松村俊和のページ：日記 / 2008-08

知らない専門用語[diary]

いつも読んでいるのと違う分野の論文を読むと，簡単な専門用語ですら意味を知らないことに気づく．例えば，nectarというのが花蜜だとは知らなかった．途中で文章を読んでいて推測はつくものの，ちゃんと辞書で調べなければ核心をもてなかった．ほかにもいろいろ．

植生学会第14回大会[備忘録]

植生学会の大会への締め切りは8月22日のようだ．すっかり忘れていた．要旨の提出は9月1日まで．今年は発表をどうしようか．

空白の挿入[tex]

ワードだとエンターを連打する場面で，TeXだと\vspace{12pt}とか\vspace{30mm}というようにする．
参考：2.2 空白の挿入と長さの単位

Plant Ecology 198 1[article]

Roles of cottony hairs in directed seed dispersal in riparian willows

Composition of soil seed banks in southern California coastal sage scrub and adjacent exotic grassland

Effects of population size on genetic diversity, fitness and pollinator community composition in fragmented populations of Anthericum liliago L.

The role of geologic grazing refuges in structuring Mediterranean grassland plant communities

修正作業と返事のお手紙[進行状況][tex]

[2008-07-31]に帰ってきた論文の修正作業．[2008-07-15]や[2008-07-14]に書いたとおり，今回からTeXの相互参照を使って，修正とその返事のお手紙を書いている．作業が終わってから，修正箇所の頁数と行数を確認するという不毛な作業のための作業は必要なくなるはず(念のために確認はするけど)．

地図と写真[google][map]

ついにGoogleMapがストリートビューを開始した．Panoramio([2008-05-27]参照)もいいけど，ストリートビューも面白い．
そういえば，公開していない日記の2006年01月23日に次のようなことを書いていた．

夢で見たこんなものがあったらいいなというもの
GoogleMapsで世界地図の中に，写真や動画カシミール3D＋デジカメプラグインのように埋め込まれている地図サービス．いろいろな人が写真や動画を追加・閲覧できるようにする．

あとは，撮影した時期別で写真が表示されれば，もっと面白い．季節変化とか経年変化とかが分かるから．

マクロ[hidemaru]

最近導入したマクロ．

田楽(でんがく)ＤＬＬ Ver.2.50
これはマクロではないものの，各種マクロを動かす時に必要になる．また，ある方がマクロの操作性が向上する．

andGrep - 絞り込み／否定検索機能付きGREPマクロ Ver.1.01

ColorfulDiff v1.0β3　◆ファイルの差分を色分け表示

変換リストによる連続置換

エディタを使う理由[hidemaru]

秀丸エディタに限らずとも，ワープロソフトと比べてエディタの優れている点が多い．ワープロでもマクロは使えるし，必ずしもエディタだけの特権ではない．それでも，やはり単に文章を入力するにはエディタが優れているので基本的にはエディタを使う．もちろん，エディタにできなくて，ワープロにしかできないことはたくさんある．

通常の動作が速い
起動が速い
固まることはほとんど無い
インストールが速い
保存ファイルが小さい
正規表現が使える
マクロが使える
既存のマクロが豊富
表示の設定変更が容易
強調表示ができる
対応する括弧がわかりやすい
対応する括弧に移動できる

GPS機能付きデジカメ[map][diary]

ニコンがGPS機能付きのデジカメ(COOLPIX P6000)を発売するらしい．撮影位置のGeotagを写真ファイルに付与するとのことらしい．Geotagを少し調べたが，必ずしもExif情報ではないようだ．

英語論文の再投稿[進行状況]

[2008-06-11]に修正指示をもらった論文をようやく修正して，再投稿した．1ヶ月ぐらいで返すつもりだったのに([2008-06-25])，2ヶ月もかかってしまった．まあ，その間に別の論文の2回の修正指示([2008-06-25]と[2008-07-31])による修正を平行作業でやってenいるので，仕方ないか．この論文はほぼ予定通りに作業が終わりそう．後もう少しだ．

RでのPDF出力時のフォント[r][pdf]

