松村俊和のページ：日記 / 2009-09

 Biological Conservation 142 11[article]

Carrying capacity, migration, and dispersal in Yellowstone bison

Importance of hedgerows as habitat corridors for forest plants in agricultural landscapes

Assessing the broad-scale impact of agriculturally transformed and protected area landscapes on avian taxonomic and functional richness

Six years of habitat modification in a tropical rainforest margin of Indonesia do not affect bird diversity but endemic forest species

Effects of width, edge and habitat on the abundance and nesting success of scrub-shrub birds in powerline corridors

Landscape history and soil properties affect grassland decline and plant species richness in rural landscapes

deviance explained[stat][r]

GLMではR^2の代わりに，deviance explainedが使われることが多いようだ．簡単な関数だが，glmの結果からdeviance explainedを計算する関数は以下のとおり．

# deviance explained: 1 - [Residual Deviance] / [Null Deviance]
dev.exp <- function(x){ # xはglmの結果
  list("Deviance explained" = 1 - x$deviance / x$null.deviance,
    "Null Deviance" = x$null.deviance,
    "Residual Deviance" = x$deviance)
}

Evolutionary Ecology 23 5[article]

Land use affects flowering time: seasonal and genetic differentiation in the grassland plant Scabiosa columbaria

要旨の抄録

刈り取り草地と放牧地に生育するScabiosa columbaria(マツムシソウ科)の12個体群で花期と遺伝的分化を調査

刈り取り地では放牧地よりも有意に早く開花

地理的に離れた地点間よりも土地利用間でのほうが分化が進んでいた

空腹[health][diary]

 昨日はお腹が空いた．健康診断があったからだ．朝食はいつもご飯だが，今日はパン1枚だけ．15:00の健康診断終了までで口にしたのは少量の水とバリウムと炭酸水のみ．本当にお腹が減った．それでも，入院中の絶食に比べたら大したことはない．だいたい普段は空腹感をそれほど感じる前にご飯を食べていることが多い．それがおかしい．
 視力が久々に両眼とも1.5を記録した．久々の快挙だ．受験前の昼休みに目を休めたのが良かったか．

正しいこと[diary]

吉野弘さんの「祝婚歌」
「正しいことを言うときは 相手を傷つけやすいものだと 気づいているほうがいい」というところがなかなかいい．確かに，そのとおりだ．正しいことを言われて傷つくことは結構ある．結婚相手に限らずとも，論文の査読結果などでも，正しいことをずばり言われると，一瞬は傷つく．時間がたってから，ようやくその正しい指摘を受け入れることができるようになる．

整理[diary]

少し書籍や雑誌の整理をした．ついつい，中身を見てしまいがちだが，それをやってしまうと整理ができなくなる．できるだけ中身は見ないようにして，思い切って処分するのが肝要だ．

いんてこる参加記録[diary]

いんてこるの参加記録を作りつつあるがなかなか進まない．もうしばらくしたら，公開できるかも．

 Ecological Modelling 220 20[article]

The role of local and landscape level measures of greenness in modelling boreal plant species richness

シートベルト[diary]

日本では高速道路を通行するバスに乗っても，シートベルトを締めない場合が多い．先日，オーストラリアに行ったとき，高速道路を通行するバスはほとんどの人がシートベルトを締めていた．

査読依頼[diary]

普段は朝晩に電子メールの確認をしている．今朝の電子メールには英語のものが混じっていた．だいたいは英語の電子メールはゴミか雑誌のお知らせがほとんどだが，今朝のは少し違った．中身を見てみると査読の依頼だ．以前に比べると査読の依頼が届いてもそれほど驚かなくはなった．でも，今回は雑誌名を見て驚いた．はじめての査読([2007-12-31])とは別の国際誌からの依頼だったからだ．ただ，電子メールの本文をちゃんとみると査読が回ってきた理由が分かった．題目や要旨を見てみると自分自身にすごく近い分野の原稿だし，断る理由はない．しかも，断る場合は適任者を紹介するようにとなっている．これは査読をするしかないと思って，査読を受ける旨のリンクをクリックした．「査読を受けていただけますか？」という確認のページが出てきて「OK」をクリックすると完全に査読を受けることになるのかと思いきや，そのような確認の頁は無くて，いきなり「査読を受けていただきありがとうございます」という旨のメッセージがでてきた．査読期間は3週間．がんばろう．

ベルト[diary]

