松村俊和のページ：日記 / 2006-10

Ecological Modelling 198 3-4[article]

Intra-specific density dependence is required to maintain species diversity in spatio-temporal forest simulations with reproduction

再開[diary]

プロバイダ変更の関係でしばらく更新をしてませんでした。また今日から再開です。
プロバイダの変更とは関係ありませんでしたが、メールサーバ故障としていたのは、設定変更にともなうものでした。結局、個人的なメールで届かなかったものは無し。

写真でわかるシダ図鑑[book]

写真でわかるシダ図鑑

題名どおり写真でよく分かるため、初心者用の図鑑として適している。

土とはなんだろうか？[book]

土とは何だろうか？

土壌について幅広く書かれており、入門書として適していると思う

大雪山のお花畑が語ること[book]

大雪山のお花畑が語ること

学術的な内容そのものの興味深さがあると同時に、論文を投稿しては却下されという苦労話がためになる。

TWINSPANのプログラム[stat][tool]

このページを見たという方からメールを頂いた。そのやり取りの中でこれまで知っているものの他に、TWINSPANのプログラムがあることを教えてもらった。
Twinspan for Windows (WinTWINS)：http://www.canodraw.com/wintwins.htm
CanoDraw for Windows Site：http://www.canodraw.com/

これからホームページをつくる研究者のために[book]

これからホームページをつくる研究者のために

だいぶ前に出版されていることは知っていたが、忘れていた。メーリングリストで出版を再認識。これは面白そう。サポートブログと出版社のページにはホームページのリンク集がある。

Biological Conservation 133 3[article]

Effects of grassland abandonment, restoration and management on butterflies and vascular plants

Functional Ecology 20 5[article]

Land use affects the relationship between species diversity and productivity at the local scale in a semi-arid steppe ecosystem

Ecology Letters 9 10[article]

Multiple risk reduction mechanisms: can dormancy substitute for dispersal?

ヒストグラムと経験分布関数[stat][r]

馬車馬のようにの「ヒストグラム」のところをみて、確かにヒストグラムよりも慣れれば経験分布関数を図にした方が分布について詳しくわかる。ヒストグラムはある階級ごとに幅を区切ってしまうというために、視覚化すると同時に情報量を減らしてしまっている。経験分布関数は情報量をほとんど減らさずして、視覚化している。
参考：RjpWikiの「階段関数、経験分布関数」

コウノトリ[diary]

新聞を見ていると、訪朝されたコウノトリが家の近くまで飛んできているようだ。豊岡周辺にとどまっていると思っていたので、びっくり。一度飛んでいるところを見てみたい。兵庫県立コウノトリの郷公園の衛星情報による放鳥個体の位置では、GoogleMapsを使った地図でコウノトリの位置を見ることができる。

ショートカット[tool]

windowsを10倍便利にするキーボードショートカット集にたくさんのショートカットが書かれている。キーボード派にとってはすごくうれしい。
「[Alt]+[←]：ブラウザやエクスプローラの[戻る]」とか「[Alt]+[→]：ブラウザやエクスプローラの[進む]」なとはここで初めて知った。

Acta Oecologica 30 2[article]

Survival and germination of Mediterranean grassland species after simulated sheep ingestion: ecological correlates with seed traits

Seed vs. microsite limitation for seedling emergence in the perennial grass Stipa tenacissima L. (Poaceae)

飛行機に遅れそうなときは[diary]

気象状況や事故で電車が遅れて、飛行機に遅れそうなときは、電車などの遅延証明をとっておくと少しでも役に立つかも。
大阪空港から飛行機に乗ろうと思っていたが、電車が徐行運転によりだいぶ遅れてしまった。その関係で特急電車に乗れず、空港の最寄駅からタクシーに乗ったのだが、10分前に空港に到着してしまった。あわてて搭乗手続きの窓口に行き、「○時○分の飛行機ですけど」と言った。一旦「出発時刻の15分前で搭乗手続きが終了しております」ということでダメそうだった。「電車が遅れて」と言うと、「遅延証明はありますか？」と聞かれたので、「取ってないが、乗車予定の特急券の未使用のものならある」というと、仕方ないという感じで、搭乗手続きをしてくれた。「次回からは遅延証明があっても(「無かったら？」あせっていたので、よく聞き取れていない)、15分前には必ず搭乗手続きをしてください。15分前を過ぎるとお断りいたします」と言われた。もちろんその後、職員の人と一緒に搭乗口まで走った。一緒に走ってくれた方、ありがとうございました。
確かにぎりぎりなので、断られても仕方ない状況だったし、キャンセル待ちの人がいて搭乗手続きをしていたら、座席そのものが無くて搭乗できなかっただろう。でも、とりあえず、乗れるかどうか分からないときは、がんばってみるものだ。
JRでは使用しなかった(できなかった)特急券の返金に手数料210円が必要と言われた。JRの都合によって使えなかったので「それはおかしい」と主張した。ただ、たった210円のことだし、がんばったところで「規程で決まっているから」とはねつけられるだけだと思ったので、そこでひいた。

