松村俊和のページ：日記 / 2008-01

抱負[diary]

論文の2本以上掲載
畦畔法面植生における種子供給源からの時空間的距離と出現種数との関係ともう一つ別の論文で畦畔関係．さらにカヤラン．一気に投稿して…と野望を抱く．でも，あかんあかん．一つ一つやっつけていかないと．二兎を追うものは…というではないか．

Writing Scientific Papers in Englishの抄録[book][論文][english]

[2007-12-10]に書いたWriting Scientific Papers in Englishの抄録を修正．見直すと，変換ミスや誤入力がたくさん．恥ずかしい．

横書き[tex]

TeXで文書を書いていて，横書きがうまく出来なかった．DVIからPDFに変換するところで -l オプションを設定すればうまくいった．
参考

- TeX Q & A 29001-29500

Re: landscapeにならない．

% 文章
\documentclass[12pt,A4,landscape]{jsarticle}
\begin{document}
本文．ほげほげ．
\end{document}

% 自分の環境での設定

dvi -> PDFのプログラムはdvipdfmxを使用．

A4横にするには，PSファイルを経由せず，PDFに直接変換する．

DVI -> PDFの設定で -l オプションを設定する．

表の作成[tex]

縦方向の中央揃えを使用としたら，横方向の中央揃えができなくなった．

\documentclass[12pt,A4]{jsarticle}
\usepackage{array}
\begin{document}
\begin{tabular}{m{5zw}m{5zw}b{5zw}}
  長い文章で中央揃え & 中央揃え & 中央揃え
\end{tabular}
\end{document}

参考

tabular Environments

LaTeX2ε美文書作成入門の第8章

日本語LATEX2eブックの第2章

LaTeX組版ハンドブックの第7章

自然観察入門[book]

自然観察入門(中公新書389)を読んだ．1975年に出版された本．当時から自然環境が悪化しつつあるというのがかかれている．ちょうど自分が生まれて少し経ってからの時代だ．植物をはじめとした自然の見方が書かれているが，川の見方が面白かった．

Conservation Biology 21 6[article]

Reliability of a Higher-Taxon Approach to Richness, Rarity, and Composition Assessments at the Local Scale

本の一覧[book]

持っている本の一覧をテキストファイルで管理しているが，現実逃避でamazonのウィッシュリストに入力した．とりあえずは開架図書をほぼ入力したつもり．ダンボール書庫の本はまたそのうち入力しよう．

何と間抜けな[diary]

[2007-12-02]で荒い原稿ができて，その後しばらく別の資料整理などを交えながら，図表の清書や本文の修正作業をしていた．この原稿がほぼ最終段階に差し掛かってきた．つまり，全体の文章の流れから，細部の確認作業(投稿規程との確認など)に移りつつあった．もう少しだと思っていたら，間抜けなことに気づいた．作るべき表を1つ作っていなかった．簡単な表やけど，完全に作り忘れていたとは…．

図表を入れる[tex]

[2007-08-02]に書いていたメモを実際の文書に入れる場合の例．

\documentclass[12pt]{jsarticle}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{mediabb}
\begin{document}
\includegraphics[bb=0 0 432 432,width=10cm]{d:/hoge.pdf}
\end{document}

片足スクワット[diary]

体力維持のため，片足スクワットをしている．頻度は毎日か1日置きぐらい．回数は1日につき片方5回ずつ．ちょっとだけ負荷を大きくするため，適度にゆっくりと(変化を感じない程度に)重たくなるものを担ぎながら．一気に重たくなっては筋肉の増加が追いつかないが，ちょうど筋肉の増加も平行して増えるつもりでいる．今は7.5kgぐらいだが，1年後には10kgぐらいになっているはず．いつまで続けられるだろうか？

Ecology Letters 11 2[article]

Global diversity of island floras from a macroecological perspective

ペンシルバルーン[diary]

小さい子どもが家にやってきたので，ペンシルバルーンを膨らましてイヌでも作ろうと思った．だが，ここ数年膨らましていなかったので，バルーンを膨らますことが出来なかった．器具を使って膨らませたので，目的のイヌは作った．でも，すごいショック．確かにバルーンを膨らますのにはかなりの肺活力(量ではなくて)がいる．初めて膨らますまでにかなりの時間がかかった．それでも一度出来るようなってからはずっと出来ていた．また，できるようになるまで特訓をするか．

