松村俊和のページ：日記 / 2007-07

Journal of Applied Ecology 44 4[article]

Optimizing dispersal and corridor models using landscape genetics

Plant diversity and land use under organic and conventional agriculture: a whole-farm approach

雑草取り[diary]

地元の一斉清掃があって，家の周りを掃除しようとしたが，大家さんが月1回ぐらい掃除をしてくれているので，ほとんどゴミがない．仕方が無いので，自分の家の小さな庭に生えた雑草取りをした．生えていたのは，ノゲシ・カゼクサ・コニシキソウ・チチコグサモドキ・メリケンガヤツリ・コセンダングサ・メヒシバ・スズメノカタビラ・スベリヒユなど．ノゲシは茎が柔らかいため，根元で千切れてしまう．メヒシバは節からも根っこを下ろすので，なかなかやっかい．うまく引っこ抜くのが難しい．ただ，どちらも多年草ではないので，種子生産をさせなければ，根っこが残っても大丈夫か．

ホタルブクロ・カラスビシャク・アカメガシワ・コマツナギ[photo][plant]

しばらく前に撮影した写真．ホタルブクロは地域によって白色が多いところと，紫色が多いところがあるよう．色の違いで繁殖の成功率が違うのだろうか？他の植物でも同じようなものがあるが，どうだろうか？
ホタルブクロ

カラスビシャク

アカメガシワ

コマツナギ

SYNONYM.COM[english]

SYNONYM.COMでは英単語の辞書だけでなく，類義語・対義語を検索することができる．Thesaurus.comも似ているが対義語は出てこない．

他のファイルを読み込む[tex]

文章が長くなったり，図や表など別ファイルの方がいい場合は，本文を分割あるいは別ファイルとして管理するのが良い．本文中に「include{...}」とすると，他のファイルを読み込むことができる．
参考：TeXテンプレート - [物理のかぎしっぽ]
参考：TeX/LaTeX入門 - Wikibooks

複数の項目をまたぐ[tex]

複数の項目をまたいで表示する場合の設定．「\multicolumn」を使う．下の例では分かりやすくするために，縦線を引いている．不要な場合は「|」を削除する．
参考：表の作成

\begin{tabular}{|c|c|c|}
\hline
\multicolumn{3}{|c|}{1と2と3}\\
\hline
1 & 2 & 3 \\
\hline
\multicolumn{2}{|c|}{1と2} & 3 \\
\hline
1 & \multicolumn{2}{|c|}2と3 \\
\hline
\end{tabular}

回帰分析の結果を要約する関数[r][stat]

回帰分析の結果をsummary以上に要約する関数．

abs.lm <- function(x){
if(!class(x)=="lm" & !class(x)=="summary.lm") { # lmかsummary.lmかの確認
    paste(x, "はlmでもsummary.lmでもありません", sep="")
  } else {
if(class(x)=="lm") x <- summary(x) # lmをsummary.lmに変換
    coef <- x$coefficients[,c(1,4)] # 推定値と有意水準
    coef[,2] <- as.character(cut(coef[,2], breaks=c(0,0.001,0.01,0.05,1), # 有意水準を記号に変換
      labels=c("***","**","*","n.s."),right=F))
    coefficients <- data.frame(0) # 結果の入れ物を用意
    for(i in 1:nrow(coef)){ # 行ごとに
      coefficients <- cbind(coefficients, # 推定値と有意水準を結合
        as.data.frame(paste(coef[i,1], coef[i,2], sep=" ")))
    }
    coefficients <- coefficients[-1] # 始めのデータを削除
    colnames(coefficients) <- rownames(coef) # 列名を設定
    coefficients <- cbind(coefficients, # 決定係数・データ数を追加
      data.frame(r.squared=x$r.squared, adj.r.squared=x$adj.r.squared, n=length(x$residuals)))
    coefficients
  }
}

# 使用例
data(cars)
lm(cars$dist ~ cars$speed)
summary(lm(cars$dist ~ cars$speed))
abs.lm(lm(cars$dist ~ cars$speed))

論文の書き方[論文]

ネットで検索したら，冠詞や用語の使い方の細かな注意・論文全体の構成・分かりやすい文章の書き方など多岐にわたるページが出てきた．
英語で論文を書こうとする人へ
論文の書き方
英語論文執筆メモ
レポート・卒論の書き方初級編
論文の書き方中級編
英語論文執筆、学術論文におけるフォーマルな語法::ENAGO::学術論文における、正しい語法について

Ecology Letters 10 8[article]

Does species diversity limit productivity in natural grassland communities?