虫を食べる[diary]

長野県松本市で植生学会があった。その懇親会や飲み会で、ハチの幼虫と蛹・イナゴ・ザザムシ(トビケラの幼虫)を食べた。いずれも佃煮。ハチは大して特別な味はしない。イナゴはやや香ばしくて美味しい。酒のあてになる。ザザムシは、噛み締めていると、泥っぽくてあまり美味しくなかった。

ファーブル フォト[diary][tool]

植生学会の大会の懇親会後の飲み会で、ニコンのファーブルシリーズに新しいものが出ていることを教えてもらった。ファーブル フォトというらしく、デジカメでの撮影ができるらしい。
紹介記事：http://plusd.itmedia.co.jp/lifestyle/articles/0602/21/news060.html

帰りの電車[diary]

植生学会が終わったので、例によって学会が終わってからやること(TAKENAKA's Web Page)を参考にして自分用メモを作成する。帰りの電車は、親交を深めたり、まとめをするにはちょうど良い。最低でも2-3日以内の記憶が新鮮なうちにまとめておく必要がある。
家の近くのローカル線に乗って、メモを書いていたら急に電車が止まった。車内放送によるとシカをはねたので、緊急停車したとのこと。田舎の電車ならではだ。

植物の動き[plant][diary]

しばらく前にメーリングリストで流れていた静なる草木たちの躍動(日本植物学会)というのがある。定点観測で植物の「動き」を撮影している。

Journal of Biogeography 33 11[article]

Genetic relationships among American species of the genus Prosopis (Mimosoideae, Leguminosae) inferred from ITS sequences: evidence for long-distance dispersal

Journal of Ecology 94 6[article]

Interactions between non-native plant species and the floristic composition of common habitats

The dispersal characteristics of the invasive plant Mimulus guttatus and the ecological significance of increased occurrence of high-flow events

Detecting local adaptation in widespread grassland species - the importance of scale and local plant community

Modelling the quantitative effects of pre- and post-dispersal seed predation in Pinus sylvestris L.

Long-term assessment of seed limitation in plants: results from an 11-year experiment

霧ヶ峰の記録[plant][hp]

雑文のところに植生学会2006エクスカーションで行った霧ヶ峰探訪記録を作成している。といっても、まだほとんど何も書いていない。これから増やしていきます。

イバラモエビ(オニエビ)[diary]

[2006-09-18]に書いたオニエビのお寿司を食べた。握りも美味しいし、頭の部分のミソも美味しかった。

複数の属性を抽出[r]

subset で複数の属性データを抽出するには、"|"で区切って指定することができる。ただ、だんだんと長ったらしくなってしまう。そこで、"%in% "を使う。

data(CO2) # 草本植物の二酸化炭素取得データ
summary(CO2) # 要約を表示
# Qn1, Qc1, Mn1, Mc1 だけを抽出
subset(CO2, Plant=="Qn1" | Plant=="Qc1" | Plant=="Mn1" | Plant=="Mc1") # "|" で指定すると表現が冗長
subset(CO2, Plant %in% c("Qn1", "Qc1", "Mn1", "Mc1")) # "%in%" で指定すると短縮できる
# Qn1, Qc1, Mn1, Mc1 以外を抽出(ヘルプから応用編を勉強)
"%w/o%" <- function(x,y) x[!x %in% y] # "%w/o%"でy以外のxというのを抽出するよう定義
others <- CO2$Plant %w/o% c("Qn1", "Qc1", "Mn1", "Mc1") # "Qn1", "Qc1", "Mn1", "Mc1" 以外の集合
subset(CO2, Plant %in% others) # 上記以外のデータを抽出
subset(CO2, (!Plant %in% c("Qn1", "Qc1", "Mn1", "Mc1"))) # 一気にやる方法

手作業が無いように[diary][教訓]

