松村俊和のページ：日記 / 2006-02

XTMemo[tool][pc][changelog]

XTMemoは「リスト表示と検索で管理するテキストファイルベースのメモソフト」らしい。基本的にはchangelogメモの考え方を踏襲していらしい。

科学論文に役立つ英語[english][論文]

科学論文に役立つ英語
接続詞・副詞・前置詞から、類義語リスト・英語校閲を受けた実例・参考書まで。

プログラムの書き方[program][pc]

芸術的なプログラマには統一性・高速性・機能性・協調性・拡張性といったプログラムを書くとき考えるべきことが書かれている。

更新ファイルを転送するバッチファイル[changelog][pc]

昨日作成した更新ファイルを転送するバッチファイル(xcopy版)を更新ファイルを転送するバッチファイル(Perl版)とPerlのスクリプトの組み合わせに修正。Perlを使って、xcopyを使わずに直接更新ファイルの一覧を作成した。
以下の、dosコマンドの解説ページを参考にしたが、結局バッチファイルだけではうまく行かず。
http://forum.nifty.com/fpcu/dosvcmd/index1.htm
http://www.page.sannet.ne.jp/mtoga/etc/dos/bih-g_d2.htm
http://www.nara-su.ac.jp/~takeyama/material/msdos/dos_96.htm
http://homepage1.nifty.com/jak/batch/index.html

久々に大雪[diary]

ここのところ、雪がほとんど降っていなかったが、今日は久々にたくさん降った。帰宅しようとしたら、車の上には15cmほど雪が積もっていた。雪かき用の棒をもっていなかったため、素手で雪かきをしていたら手が凍りそうだった。リュックの中に常備している調査板があるのを思い出した。調査板を使って除雪した。調査板がこんなところで活躍するとは思っていなかった。

GoogleMapsで検索[map][changelog][hp]

サイドバーに住所を入れたら地図を検索できる欄を追加。

perlの文字列置換[program][changelog]

chalow での箇条書き対応のために perl の文字列置換を勉強しなおし
竹中さんのperl講座
上記の索引
chalowのreadme
chalowのプラグイン

活性化[論文][diary]

メールで研究に関する話題を久々にやり取りした。普段の生活では研究に関係した話題がほとんどないので、研究に対する意欲が低くなってしまう。でも、研究関連の話題をメールですると研究に対する意欲が活性化する。まさに、九州大学の粕谷さんが書かれた「”田舎”で生き延びる方法」(本物のページが見当たらないので、googleのキャッシュをリンクしています)のとおりだ。

生物統計学入門[book][stat]

生物統計学入門は、生物学を学ぶ上で必要な統計学の初歩を全般的に網羅している。資料採取(サンプリング)について結構詳しく書かれているのが良い。一般化線形モデルについての記述もある。計算作業は数式が書かれているだけなのが残念。Rなどで実行する方法が併記されていたらもっといいのにと感じた。

地図を貼り付け[tool][map]

地図日記を使うとgoogleの地図をページ内の画像みたいに貼り付けできる。こんな感じ。

Rの解説文書[stat][r]

JIN'S PAGEにあるRの解説文書はすごい充実しているの一言。

ポワソン分布モデルでの回帰分析[stat][r]

久保拓弥さんの計算機実験用ランダム標本集団の飼い方・しつけ方のp27(ポアソン分布)にあるポワソン分布モデルでの回帰分析する定義
関数

pois.plot <- function(x, y=NULL, ...){ # x(種数など), y(環境傾度など) データフレームとして与えてもOK
if (is.null(y)){ y <- x[[2]]; x <- x[[1]] } # 引数が1つのデータフレームの場合はxとyに分割
pois <- glm(y ~ 1 + x, family = poisson(link = "log")) # ポワソン分布モデル
curve( exp(pois[[1]][1] + pois[[1]][2] * x), xlim=range(x), ...) # 推定した曲線を描画
points(x,y) # 散布図をプロット
summary(pois)
}

サンプルデータ

beta0 <- 4
beta1 <- -0.01
x <- seq(from = 0, to = 200, by = 2)
y <- exp(beta0 + beta1 * x)
sample <- rpois(length(y), lambda = y)
pois.plot(x,sample)

参考

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/mb-arc/arc026/01281.html
http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/72.html
http://www1.doshisha.ac.jp/~mjin/R/15.pdf

マルコフ連鎖[stat]

専修大学の萩栄一郎さんのページ内にあるインターネットで学ぶ 社会科学系のための数学にはマルコフ連鎖の計算などの計算プログラムがある。

旅行記(食べ物編)[hp][nzl]

ニュージーランド旅行記の食べ物編を公開。

正規表現[program]

もっと正規表現を使いこなせるようになったら、きれいなプログラムを書けるだろうと思いつつ覚え書き。
Perlの正規表現
「正規表現」Perl講座

車がビシッ[diary]

