松村俊和のページ：日記 / 2006-03

Global Ecology and Biogeography 15 2[article]

Local vs. regional control on species richness: a new approach to test for competitive exclusion at the community level

Spatial patterns of plant richness across treeline ecotones in the Pyrenees reveal different locations for richness and tree cover boundaries

レッドデータの情報源[diary]

先日[2006-02-28]書いたレッドデータについてメールをもらった。内容を要約すると次のとおり。

レッドデータの情報源である行政のページには次のような問題点がよくある。

リンク先のページ自体がなくなっている

情報掲載の年月日がない

正式な書誌情報がない

確かにこのような問題は多い。ただ、根本的な解決ではないが、次のような解決方法はあると思う。1つ目と2つ目の点はInternet Archiveを使うという方法。3つ目に対してはOPACで検索するという方法。

Biological Conservation 129 3[article]

Comparison of breeding bird and vegetation communities in primary and secondary forests of Great Smoky Mountains National Park

Urban domestic gardens (IX): Composition and richness of the vascular plant flora, and implications for native biodiversity

秀丸エディタのアウトライン機能[tool][diary]

秀丸エディタの先行版はちょっとごちゃごちゃした画面になるが、機能的にはすごく充実している。

ネット依存症[diary]

昨日[2006-03-02]書いた内容を返信した後に、再度メールを頂いた。ネットに慣れすぎというのは確かにその通りだ。ネットですべてを解決しようとするのは良くない。自分の手と足と口と耳を使わなくては。

目的であった「いつ発行のＲＤＢが最新版か，改訂版があるのかどうかを知る」ためには，各県の該当部署に直接電話で問い合わせるのが結局は早かったです．（そのような細かい情報までウェブに期待するのは，ネットに慣れすぎた甘えかも）

Ecological Modelling 194 1-3[article]

Interactions between environmental variability and immigration rate control patterns of species diversity

Responses of forest herbs to available understory light measured with hemispherical photographs in silver fir-beech forest in Croatia

20万分の1の地質図[論文][map]

産業技術総合研究所のシームレス地質図データベースでは、20万分の1の地質図をネット上で見ることやダウンロードすることができる。試しに見てみたが、ネット上で見るには専用のソフトをインストールする必要があった。いくつか方法があるようで、そのうちの一つを試してみた。地図の表示速度は問題なく、画像はきれい。また、20万分の1日本シームレス地質図サポートページでは、用語の解説・岩石と地質の分類・岩石や地層のでき方といった解説ページが勉強になる。
元記事：産総研、20万分の1日本シームレス地質図全国版をネット公開 - 閲覧・DL可 (MYCOM PC WEB)

gOFFICE[tool]

gOFFICE.comではネット上でPDF形式やHTML形式の文書を作成・編集することができる。ネット上に保存可能。表計算ファイルの編集も可能。登録が必要。

25GB使用可能なオンラインストレージ[tool]

Streamload MediaMaxでは25GBのファイルを無料で保存可能。ただし、無料版では月500MBまでしかダウンロードできない。有料版だと1000GMまで使用可能らしい。
元記事：オンライン・ストレージ：25GBまで無料のサービス登場

苦しい論文執筆[論文]