先日，10年以上使っていたベルトを捨てた．このベルトは，大学入学後しばらくして買ったように記憶している．値段は覚えていないが，貧乏学生だったので安物であることには違いない．こんなベルトをよくもまあ10年以上も使い続けたものだ．理由は大して無い．使い続けることができたからだ．一時期，体重が増加したために穴の位置が移動したことはあったが，ここのところは当初のところに戻っていた．ただし，ベルト全体は長年の使用によって延びているような気がする．部分的に細くなっているところああるためだ．今回捨てたのは体型が変わってしまったからではなく，長期間の使用によって金具が痛んだため．それにしても，長いことよく働いてくれたベルトであった．

Ecography 32 4[article]

Long-distance dispersal of seeds in the fire-tolerant shrub Banksia attenuata

The impact of ecological differentiation and dispersal limitation on species turnover and phylogenetic structure of inselberg's plant communities

Experimental drought and warming decrease diversity and slow down post-fire succession in a Mediterranean shrubland

編集者の立場[review]

京都大学の河合潤さんが「X線分析の進歩」というのに編集者のことばという文章を書かれている．改定内容についての回答については，ちょと自分の考えと違うところがあるが，編集者の立場として最後に書かれているところは編集者の立場としてすごく大事だと思う．そういえば，似たようなことが投稿論文の査読についてというところにもあった．世の中にはいろいろな意見の編集者や査読者がいるが，どれだけその論文が広い意味での科学の発展に寄与するのかという視点が受理・却下の判定には大事なのだろう．

ThinkPad240[diary]

家で使っているパソコンはThinkPadX32．その前に使っていたのは，ThinkPadX31(見た目はほとんど同じだが)．その前はThinkPadX240．ThinkPadシリーズはキーボードが気に入っているので，これからも使い続けるつもり．当分は機種も変えないだろう．パソコン自体が壊れて本体を変えるとしても，同じ機種を中古で買うだろう．先日，買い物をしていたらThinkPad240を見かけた．残念ながら，動作しているところを見たわけではないが，現役で動いていそうだった．なんとなくうれしかった．

ThinkPadX32[diary]

昨日書いたように，ThinkPadは愛用しているパソコンである．そのキーボードの端のPCカードスロット付近が壊れていた．たぶん，家の中の誰か(だいたいわかっているが)に踏まれたのだろう．使用上の問題は何も無いのは不幸中の幸いだ．

海鮮おこげ[diary]

海鮮おこげを生まれて初めて食べた．前から食べたかったのだが，なかなか食べる機会が無かった．予想通りに美味しかった．ただ，店員さんがおこげにあんかけをかけてくれたのだが，これは自分でやってみたかった．

自分の論文を書く[diary]

依頼が来ていた査読([2009-09-09])がほぼできた．1週間ほど寝かせてから確認をして提出しよう．査読をしていて，他人の論文は論文は粗いところが良く分かる．というか，当たり前のことだが，少しでも分かりにくいところがあるとつまってしまうことに気づいた．それはそうと，他人の論文を見るよりも，自分の改定途中の論文を早く仕上げなければ．

Conservation Biology 23 5[article]

Ecological Silence of the Grasslands, Forests, Wetlands, Mountains, and Seas

Biotropica 41 5[article]

Seed Dispersal Distances and Plant Migration Potential in Tropical East Asia

Rapid Recovery of Biomass, Species Richness, and Species Composition in a Forest Chronosequence in Northeastern Costa Rica

いんてこる記録(学会編)[2009intecol][hp]

いんてこる参加記録の学会編を追加．その他もぼちぼちと更新する予定．

査読結果[diary]

こちらは査読報告書を書く側ではなく，受け取る側での査読結果．何度も査読結果を受け取っているのだが，ありがたい修正指摘であっても，正直なところいろいろなことを考えてしまう．査読をやってくれた方への感謝を忘れてしまいがちだ．中には査読者の思い違いもあるが，よく読むとほとんどはこちら側の間違いだ．
このような修正指摘をうけて，早く片付けなければいけない3つの論文の修正作業を進めている．1月以内に3つとも片付けたい．
そうこうしているうちに，査読依頼の予告メールがやってきた．研究者として論文を書いては他の研究者に査読をしてもらっているのだから，自分も他人の論文を査読するのは当然のことだと考えているので，特に問題が無い場合は査読は引き受けることにしている．今回も早速了承する旨の返事を返した．10月初めに依頼が来るらしい．

Functional Ecology 23 5[article]

Floral scent in a whole-plant context: moving beyond pollinator attraction

The evolution of floral scent: the influence of olfactory learning by insect pollinators on the honest signalling of floral rewards

Integrating floral scent, pollination ecology and population genetics

Testing the potential for conflicting selection on floral chemical traits by pollinators and herbivores: predictions and case study

The importance of scent and nectar filters in a specialized wasp-pollination system

Private channel: a single unusual compound assures specific pollinator attraction in Ficus semicordata

農機具資料館[diary]

