部めぐりをしたときに見たキツネノカミソリの葉．[2008-09-07]と同じ場所．ヒガンバナの葉とはぜんぜん違うけど，初めてこの葉だけを見てもキツネノカミソリだとはわからないかもしれない．
Referrer (Inside):
[2009-03-13-3]
2009-03-14
Functional Ecology 23 2[article]
2009-03-16
19頁[進行状況]
英語論文の修正とその確認がほぼ終わった．[2008-11-01]には，11ページの指示に対して2倍以上の返事を書かなければと思っていた．返事の文章は，結局ほぼ2倍に近い分量の19ページに達した．[2008-11-09]に書いたとおり，受理まで3年もかかっている論文があることを考えれば，半年近くかかってもくじけずに返すことが重要だ．
自分への覚書(当面の優先順位)
英語論文(ほぼ修正済み)
スキー場(英語第2弾)
草原生植物(先が長そう)
紀要への原稿(5月15日締め切り)
博士論文
カヤラン(投稿済で査読待ち)
依頼原稿(投稿済で編集者からの指示待ち)
2009-03-18
Conservation Biology 23 2[article]
2009-03-20
小ネタ[diary]
水田畦畔の草原は今までいろいろと調査をしてきた．大きいネタ2本は発表済み，1本は現在投稿中である．小ネタはいくつか発表済みである．これ以外にも，小ネタがあってたまってきている．早いうちに何らかの形で発表しておきたい．そうしないと，発表せずに放置してしまいそう．
上記以外にも，微妙なネタが1つ残っていて，どうしようか悩みどころ．調査をしているときは結構面白いと思って調査していた．一旦は論文としてまとめたのだが，投稿するにはまだまだ難がありそうだと分かり，手が止まってしまっている．
2009-03-21
思いつき[diary]
前日の寝る前に，小ネタの一つである季節相と隣接地の類似度をどうまとめようかと考えながら寝た．結局ほとんど進展がないまま寝てしまったが，朝起きたら，前から考えていた調査方法や解析との関連でまとめられそうだとちょっと感じた．早速パソコンを立ち上げて覚書を書く．覚書を書いていると，やはり小ネタと調査方法とを一つに纏めるのは難しそうだとわかった．小ネタは小ネタでまとめよう．でも，前から考えていた調査方法について解決方法の糸口が見つかったように思う．
Referrer (Inside):
[2009-03-23-1]
2009-03-22
投稿準備[diary]
小ネタを紀要に投稿する準備をしている．4本すべてを投稿できるかどうかは未定だ．せっかくので，植生学会用のプリアンブルやbstファイルを流用して，紀要用のtex関連のファイルを整理した．ほぼ投稿規程に合致するものができているはず．小ネタの一つの調査は，約10年前の1999年と2000年に行ったもの．そのため，入力した調査資料の場所がわからず，調査票から入力をしなければならないかと考えていた．いろいろとパソコンの中を探していると，入力済みの資料が見つかった．これで，すぐに解析に取り掛かれそう．
2009-03-23
文章の目標[diary]
[2009-03-21]の小ネタの解析や文章の執筆をしていると，文章の最終目標が定まっていないので，まとまりのない解析や文章になってしまっている．ちゃんと方向性が決まっていないのはだめなことだが，書いている途中で，今書いているものとは別で，書くべき文章が浮かび上がった．使える時間が無限にあれば，あれもこれも書くのだが，今はそれだけの時間はない．覚書を書いておいて，やるべきこと一覧に入れておこう．
2009-03-24
エラーの場所を探す[r]
小ネタの解析で，久々にRを使って新しい解析をしている．久々にやると，いろいろとエラーがでてくる．その場合，エラーの箇所を特定しないといけないのだが，思い込みで，ここがおかしいはずだと考えていたところは，実は間違ってないくて，他の箇所がおかしいことがある．今回はそれに気づくのに時間がかかった．
どこでエラーが出ているかよくわからないときは，プログラムや関数の途中にprint("目印1")などという目印をいくつか入れておき，どこまで正しく出力可能かを確認するのが常套手段の一つだ．
2009-03-25
汎用性のある関数[r]
今まで，いろいろな植生調査資料の解析でプログラムを書いてきた．もちろん，一度作ったプログラムや関数は使い回しをしているので，エクセルを使った手作業集計よりは格段に手間を減らしている．それでも，データの構造や内容が多少違ってくると，プログラムを再度している．その中でよく使う集計は，一般化させた汎用性のある関数で間に合いそうだと感じた．しばらく前に作った関数をさらに修正することで，ほぼうまく使えそうな感じの関数になった．
あとは，この関数を使った集計の前処理，後処理とその図化をさせる部分を作れば，かなり解析に使う労力を省くことができそう．
2009-03-26
等分散を仮定しないt検定[r][stat]
[2009-02-28]に書いた等分散を仮定しないt検定をするには，Rでは関数t.test()を使う．デフォルトでは，var.equal=Fになっているので，そのまま使う．逆に，等分散を仮定する場合は，var.equal=Tを指定する．