Y日記の論文を書くことはなぜ苦しいか？が面白い。本文から本論だけを抽出して長めに引用。

論文を書くことは苦しい。論文を書くためには、まずこの事実を直視する必要がある。こうやって、気分転換にブログを書いているということは、ブログを書くことに比べ、論文を書く作業のほうが苦しいということだ。
中には、論文を書くことが楽しいという人もいるかもしれないが、それは例外である。論文が完成すれば、そのときには嬉しいものだが、書いている途中は、多くの場合、苦しい。
なぜ、論文を書くことは苦しいのだろうか。それは、論文執筆が社会的行為ではないからだと思う。
(中略)
論文を書く作業は、ブログを書く作業と違って、自己表現ではない。論文とは、主張を書くものではなく、問題設定と、問題に答える事実と、事実から論理的に導かれる結論について書くものである。
したがって、著者の主張とは独立に、論理を展開しなければならない。ここが苦しいのだと思う。
何かを主張するときには、自分の主張に都合の良い事実や理論だけ紹介すればよい。(中略)
それに比べ、論文執筆は、提示する事実に徹底して制約される作業である。ここが苦しい。提示する事実にふさわしい問題設定は何かを考え抜き、その問題設定をする意義を論証しなければならない。
この作業の過程では、社会的な人間関係は介在しない。孤独な作業である。しかし、この苦しみを乗り越えなければ、自分の研究成果を世に問うことはできないのである。
楽器を覚えたり、スポーツを覚えたりするときにも、孤独な練習時間は必要だが、こちらは自己表現につながる行為である。しばらく孤独な練習を続ければ、上達したのが実感できるし、上達すれば、演奏を聴いてもらったり、一緒に競技をしたりできる。
それに比べ、論文執筆は、その技に熟達したとしても、通常はそのことによって社会的な人間関係が豊かになるわけではない。
それでも論文を書くのは、自分の研究成果を世に問うためである。

 研究成果は、論文として公表されない限り、存在しないのに等しい。

一つでも多く、自分の成果を論文として世に問いたいという欲望が強い人ほど、論文をたくさん書ける。

Ecological Management and Restoration 7 1[article]

Planting designs in ecological restoration: Insights from the Button Wrinklewort

ヤマネコノメソウ・セリバオウレン・ユキワリイチゲ・コチャルメルソウ[photo][diary]

知り合いから教えてもらったので、早速見にいった。

---

ヤマネコノメソウ

セリバオウレン

ユキワリイチゲ

コチャルメルソウ

FolderShare[tool]

FolderShareを使うと、インターネットに接続している自分のパソコンに保存しているデータを他のパソコンから使うことができるらしい。便利そうだが、危険でもある。
元記事：コレに決定！　ニシノ式ネット生活快適レシピ

Folia Geobotanica 40 1[article]

Forum: Experimental testing of dispersal limitation in plant communitities

Diversity and dispersal - can the link be approached experimentally?

Diaspore and gap availability are limiting species richness in wet meadows

Can long-distance dispersal shape the local and regional species pool?

Distinguishing the roles of dispersal in diversity maintenance and in diversity

Assessing the relative importance of dispersal in plant communities using an ecoinformatics approach

A transient expansion of sown plants and diaspore limitation

Folia Geobotanica 40 2-3[article]

Rhinanthus: a tool for restoring diverse grassland?

Folia Geobotanica 40 4[article]

- Abundance-age-area relationships in an insular plant community

Gradients in dry grassland and heath vegetation on rock outcrops in eastern Germany - an analysis of a large phytosociological data set

これから論文を書く若者のために[book]

これから論文を書く若者のためにの大改訂増補版が出るということをしばらく前にメーリングリストで知った。ばたばたしていたので、ほったらかしにしてしまっていた。忘れるといけないので、本日注文のメールを送った。

寒波[diary]

今日は寒かった。昼間の気温で1℃前後。朝は雪が積もっていて、久々に雪かき。

コケ植物の戦略[plant]

岡山理科大学の波田さんが書かれている小型化を選択したコケ植物が面白い。

コーパス分析[tool][論文][english]

言語研究をするための電子化されたテキストを分析することをコーパス分析というらしい。詳しくは、コーパス英語研究をどうぞ。
コーパス分析を使用して論文を書くときの参考として単語の使われ方を調べられそうだと思い、PSS ConcordancerとAntConcを試用してみた。PSS Concordancer はざっと調べるには使いやすそうだが、詳細な検索はできなさそう。AntConc はいろいろな機能があって便利そう。
今までは既存の論文をテキスト化したものを grep で検索していた。これよりはだいぶ使い勝手がよさそう。

pdfからテキストを抽出[tool]

xdoc2txtで抽出する方法(windows)や＠ITの記事に書かれている方法(linux)でpdfからテキストを抽出することができる。

視力測定[tool][diary]

視力がどうなっているか、視力測定ソフトでテスト。現状維持か。

Biotropica 33 4 621-636[article]

Variation in Post-dispersal Seed Predation in Mature Peruvian Lowland Tropical Forest and Fallow Agricultural Sites