Rではpdf()という関数でPDFファイルに散布図などの画像を出力する．R2.4.1では，通常のインストールをすると，日本語が文字化けしてしまう．PDFファイルに出力する時にも文字化けする．文字化けを解消するためにいくつかのファイルをRをインストールしたフォルダにあるetcというフォルダにコピーする(参考)．そのファイルのうちの1つであるRprofile.siteはPDFファイル出力時のフォントをJapan1に設定している．しかし，このままだと，日本語フォントが入っていないAdobeReader(例えば英語版)で読んだ時には，フォントをインストールしなければ，内容を見れないようだ．それを対処するには，最後の2行を#で注釈化して，無効にするとよい．PDFで日本語を使うときは，pdf()のオプションで以下を追加する(pdf("d:/test.pdf", family="Japan1")というぐあい)．
上記内容を昨日([2008-08-10])英語の論文を投稿した直後に知った．あわてて，編集事務局と担当編集者にファイルの再修正をしたいとの連絡を送った．間に合えばいいのだが．

Rprofile.siteの内容

# Things you might want to change
options(papersize="a4")
# options(editor="notepad")
# options(pager="internal")
# to prefer Compiled HTML help
# options(chmhelp=TRUE)
# to prefer HTML help
# options(htmlhelp=TRUE)
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
        function(...) grDevices::ps.options(family="Japan1"))

最後の2行を下のようにする．

# setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
# function(...) grDevices::ps.options(family="Japan1"))

2008-08-10

雲と日暮れ[diary]

ここのところ，雲が秋めいてきた．日暮れも少し早くなってきた．でも，夜はまだ暑い．

とりあえず間に合った？[diary]

[2008-08-12]に書いたやり取りの続き．担当編集者から連絡があって，まだ査読にはまわっていないとのことだったので，担当編集者宛と編集事務局宛に図を送るように指示をもらった．とりあえず，その指示にしたがった．ただしウェブ上での修正はまだできていない．ウェブページ上で査読者などに原稿が回ることを考えると，その準備が整わない限りは査読には回りそうにない．

Agriculture, Ecosystems & Environment 128 3[article]

Effects of grassland management on plant functional trait composition

Biological Conservation 141 8[article]

Consequences of disturbance on epiphytic lichens in boreal and near boreal forests

口頭発表[diary]

[2008-08-02]に書いていた植生学会への申し込みをした．今回は発表を見送ろうかと思っていたが，まだ大会で発表していないネタで，既にまとまったものがあるので，発表することにした．今日現在で参加申し込みは39番目，講演申し込みは19番目だった．

添付ファイル[diary]

10年以上前，大学で電子メールを使い始めたときには，添付ファイルはあまり送らないようにと言われた．送る時は事前に相手にどれぐらいの容量だったらよいかの確認を取ってから，送るのが通例だった．回線の細さやメールの保存容量の問題があったからだ．そもそも，ファイルを添付できるとは知らなかったかも．他にもいろいろと注意点を言われたような気がする．
それが最近では，送信済みの電子メールを見てみると添付ファイルがやたらと多い．特にここのところは，必要があって添付ファイルが多いのは間違いない．ただ，それを考慮しても電子メールが自分にとって重要な通信手段になったものだ．

わけがわからん文章[diary]

わけがわからない文章であっても、何度も読んでいると完全ではなくても、だんだんと何を言おうとしているかわかるようになってくることがある。特に数式がたくさんあるような場合は、数式の中身を細かく追いかけていくと、なんとなくわかってくる。プログラムでも同じようなことが多々ある。

プログラミング[diary]

だいぶ前に作ったRの関数を作り直している．プログラミングをやり始めると，どうも凝ってしまう．

GPS受信機[map][photo]

eTrexで衛星の電波をとっていたら，たまたま全部の衛星の情報を補足した．ちなみに，省エネモードでは全ての衛星の情報を捕まえることはできない(参考：[2007-10-15])．

花の咲く時期[plant]

クサギ・タラノキ・ヌルデなど先駆的な植物の花が今頃咲いている．アカメガシワはしばらく前だった．花の咲く時期と生態学的な位置付けってあるのだろうか？

ケリ[photo]

職場への行き帰りの途中に調整水田があって，そこにケリが集まっている．

プロトコーム[photo][plant]

クモランのすぐ近くに，プロトコームを見つけた(写真の中央やや右上)．近くにはカヤランも生育している．さて，どちらのプロトコームだろうか？

再々々投稿[進行状況]