# 書式
# t.test(group1, group2, var.equal=F)
# 等分散を仮定しない
t.test(1:10, 7:20, var.equal=F)
t.test(1:10, c(7:20, 200), var.equal=F)
# 等分散を仮定する
t.test(1:10, 7:20, var.equal=T)
t.test(1:10, c(7:20, 200), var.equal=T)
Referrer (Inside):
[2009-04-03-1]
2009-03-27
C判定とD判定[進行状況]
[2009-02-19]に投稿したカヤラン論文の査読結果が返ってきた．結果は1名の査読者はC判定(大修正)，もう1名の査読者はD判定(却下)．編集事務局の判定は再査読だけど，ちょっとしんどそうな感じがする．再投稿するつもりで検討してはいるけど，とりあえずは，査読意見を読み込もう．そして，冷静な判断ができるようになるまで，しばらく時間を置こう．それから方針を練り直そう．
2009-03-28
解決への糸口[diary][論文]
査読結果などが返ってくるとやる気レベルが少しは上がる([2008-04-11],[2009-01-25])．しかし，その結果の内容があまり良くないと，やる気はあまりあがらない．やる気は出てくるんではあるが，同時にへこむ．そういう複雑な心境．とはいえ，今回のカヤラン論文の最終的な査読結果は却下ではない．2名のうち1名の査読者からは原稿に対してそれなりに良い評価をしてもらっており，また建設的かつ有益な意見をいただいている．これは原稿をより良く修正しようというやる気につながる．
その後，共同研究者や編集者とのやり取りの中で，解決への糸口が見えてきたような気がする．ちょっとやる気が出てきた．完全に却下されないように，がんばろう．
ところで，論文を書き始めたころは，論文の内容があまりにひどかったので，初稿が2名の査読者からぼろぼろな意見を書かれていた．論文の内容が酷かったのでその内容を批判されていたのに，却下の報告書を読んだときには，人間性を否定されたかのような衝撃を受けたと記憶している．完全却下の査読結果に比べたら，今回の論文は改善すれば掲載の可能性があるので，多少は成長したものだと思う．それを実感したくて，いくつもある(これ以上増やしたくない)完全却下の査読報告書を見ようと思って探したが見当たらなかった．普段は見るのがいやなものなので，どこか奥の方にしまったのだろう．落ち込んだときには，さらにさらに酷かったときの状況を思い出すことで，心の支えができて立ち直るきっかけをつかむことができる．そういう意味では過去の完全却下の報告書は何かのときに見れるようにしておいた方がよさそう．
また，論文を書くには面の皮の分厚さが必要だし([2008-01-22])，同じ論文に対しても評価にはバラツキがある([2009-01-29])ので，ちょっとやそっとの悪い評価で動じていてはいけない．もちろん論文の改善点はちゃんと受け止めて，次につなげることが大事であることは言うまでもない．
2009-03-29
オニエビ[diary][food]
ぼうずコンニャクのお魚三昧日記のイバラモエビを知らないで、エビ好きと言うなかれ！にオニエビ(イバラモエビ)が紹介されている．このエビの値段は高いが，すごくおいしい．何度か食べたが([2006-10-12],[2006-09-18])，現在住んでいるところではほとんどスーパーなどに並ぶことはない．日本海側の方であれば，たまに並ぶことがあったり，朝市などに行けば比較的安く手に入ることがある．また，機会があれば食べたい．
Biodiversity and Conservation 18 4[article]
2009-03-31
集中できる環境[diary]
主に豆を売っているコーヒー屋さんが家から自転車で10分ぐらいのところにある．店内には机と椅子があって，コーヒーを飲むことができる．2階もあって，そこはほとんど隠れ家のような感じで，ほとんど人が来ない．そのため，すごく集中して作業ができる．休みの日には時々お世話になっている．
ネットに繋がらないのも，集中できる理由の一つだ．時々，ネットで調べものをしたいときがあるものの，たいていは後でまとめて調べればよいものばかり．ネットで調べ物をしていると，要らぬ情報が入り込んで，時間を無駄に過ごしてしまう．それよりは，集中できる(せざるを得ない)ことの利点が大きい．
Referrer (Inside):
[2009-05-15-1]
2009 : 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12
2008 : 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12
2007 : 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12
2006 : 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12
最終更新時間: 2009-12-01 22:42