要旨の抄録
ペルーの成熟した森林と休耕した焼畑(若い森林)で26種の樹木とツル植物の種子散布後の種子の被食を調べた。脊椎動物の被食はすべての種で高く、無脊椎動物による種子被食はより低く、種によって異なっていた。昆虫による種子と実生の被食は成熟した森林において非常に高かった。げっ歯類による種子の被食は若い森林で高かった。

Biotropica 32 1 33-41[article]

Forest Succession and Distance from Forest Edge in an Afro-Tropical Grassland

要旨の抄録
ウガンダの放棄農地で種子捕食率・樹木の生存率などを、森林からの距離別と火入れを中止してからの年数別で調査。新たな実生の供給はほとんどなく、種子の生存率は低かった。実生の生存率は高かったが、成長量は少なかった。森林の近くでも遷移は非常に遅かった。

ポートタワーは直線でできている[stat]

ポートタワーのような直線だけでできた曲面を線織面というらしい。
元記事：２次曲線ランドの資料館のポートタワー

ツバメ[diary]

今年初めて、ツバメを見た。

図で使う記号(凡例)[book][論文][stat][r]

参考文献によると、基本的には次の順番で使うらしい。
○ △ □ ● ▲ ■
R の pch では ○:1 △:2 □:0 ●:16 ▲:17 ■:15

plot(rep(1,6), pch=c(1, 2, 0, 16, 17, 15), cex=5) # cex でシンボルの大きさを5倍に変更

参考文献：トップジャーナルにアクセプトされる医学論文―執筆と投稿のキーポイント

matplotのような散布図を描く関数[stat][r]

matplot のような関数
関数

matplot4 <- function(df, pch=NULL, ...){ # df:data1,data2,label
  plot(df[[1]], df[[2]], type="n", ...) # 空のグラフ
  label <- unique(df[[3]]) # ラベルの数
  if(is.null(pch)) pch <- 1:length(label) # pchの指定無：通常の順番
  for(i in 1:length(label)){ # ラベルごとに散布図を描画
    sub.df <- subset(df, df[[3]]==label[i])
    points(sub.df[[1]], sub.df[[2]], pch=pch[i], ...)
  }
}

使用例

df <- list(x=rnorm(50), y=rnorm(50), z=sample(c("a","b","c","d","e","f"),10,replace=T))
df <- as.data.frame(df)
matplot4(df, pch=c(1,2,0,16,17,15))

闘病生活[diary]

ここ数日間、お腹にくる風邪で寝込んでた。今はだいぶよくなったけど、始めのころは激しい腹痛で体を動かすことすらできなかった。食欲がほとんど無く、体重が4kgぐらい減少。その間は、同居人の方に看病してもらってました。一人暮らしだったら、何もできずどうなっていたことやら。

Conservation Biology 20 2[article]

A Multiscale Method for Selecting Indicator Species and Priority Conservation Areas: a Case Study for Broadleaved Forests in Lombardy, Italy

Global Warming and Extinctions of Endemic Species from Biodiversity Hotspots

Agriculture, Ecosystems & Environment 114 2-4[article]

Patterns of variation in vascular plant species richness and composition in SE Norwegian agricultural landscapes

Biotic and abiotic edge effects in highly fragmented heathlands adjacent to cropland and forest

これ論の増補版[book]

風邪でダウンする前に注文していたこれから論文を書く若者のためにの増補版が、風邪でダウンしているときに届いた。中身はまだ良く見れていないが、オリジナル版よりさらに良さそう。

背中痛[diary]

昨晩は背中が痛くて、夜中に何度か目が覚めた。なんともいえない痛さだった。

RのAtoZ[stat][r]

群馬大学の青木さんのページにあるR による統計処理に「R を使って実際に統計解析をする AtoZ」という項目が最近できたようだ。分かりやすくて簡潔に説明がされており、これからがさらに楽しみ。

Journal of Biogeography 33 4[article]

Comparative dynamics of avian communities across edges and interiors of North American ecoregions

統計の面白そうな本[book][stat]

統計学を拓いた異才たち―経験則から科学へ進展した一世紀という本が面白そう。今度本屋に行ったら見てみよう。