[tool]

長期保存バッテリーを劣化防止「Befor Strage Battery」

方法は省略しすぎない[diary][review]

先日査読をした論文で編集者長から著者宛に結果が通知されたようだ。もう1名の方の厳しい意見がすごく勉強になった。というかそれを読んで，自分自身にもこんな報告書が来ないように，論文を仕上げねばと思った。方法の項目は結構省略して書きがちやけど，他人が再現できるようにきっちりと書かないと駄目だと痛感した。

CSVエディター[tool]

エクセルでもいいのだが，調査資料の入力に使えそう．試しに使って見てよさそうだったら，乗り換えてもいいかも．

CSVエディター「Cassava Editor」

ペンシルバルーン[diary]

前ほどではないが，再び自力で膨らませられるようになった．

ページ数の変更[tex]

強制的に頁番号を変えるには，本文中に以下を記載しておく．
\setcounter{page}{19} % 19頁目の場合

ダブルスペース[tex]

ダブルスペースにする方法はいくつかあるようだ．ただ，tabular環境を使った場合はその1でないとだめ．

% その1
\documentclass[12pt]{jsarticle}
\def\baselinestretch{2} % ダブルスペース
\begin{document}
\begin{center} \begin{tabular}{ccc}
\hline
項目1 & 項目2 & 項目3 \\
\hline
値1 & 値2 & 値3 \\
\hline
\end{tabular} \end{center}
\end{document}

% その2
\documentclass[12pt]{jsarticle}
\usepackage{setspace}
\doublespacing % ダブルスペース
\begin{document}
ほげほげ
\end{document}

% その3
\documentclass[12pt]{jsarticle}
\usepackage{doublespace} % ダブルスペース
\usepackage[pagewise]{lineno} % 行番号 pagewise:頁ごとに行番号を付ける(おまけ)
\linenumbers % 行番号を付ける(おまけ)
\begin{document}
ほげほげ
\end{document}

参考

URM

Double-spacedにするスタンダードな方法

LaTeXでdouble-spacedにする

本文の修正[review][進行状況]

今書いている英語の論文の本文を修正した．他の人に見てもらって，修正意見をもらったところを重点的に修正．しばらく，別の論文に取り掛かっていたため，今まで見えていなかったところが見えてくる．特に去年の年末にした査読の効果があってか，次のような点を厳しく見るようになった．もちろん今まででも確認していたつもりではあったものの，甘かったようだ．

文章が冗長でないか？

主張の根拠が曖昧ではないか？

生態学キーノート[book]

生態学キーノートは生態学に必要な項目が短くまとめられていて役立つ．ちょっとした合間にざっと目を通しているだけでも勉強になる．
本屋で立ち読みをしたところ植物科学キーノートも良さそう．こっちは，生態学で知っておいた方が良い植物の生理学などが含まれる．

修正意見[進行状況]

[2007-12-29]に投稿した資料の原稿への審査結果が返ってきた．結果はB．審査してくださった方，ありがとうございます．やっぱり他人の目で見るというのは大事なことだ．自分自身では自明のつもりのことであっても，そうでないことがある．また，やや論理が飛躍しているところがあった．早速修正して送りなおそう．

全体の枠組み[diary]

どうも全体の枠組みが決まらないと，気持ちがもやもやして行動する気にならないことがある．例えば，何かの提出資料がA,B,C,D,Eとあったとする．その場合，とりあえず形だけでもいいから，すべてのパソコン上でファイルを作ってしまう．様式が無い場合は様式を作る．そうすることで，必要なことを確認してその後の段取りを考えることができる．全体の段取りが分からないと二度手間になってしまうことある．確か段取り八分っていう言葉があったと思うが，まったくそのとおりだ．
ただし，自分で良い思いつきだと感じたことは直ぐに行動してしまう．結果的にこのようなことは熟考していないので，多くの場合うまくいかない．

description環境を使った箇条書き[tex]