Incorporating dispersal distance into the disperser effectiveness framework: frugivorous birds provide complementary dispersal to plants in a patchy environment

The underestimated importance of belowground carbon input for forest soil animal food webs

A latitudinal gradient in large-scale beta diversity for vascular plants in North America

The relationship between dispersal ability and geographic range size

Writing Scientific Papers in English[book][論文][english]

英語の論文を書くための英語で書かれた本．書かれたのが古いので，今では当てはまらないこがあるものの，基本的なことは変らないので，論文を書く順序とか参考になる部分は大きいと思う．
Writing Scientific Papers in English(ハードカバー)
Writing Scientific Papers in English(ペーパーバック)

研究計画[論文]

これまで調査をしてきて，まだ論文としてまとめていないデータが結構ある．調査資料をどうまとめるかを考えてみると，調査の足りない部分が見えてくる．今さらながら，基本に立ち返って、研究計画として文書にすると
頭の整理がついて，論文としてまとめるための足がかりになりそう．足りない部分はこれからでも追加して調査するか，他人の論文を引用するかこれから考える予定．

雨宿りのツバメ[diary][photo]

台風の強風と雨を避けるため，家の物干し竿にツバメが雨宿りをしにきた．

The Complete Plain Words[論文][book][english]

Writing Scientific Papers in Englishに載っていた参考文献に，「The Complete Plain Words」というのがあった．これはちょっと見てみたいと思って，googleで検索したら，The Complete Plain Wordsというのがでてきた．これは，全文をウェブ上で見れるようにしているのだろうか？それとも，全く別物だろうか？

Oikos 116 8[article]

The relative role of dispersal and local interactions for alpine plant community diversity under simulated climate warming

Contrasting effects of diversity on the temporal stability of plant populations

Dendrograms and measuring functional diversity

論文掲載[diary][hp]

受理されていた論文が掲載された雑誌が届いた．自己紹介に追加．さらに文献情報へのリンクを追加した．Rを使って解析しているので，Rを使った学術論文(RjpWiki)に追加した．

消しゴム付シャープペンシル[tool]

お気に入りの消しゴム付シャープペンシルにPAPERMATEのCLEAR POINTというのがある．これまでは，芯の太さ0.5mmのを使っていたが，0.7mmのがあるのを知って，早速購入した．使い心地が良く，気に入っている．

推移行列[論文][book]

個体群生態学で推移行列(レズリー行列とも言われる)を使った解析というのがある．これについて書かれた本をまとめることがあったので，せっかくなんで覚え書きにしておこう．

動物生態学のp78-92
動物の個体群生態の話だが，基本的なことがきっちり書かれているので，一読すべき．

数理生物学のp68-78とp92-95
植物の解析がp76あたりに書かれている．

個体群生態学入門のp50-92
p71あたりとp73に植物の解析がある．基本的な行列の演算も解説あり．

Journal of Ecology[article]

Network properties of an epiphyte metacommunity

Beamer Class[tex]

口頭発表用の説明資料を今までは，パワーポイントを使っていた．今回からTeXのBeamer Classを使うことにした．
インストール方法は簡単．

- latex-beamer-3.06.tar.gz, xcolor-2.00.tar.gz, pgf-1.01.tar.gzの3つをダウンロードして解凍

それぞれ/tex/share/texmf/tex/latex/latex-beamer, /tex/share/texmf/tex/latex/pgf, /tex/share/texmf/tex/latex/に移動

extsizes.zipをダウンロードして解凍

/tex/share/texmf/tex/latex/base/に移動

/tex/bin/mktexlsr.exeを実行

参考にしたページ

A Quick & Dirty Guide to LaTeX

Beamer Classのマニュアル

Beamer V3.0 を使ってみる

Beamerのススメ

LaTeX Beamer Themes
はじめはprosperを使おうと思っていたが，なかなかうまく動かなかった．

Conservation Biology 21 4[article]

Long-Distance Dispersal of Plants by Vehicles as a Driver of Plant Invasions

Effects of Earthworm Invasion on Plant Species Richness in Northern Hardwood Forests

Diversity and Distributions[article]

Correlates of extinction proneness in tropical angiosperms

Ecology Letters 10 9[article]

Tree diversity reduces herbivory by forest insects