解析は、Rを使用しており、ほぼ作業を自動化できるようにしていた。ただし、最後の作業が手作業として残してしまっていた。データを追加・削除する必要があり、再度解析をした。途中のところまではいいが、最後の作業が手作業でめんどくさい。途中の手作業がないようにしておくべきだった(図はPDFファイルに出力、表はTeXで出力)。また、最終的に必要な解析と不要なものとをもっと明確に区別して保存しておくべき。
TeXへの出力(参考)：http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/print-latex.html

Journal of Biogeography 33 11[article]

The biogeography of plant reproduction: potential determinants of species' range sizes

Ecography 29 4[article]

Combining richness and abundance into a single diversity index using matrix analogues of Shannon's and Simpson's indices

Scale-dependent effects of land use on plant species richness of mountain grassland in the European Alps

Plant species richness and environmental heterogeneity in a mountain landscape: effects of variability and spatial configuration

The effects of dispersal and recruitment limitation on community structure of odonates in artificial ponds

Emus as non-standard seed dispersers and their potential for long-distance dispersal

Global Ecology and Biogeography 15 3[article]

Determinants of local abundance and range size in forest vascular plants

Restoration Ecology 14 3[article]

Testing a Passive Revegetation Approach for Restoring Coastal Plain Depression Wetlands

Successfully Recovered Grassland: A Promising Example from Romanian Old-Fields

自己紹介を更新[hp]

自己紹介に植生学会の発表などを追加。

Biological Conservation 133 4[article]

At which spatial and temporal scales does landscape context affect local density of Red Data Book and Indicator species?

要素に順位を与える[r][stat]

思っている順序で要素が並ばないときには、順位を与えてやると良い。

layer <- factor(c("k2","k1","b2","b1","k1","s2","k1","b1","s1","k1","s2","s1","b2","b1","k1","s2")) # 順位なし
layer # 順序がばらばら
table(layer) # 集計してもばらばら
layer <- ordered(layer, levels=c("k2","k1","s2","s1","b2","b1")) # 階層に順位を与える
layer # 順位がついている
table(layer) # 集計が順位どおりにならぶ

要約でコメントを出力[r]

解析をしていて、変数(オブジェクト)が増えてくると、どれがどれか分からなくなってくる。そんなときには、覚え書きを書いておく。comment()関数で呼び出せるが、summary()関数でも呼び出せるようにした。

summary2 <- function(x) list(comment(x), summary(x)) # 既存の関数にコメントの出力を追加
x <- 1:10
comment(x) <- "テストデータ"
summary(x)
summary2(x)

海外のパソコンで日本語を使う[tool]

海外では日本語の入出力をできないことがよくある。こんなときには、Ajax IME: Web-based Japanese Input Methodではパソコンに日本語入力ソフトがなくても入力できる。また、日本語を読むにはJapanese Language Packを使えばいいらしい。
ただ、この内容をノートに書いておくか、メモを自分のgmailに送っておかないと、海外に行っていざというときに使えない。

ウェブ上でOffice[tool]

ウェブ上で文書を書いたり表計算をしたりすることができる。
それらを紹介したページ：ThinkFree Office Onlineと その他MS-OfficeライクなWebアプリ

集合[stat]

集合を図ではなくて、文章で表現しようと思うと難しい。含有関係や集合の表現を調べて、自分の言葉で表現。
Wikipedia：http://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%9B%86%E5%90%88

A⊃B：AはBを含有する。
A∪B：和集合。AかBかどちらかにあるもの(両方にあるものも含む)。
A∩B：積集合。AとBの共通するもの。
A−B：差集合。Aにあって、Bにないもの。

水準を追加する[r]

Rでは要素(factor)に対していきなり新しい水準のものを入れようとするとうまく行かない。水準を宣言というか定義しなければならない。

df <- data.frame(fct=factor(c("a","b","a","b","c","d","d")))
df$fct
df$fct[df$fct=="a"] <- "e" # 失敗する
df$fct # NAが入っている
df <- data.frame(fct=factor(c("a","b","a","b","c","d","d")))
levels(df$fct) <- c(levels(df$fct), "e") # 水準を追加する
df$fct
df$fct[df$fct=="a"] <- "e" # 成功する
df$fct

横断翻訳[tool][english]

Cross Translationでは、色々な翻訳サイトを横断して一括翻訳してくれる。普通はサイトごとに翻訳方法に癖がある。複数のサイトを比較して見ると、偏った翻訳に頼らなくていいのがうれしい。

写真を大量に保存[tool]