似たような感じだが，いろいろとある．使ってはすぐに忘れていくので覚え書き．

\documentclass[12pt]{jsarticle}
\begin{document}
\begin{description}
  \item[ほげほげ] 記述付箇条書き
  \item[ほげら] 記述付箇条書き
\end{description}
\begin{itemize}
  \item 普通の箇条書き
  \item 普通の箇条書き
\end{itemize}
\begin{enumerate}
  \item 番号付箇条書き
  \item 番号付箇条書き
\end{enumerate}
\end{document}

参考：TeX/LaTeX入門

修正・送付[進行状況]

[2008-01-15]に受け取った指摘事項にもとづき資料の原稿を修正して，編集者に送付した．よろしくお願いします．

[english]

bloom (花が)咲く
consist of ．．．からなる(2語で)
invade ．．．に侵入する
except for ．．．を除いて(2語で)
wrap ．．．を包む
be composed of …から成り立つ(3単語)
cooperate with …と協力する
be similar to …と類似した
regardless of …に関係なく
by means of …の手段で(3単語)
absorb 吸収する
altitude 標高，高さ
analysis 分析
atmospheric 大気の
axis ｲ
civilization 文明
committee 委員会
community 群落，群集
consequence 結果
consider 考える
considerably かなり
creature 生物
definition 定義
depend on ．．．に依存する．
destructive 破壊的な
developing country 発展途上国
diffusion 拡散，発散
drought 干ばつ，乾燥
enormous 巨大な
equipment 機器
erosion 浸食
estimate 推定
estimate 推定する
evaporation 蒸発
evaporation 蒸発
existence 存在
fossil fuel 化石燃料
fragile 壊れやすい
frequency 頻度
frequently 頻繁に
fresh water 淡水
function 機能
gravity 重力
horizontal 水平の
impact 影響
in general 一般的に，
in short つまり，要約すると
influence 影響を及ぼす
investigate 著さする，調べる．
low-pressur 低気圧
molecule 分子
nutrient 栄養分
occupy 占有する
option 選択
organism 有機体，生物
perspective 見方
poverty 貧困
precipitation 降水量
prevent A from Bing AがBすることを妨げる
profile 断面，断面図
recognize 認める
remove …を取り除く，取り去る
represent 表す
stabilize 安定させる
sustainable 維持可能な
sustainable development 持続可能な発展
symptom 徴候
terrestrial 陸上の
undesirable 望ましくない
vegetation 植生
bud つぼみ，芽
that is to say つまり(4単語で)
aim ねらう
hardly ほとんど．．．ない
part from わかれる(2語で)
fraction 一部
pollen 花粉
observe 観察する
community 群落
decide 決定する
blood relationship 血縁関係
individual 個体
individual 個体
expand 広げる
structure 構造　sで始まる単語
insect 昆虫
operation 作用，働き
remain 残る
fat 脂肪(組織)
female 雌，雌の
bark 樹皮
periodic 周期的な
ripe 熟れた，熟した
vertically 垂直に
hydro- 水，を表す接頭語
inhabit 生息する
expert 専門家
strategy 戦略
increase 増える
existence 存在，実在
underground 地下
landform 地形
investigate 調査する
characteristic 特徴
flesh 肉
sprout 発芽する
develop 発達する
breed 繁殖する
relatively 比較的に
surface 表面
distribution 分布
distribution 分布
on average 平均して(2語で)
guarantee 保証する
radial 放射状の
direction 方向
brightness 明るさ
dominant 優勢な
male 雄，雄の
various 様々な

文献整理[diary]

文献の整理をした．紙媒体のものはPDF化したり，ウェブからとってきたり．整理をしていると，いくつか不具合が見つかる．重複した入力や，識別番号を移動したために欠番が生じていたり．文献を持ち出していて，すぐに見つからないものもあった．とりあえず，PDFにしておけば見たいときに見つかるはず．そのためには検索できるように題目などの情報を電子化しておかなければならない．

もう少し？[進行状況]

英語([2007-08-06])の論文共同研究者の方に見てもらっていた．頂いた意見をもとに修正していた作業が一息ついた．[2007-12-02]の論文は書き上げて，共同研究者の方に見てもらっている．