論文の参考に農機具について調べていたら，農機具資料館という頁を見つけた．写真ものっていて，これはなかなか面白い．

分類思考の世界[book][diary]

講談社現代新書の分類思考の世界(三中信宏著)を購入した．題目や目次からして面白い内容であることは間違いないだろう．買ったけど，3つの論文改定作業([2009-09-18])が終わるまでは読まずにとっておこう．読むのを楽しみにして，1日も早く改定を終わらせよう．

いんてこる記録(食事編)[intecol10][hp]

いんてこる参加記録の食べ物編を追加．オーストラリアの食事は基本的に美味しかった．

服装と箱尺[field]

共同研究者から植生調査の頁に対する意見をもらったので，早速服装と箱尺の項目を更新した．

今シーズン初の現地調査[diary]

今シーズン初の現地調査に行ってきた．いつもそうだが，シーズンはじめは忘れ物をしたり，植物の名前が出てきなかったりする(そもそも覚えてないものが多いが)．それでも，現場に出るといろいろな発見があり，共同研究者と一緒に議論をしていると新しい考え方が出てくるので楽しい．

Journal of Biogeography 36 10[article]

Multiple colonizations of a remote oceanic archipelago by one species: how common is long-distance dispersal?

 Acta Oecologica 35 5[article]

Urbanisation effects on the functional diversity of avian agricultural communities

Mortality of exotic and native seeds in invaded and uninvaded habitats

Can salvage logging affect seed dispersal by birds into burned forests?

 Agriculture, Ecosystems & Environment 134 3-4[article]

Long-term impacts of extensive grazing and abandonment on the species composition, richness, diversity and productivity of agricultural grassland

Land use change patterns in the Rio de la Plata grasslands: The influence of phytogeographic and political boundaries

単純作業[diary]

調査資料の入力や論文を書式にあわせたりすることは，ほぼ単純作業である．もちろん頭を使って考えることで，少しでも効率よく作業をすることはできるし，間違いを減らす方法も考える必要はある．それでも，論文の中身を考えることとはまったく異なる作業である．頭を使う元気が無いときなどにはそういう作業をして，論文が早く出来上がるようにしておく．そうすると，次に元気が出てやる気になってきたときには，すぐに考える作業に入ることができる．いざやろうとしたときに，こういう単純な作業が残っていると，せっかく出てきたやる気が失せてしまう．

ポスター[2009intecol]

intecol10でのポスターをネット上に置いていたが，リンクをするのを忘れていた．

GoogleScholarのPDFファイル[diary]

GoogleScholarが進化しているのか，大学のサーバーを経由しなくてもPDFファイルを直接ダウンロードできる論文が多くなったように思う．そのため収集したものの，ざっと眺めただけで読み込めていない論文がたまっていく．

Biodiversity and Conservation 18 11[article]

Area mediated shifts in bird community composition: a study on a fragmented Mediterranean grassland

査読先[論文][review]

むしのみちの査読という仕事との落ちが面白い．狭い分野だと比較的よくあることだろうか？この頁の研究の道には興味深い話がたくさんある．
査読引き受け基準(What Review Request Can Be Accepted?)を決めている人がいるようだ．幸い今のところ自分が査読した原稿は少ない．どちらかと言えば，初めての査読を引き受けたときのことを書いている人に近い．

棒グラフの凡例[r]

久々にRで作図している．2ヶ月ぶりぐらいだろうか．少しの間使わないとどんどんと関数やその引数を忘れてしまっている．英語論文の修正は今回のもので最後にしたい．そのつもりで修正をしているが，どうなるだろうか．
グラフィックス参考実例集：凡例を見ていて分かったのだが，pchの21から25までは0,1,2,5,6と同じだが，凡例のときに塗りつぶしができるようだ．今回はこれを使って，棒グラフの塗りつぶしの凡例を作った．

# 凡例のシンボルを表示
library(Hmisc)
show.pch()
# 21から25までは0,1,2,5,6と同じだが，凡例のときに塗りつぶしができる
plot(c(0:6,21:25), pch=c(0:6,21:25), cex=2)
legend("topleft", legend=c(0:6,21:25), pch=c(0:6,21:25), cex=2, pt.bg="blue")

いんてこるの発表[diary]

いんてこるでの発表を自己紹介に追加し，ポスターの縮小版をリンクした．

しおり[tips]

本にしおりを挟むように，テキストファイルにも任意の文字列(例えば「now editing」とか本文では使わないような文字列が良い)を書いておいてそれを検索することで，しおりとして使える．プログラミング言語ではコメントにそれを記述しておけば，実行するときにも邪魔にはならない．しかも，しおりの文字列を検索する1行マクロを作っておき，ショートカットを登録しておけば，しおりのところにすぐに移動することができる．