[2008-07-31]に帰ってきた論文の修正作業が終わったので，再度投稿した．植生学会での発表に向けて，要旨や発表資料の作成などの準備をしていたので，予定より少し遅くなってしまった(参考：[2008-08-04])．

Plant Ecology 198 2[article]

The scale-dependent importance of habitat factors and dispersal limitation in structuring Great Lakes shoreline plant communities

Water dispersal as an additional pathway to invasions by the primarily wind-dispersed tree Ailanthus altissima

Effect of plant species richness on invasibility of experimental plant communities

The relationship between bark peeling rate and the distribution and mortality of two epiphyte species

キーボード対マウス[diary]

マウスでの操作よりも，キーボードでの操作が好きだ．これは前から思っていたことだ．しかし，この理由をうまく説明できなかった．ここのところ，この理由について何となく思ったのは，マウスでの作業はアナログ，キーボードでの作業はデジタルだからである．
つまり，キーボードは押し間違えさえなければ，画面を見なくとも正しい結果を得ることができる(はず)．しかし，マウスでは画面を見ずに思ったとおりにポインタを動かして操作するというのはほぼ無理である．もちろん，それぞれ長所短所がある．入門レベルの人にとっては，マウスは非常に使いやすいことは言うまでもない．キーボードの配置を覚えなくてもいいし，ショートカットキーを覚えなくても操作はできる．マウスだけでしか操作できない，あるいはキーボードだけでしか操作できない，あるいはどちらかだけの操作に重点が置かれすぎているというソフトが問題なのだろう．
キーボードの操作とマウスでの操作とを比較すると，初心者と上級者とでの差はキーボードの方が大きいだろう．それ故ある程度，キーボード操作に慣れると，キーボード派が増えてくると思う．
とはいえ，いわゆるタッチタイプを習得してなくて全ての指を使わない人であっても，キーボードで非常に早く入力できる人は世間にたくさん居られる(自分自身も中途半端なタッチタイプだ)．それを考えると，マウスの達人で，画面を見ずとも思ったところにぴったりとポインタを持っていける人がいても不思議ではない．

ようやく査読へ[進行状況]

英語の論文を再投稿して，その後に間抜けな間違いに気づき，編集者や編集事務局に連絡を取っていた([2008-08-10][2008-08-12][2008-08-14])．編集者からメールが来て，査読者に原稿を送ったとの連絡があった．編集事務局が不在なので，今のところ，ウェブ上での査読は出来ないものの，査読者に原稿をメールで送って回したとのこと．ウェブ上での手続きができるようになったら，通常の手順にもどしてくれるらしい．
ところで，その中のメールで編集者は9月の上旬の10日間ほど，野外に出かけるので連絡が取れなくなると書いてあった．うらやましい．

Agriculture, Ecosystems & Environment 128 4[article]

The role of plant leaf attributes in linking land use to ecosystem function in temperate grassy vegetation

歯医者[diary]

しばらく前に右の上の歯の2箇所が欠けて気になっていたので，歯医者に行った．1箇所はただ単に欠けただけらしく，もう1箇所は虫歯とのこと．欠けただけのところは，とりあえずプラスチックで詰め物をした．詰め物が取れてしまうようだったら，金属で詰め直すらしい．もう1箇所の虫歯の治療は次回．こちらはプラスチックか金属のどちらで治療するかは未定．
治療中に分かったことがある．どうも，自分は必要以上に力を入れて噛む傾向があるようだ．それで，歯が欠けやすいのかも知れないと言われた．

イネの穂[photo][plant]

イネは見る見るうちに成長する．8月中旬に花が咲いていたのが(下の写真)，今では既に穂が垂れてきて，早いものだと色づいてきている．

調査の下見[diary]

今年初めての調査に行ってきた．ただし，本調査ではなく，予備調査．
去年から調査時には帽子ではなく，笠を使うようにしている．麦藁帽子は帽子の中でも暑さを最も防げるのではあるのではあるものの，笠はそれよりも遥かに優れている．ここ2週間ほど涼しい日が続いていただけに，笠を使っていても，今日の暑さはこたえた．

Ecological Research 23 5[article]

Plant cover estimation based on the beta distribution in grassland vegetation
DOI: 10.1007/s11284-007-0443-3