みかん[diary]

みかんは収穫した直後は酸っぱくて，時間が経つと甘くなる．正確には甘さは変わらなくて，酸が抜けていくので甘く感じる．何でだんだん酸が抜けるのかと考えたら，種子が十分に未熟なうちに果実を食べられると，せっかく種子が散布されたとしても発芽できないので元も子もないのだろう．種子が十分に成熟してから散布されるための仕組みだろう．とはいっても，温州みかんは栽培ものなのだが．
野生の植物で，果実がたくさん残っていて，この果実は食べられないのだろうかと思っていたやつがあるときには食べられて無くなっているというのがあれば，このような仕組みかもしれない．もちろん鳥などの好みの順序も関係しているだろう．

面の皮[diary]

文献を整理していたら出てきた論文．

Publication rejection among ecologists
American Naturalist, Ecology, Journal of Ecology, Journal of Animal Ecology, Oikosに論文を掲載している著者に対してアンケート調査．アンケートを回収できた著者の論文2907本のうち450本(15.5%)は最低1回，224本(7.71%)は最低2回はどこかの雑誌で却下されているとのこと．最終的に一流の雑誌に掲載されている論文でも結構却下されている．却下を受けても，何度でも挑戦をする面の皮の厚さが大事らしい．

PDF(TeX)をMSWord形式に変換[tex]

英文校閲に出す準備をしていて分かったのだが，MSWord形式で原稿のやり取りするところが多い．今手元にある原稿は，TeXから作成したPDF．そこで，PDFをWord形式に変換することを考えた．Acrobat StandardはWordに書き出せるが，そのまま使うのは無理．Word -> PDF -> だったらもっとうまくいきそうだ．その他のソフトも，同じような結果になりそう．
次に考えたのは，PDFの注釈機能を使うこと(これで校閲してもらえるか分からないけど)．pdftkやpdfcryptで注釈を許可することができそうだが，どうもうまくいかない．dvipdfmxのオプションもうまくいかない．Acrobat Proがあると出来そうだが，値段が高い．
ということで，上の2つは断念．さらに，考えたのがTeXをRTFとか経由してWordに変換すること．変換ツール - TeX Wikiで紹介されているlatex2rtfを試した．一応変換はできるが，欲しいものとは程遠い．
結局のところ頁数とか行番号を出力しないようにして作成したPDFをMSWordに複写＋貼付して編集しなおすしかなさそう．

TeXの入門書[tex][book]

TeXの入門書でお勧めの本は何かと聞かれて返事をした．LaTeX2ε美文書作成入門は全体的にまとまっていて良い．オンラインだったら，好き好きLaTeX2eやLaTeX入門が入門書に適している．
インストールは[2006-10-21]が参考になると思う．ただし，TeXインストーラのリンクが切れている．TeXインストーラは阿部紀行さんの作ったもの，書いたもの，他からダウンロード可能．
あと，メールでは書き忘れたのだが，インストールが難しかったらとりあえずのお試し版としてTeXを使ってみようを使うという手がある．

ファイルの復元[tool]

だいぶ前に書いた日記に復元というソフトを紹介した．探していたファイルがなくて，このソフトのお世話になった．残念なのはこのソフトの機能制限のないフリー版がなくなってしまったこと．

英語の間違い・カバーレター[論文][review]

みさっちさんのよくある文法の間違いチェックは英語の典型的な間違いが書かれている．文法というより英単語の使い方という感じ．カバーレター基礎のキソは一般的な書き方と例文があって役立つ．カバーレターの重要性は臨床研ニュースの第362号やyusukemanさんの論文投稿あれこれ1・論文投稿あれこれ2が参考になる．前者は編集事務局との壮絶なやり取りが書かれていて，論文を書くことの大変さと醍醐味が伝わってくる．

クラスター分析の結果を図示[r][stat]

クラスター分析をした結果を図示する場合の，引数を覚えた．

library(cluster)
data(agriculture)
cls <- agnes(agriculture)
plot(cls, which=1) # バナー表示
plot(cls, which=2) # クラスター表示
plot(cls, which=2, hang=-1) # 吊り下げの長さを一定にする