仕事を終えて、帰宅しようと車のところに行ったら、車全体が凍っていた。ドアミラーをしまっていたので、元の状態にもどそうとすると、「ビシッ」と音がする。気温は−２℃。
仕事がとてつもなく忙しい。個人的にしないといけないこともたくさんある。忙しいとは言いながらも、やることをやらねば。

全面凍結[diary]

朝起きたら、窓が凍っていて開かない。道路は凍結。車はもちろんガチガチ。−３℃

雪の上[diary]

仕事で雪の上を歩かなければならなかった。40-50cmほどの積雪だが、結構疲れる。

低温[diary]

今日は気温が上がらなかった。朝の気温が0℃、昼間の気温は1℃。
有効期限がこの2月で切れるクレジットカードがあった。いつ送ってくるのだろうと思っていたが、ようやく本日届いた。

気になる本[book]

森の生態史−北上山地の景観とその成り立ち−と地図からの発想が題名と目次情報では面白そうだ。内容を見たいが、近くの本屋に置いてそうなところは無いので、次に大きな本屋に行ったときにでも確認しよう。

アイテム単位で検索[changelog][tool]

ChangeLogメモをアイテム単位で検索というマクロを作成した。これでChangelogメモをさらに使いこなすことができる。chalowに含まれている cl2moneycsv.pl のコードを参考にしながら作ったが、なかなかのできだと自負。

興味のある論文[論文][hp]

雑誌のタイトルのメール配信サービスを利用して植生関係の論文一覧が送られるようにしている。今までは個人的にだけメモしていたが、ホームページにおいておこう。

Journal of Ecology 94 2[article]

Vegetation dynamics of predator-free land-bridge islands

Mechanisms of exclusion of native coastal marsh plants by an invasive grass

Influence of slope and aspect on long-term vegetation change in British chalk grasslands

Short- and long-term effects of changes in reindeer grazing pressure on tundra heath vegetation

フォルダの整理[tool]

UltiFolderは、無意味な階層を持つフォルダの整理や空のフォルダの除去ができるとのこと。

タムシバ[diary]

ここ数日暖かかったからか職場の向かいの山でタムシバがいくつか咲いているようだ。仕事の山は今週と来週。

フリーのPDF作成ソフト[tool]

PDF reDirect

PrimoPDF

クセロPDF

パスワード生成[tool]

PasswordButtons

複数XLSファイル内の不要シートを一括削除[tool]

エクセル未使用シート一括削除

Ecology Letters 9 3[article]

Antagonistic effects of seed dispersal and herbivory on plant migration

Evolutionary responses of natives to introduced species: what do introductions tell us about natural communities?

秀丸の先行版[program][tool][hidemaru]

秀丸エディタの先行版にアウトライン機能が強化されたらしい。先行版なので、まだインストールはしないが、これを使えば文書の編集がよりしやすくなりそう。

Ecological Modelling 193 3-4[article]

Influence of spatial patterns on ecological applications of extremal principles

Spatiotemporal dynamics and distribution patterns of cyclic competition in metapopulation

Can the invaded range of a species be predicted sufficiently using only native-range data?: Lehmann lovegrass ( Eragrostis lehmanniana ) in the southwestern United States

Modelling establishment probabilities of an exotic plant, Rhododendron ponticum , invading a heterogeneous, woodland landscape using logistic regression with spatial autocorrelation

激務[diary]

激務のため、体重が1.0kgぐらい減少。

Biodiversity and Conservation 15 2[article]

Agroforestry and Biodiversity Conservation -Traditional Practices, Present Dynamics, and Lessons for the Future

Tree Biodiversity, Land Dynamics and Farmers' Strategies on the Agricultural Frontier of Southwestern Burkina Faso

Post-cultivation Secondary Succession in a Venezuelan Lower Montane Rain Forest

手動ノートパソコン[pc]

ネグポンの100ドルパソコンっていうのがある。手回し発電というのが面白い。

Diversity & Distributions 12 2[article]

The role of environmental gradients in non-native plant invasion into burnt areas of Yosemite National Park, California

Relationships between species richness of vascular plants and terrestrial vertebrates in China: analyses based on data of nature reserves

Diversity measurement combining relative abundances and taxonomic distinctiveness of species

Vegetation ecology: an international collaboration summarizing the science

休養[diary]

なんとか無事に山を乗り越えた。3週間休み無く働いたので、今日はちょっと休養。

旅行記(風景編)[hp][nzl]

ニュージーランド旅行記の風景編を公開。

旅行記(種子植物編)[hp][nzl]

ニュージーランド旅行記の種子植物編を公開。

旅行記(シダ植物編)[hp][nzl]

ニュージーランド旅行記のシダ植物編を公開。

都道府県版レッドデータ[hp][論文]

都道府県別RDB 進行状況一覧というページを見つけた。リンク集のリストで、山梨県と静岡県へのリンクを追加した。