ZorgとJOYPIXでは、登録するだけで大量の画像を保存することができる。最大容量は前者は無制限(1GB/月)、後者は5GB(10MB/月)。でも、ファイルを一つずつ指定しなければならないのが難点。FTPみたいなのでアップできればいいのだが、と思っていたら、Zorgではアップローダを使うと、10個までだったらドラッグ＆ドロップでアップできるようだ。

秀丸エディタでTeX[hidemaru][tex]

あべのりさんの作られた祝鳥というマクロをインストール。TeX本体はTeXインストーラでインストールした。これを使うと簡単にインストールできた。
参考：祝鳥の使い方

漂着物学会[diary]

漂着物学会というのがある。分野は自然科学だけでなく、もっと広い分野を扱っている。しばらく前に存在を知ったのだが、ホームページを見たところ、すごく面白そうなので早速入会希望のメールを事務局あてに送った。

S-PLUSによる統計解析[book][stat][r]

本屋で中身を見てみたい本3冊。近くに大きな本屋が無いので、都会に行ったら見てみよう。
S-PLUSによる統計解析

はじめて論文を書くためのLaTeX厳選テクニック[book][tex]

はじめて論文を書くためのLaTeX厳選テクニック

自然科学の統計学[book][stat]

自然科学の統計学

ScanSnap[pdf]

ScanSnapはすごく便利そうなスキャナーだ。両面読み取り可能なのと、文字認識してPDF化できるのが良い。メーカーでの販売価格は49,800円、ネット上での最安値は41,500円ぐらい。スキャナーだけで考えると高いが、附属しているAdobe Acrobatが35,800円なのを考えると安い。
解説記事：http://plusd.itmedia.co.jp/pcupdate/articles/0602/13/news001_3.html
メーカーのページ：http://scansnap.fujitsu.com/jp/

Landscape Ecology 21 8[article]

Interactions between plant life span, seed dispersal capacity and fecundity determine metapopulation viability in a dynamic landscape

Quantifying determinants contributing to plant species richness in mosaic landscapes: a single- and multi-patch perspective

Community structure and differential responses of aquatic turtles to agriculturally induced habitat fragmentation

Global Ecology and Biogeography 15 6[article]

A comparison of methods for mapping species ranges and species richness

Multi-extent analysis of the relationship between pteridophyte species richness and climate

Modelling tree diversity in a highly fragmented tropical montane landscape

Ecography 29 5[article]

Spatial patterns and competition of tree species in a Douglas-fir chronosequence on Vancouver Island

Spatial concordance at a regional scale in the regeneration process of a circum-Mediterranean relict (Buxus balearica): connecting seed dispersal to seedling establishment

Predicting patterns of plant species richness in megadiverse South Africa

入力間違い[stat]

「馬車馬のように」で「データの読み合わせ」という題名で書かれているデータの入力間違いについてはデータ解析をする上では必ず考えておかなければならない。
データ解析というか、パソコンを使う上では誰でも犯してしまう間違いであろう。エクセルで種名などを入力していると、オートコンプリート(自動補完)が働いて、入力すべきものでないまま確定してしまうこともある(例えば、ウラジロを入力すべきところにウラジロノキが入ってしまうなど)。
失敗をしない人間はいない。先のページに書かれている方法も含めて、データ入力や確認には次のような方法がある。

- 声に出して照合する(調査時の筆記では、必ず「復唱」をする)

データ確認用のプログラムを実行する

散布図やヒストグラムなどの図を作成する

2回データを入力する(2回の入力が異なるところは確認をする)

印刷をして確認する(確認したところは鉛筆で「はねる」)

割振った番号との照合などの場合は、チェックデジット(検査番号)を使用する

何の花粉症？[diary]

ここ2-3日、目が疲れると思っていた。ただ、パソコンを使ってなくて(ほとんど1日外に出ていた)目が疲れるのはおかしい。しかも、鼻がむずむずする。これはどうも花粉症のようだ。9月末に鼻がむずむずしていたのも花粉症だったと思う。それにしても、何の花粉だろう？

Brava! Reader[pdf]

PDFを編集できるフリーのソフトを探していた。どうもフリーで良さそうなものはないようだ。目的外だが、編集不可のPDFファイルから本文をコピーする方法というページを見つけた。Brava! Readerでは編集不可のPDFファイルでテキストを選択できるらしい。

Rの基礎とプログラミング技法[book][stat][r]

本屋で中身を見てみたい本の追加。
Rの基礎とプログラミング技法

正規表現[program]

[2006-02-09]にもメモしたが、正規表現の説明がのっているページ。
http://www.glasscom.com/tone/linux/Reference/RegularExp.htm