松村俊和のページ：日記 / 2006-06

クラスター分析結果で地点分割する関数[r][stat]

R のライブラリ cluster でクラスター分析をできる。ただ、その結果をわかりやすい形で取得できないので関数を作成した。同じような関数があるかもしれないと思っていたら、cutree() という関数があった。ほぼ同じ働きのようだ。

cut.cluster <- function(agnes, div=2, c.name=paste("cluster",as.character(1:div),sep="")){
  # 入力データ
    # agnes：library(cluster) の関数 agness() で解析した結果
    # div：分割数
    # c.name：クラスターの名称
  if(div!=length(c.name)) return("分割数とクラスターの名称数が異なります") # エラーチェック
  c.point <- agnes$height # 結合点
  stand <- agnes$order # 地点名
    # 1つに分割の場合：全部同ラスター
  if(div==1) return(data.frame(stand=stand, cluster=rep(c.name[1], length(c.point)+1)))
    # 要素数以上に分割：全部違うクラスター
  if(div>=length(c.point)) return(data.frame(stand=stand, cluster=paste("cluster",as.character(1:(length(c.point)+1)),sep="")))
  thres <- sort(c.point, decreasing=T)[div] # 閾値を設定
  j <- 1
  cluster <- c.name[j]
  for(i in 1:length(c.point)){
    if(c.point[i]>thres) j <- j+1 # 次のクラスター
    cluster <- c(cluster, c.name[j])
  }
  data.frame(stand=stand, cluster=cluster)
}

使用例
install.packages(c("cluster", "vegan")) # パッケージのインストール
library(vegan)
library(cluster)
data(dune)
cluster <- agnes(dune)
div.cluster(cluster)

これはなんでしょうか？[photo][diary]

さてこれは何でしょう？答えは3つ目の写真です。

サルナシの花。上に咲いているので、逆光でうまくとれない。

一番上のはジャケツイバラのつぼみでした。

Journal of Ecology 94 4[article]

Evidence for a positive influence of fungivorous soil invertebrates on the seed bank persistence of grassland species

抄録
草原生種の埋土種子の永続性に対する菌食の土壌動物の正の影響の証拠
菌食の無脊椎動物は、菌の腐食による種子の死亡が減少することで、植物個体群と植物群落の集合の動態に対して影響を与えていることがわかった。

- Seed predation, not seed dispersal, explains the landscape-level abundance of an early-successional plant

抄録
種子散布でなく種子の捕食が景観レベルでの遷移初期における植物量を説明する
散布と微笑生息空間が制限されていないとき、局地的な種子の捕食者が大規模な景観レベルでの植物量のパターンにとって重要である可能性がある。

R Graphics[book][r][stat]

R Graphics
著者のページには R の命令と図がある。
<http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RGraphics/rgraphics.html>

記録の書き方[diary][changelog]

結城浩さんの日記「作業ログを書くために大切な、たった一つのこと」
<http://www.hyuki.com/d/200605.html#i20060531075544>
「自分の頭の中に情報を残さない」のが重要だということらしい。記録は、今の自分のためではなくて、未来の自分のために書くということ。
参照：情報の一元化と活用(HTML版)とpdf版

先がペンになっているコマ[diary]

「うっとり会議」というブログにあった面白いコマ
<http://mafmaf.tea-nifty.com/maflog/2006/04/post_0cb9.html>
コマの螺旋状の軌跡が残る。

虫が多い[diary]

職場から自転車で家に帰るときに、田んぼの間を通る。帰宅途中に虫がたくさん飛んでいて、目・鼻に入ってくる。去年も同じころに同じようなことを書いた気がする。

論文の書き方[論文]

「東大で学んだ卒論の書き方★論文の書き方」
<http://staff.aist.go.jp/toru-nakata/sotsuron.html>
まだ全部は目を通していないが、なかなかまとまっていそうな感じ。

たまたま[diary]

昨日ここに書いた「東大で学んだ卒論の書き方★論文の書き方」というページがY日記でも昨日紹介されていた。

Oikos 113 3[article]

Why are small seeds dispersed through animal guts: large numbers or seed size per se?

抄録

放牧されている植生の単位面積あたりの種子生産量の比率に応じて、種子は牛に食べられ内蔵を通過

生産量・形(丸み)・皮の厚みなどと被食散布の可能性とは無関係

一般的には「特に無し」という散布型ものに分類されている種にとって、放牧地の動物は重要な役割を果たしている

Journal of Biogeography 33 7[article]

Patterns of species richness on very small islands: the plants of the Aegean archipelago
Floristic patterns and plant traits of Mediterranean communities in fragmented habitats
Post-fire recovery of Mediterranean ground ant communities follows vegetation and dryness gradients
Anagenetic evolution in island plants
Areas of endemism and distribution patterns for Neotropical Piper species (Piperaceae)

トラバース測量結果をxy座標へ変換[r]

方位角・高低角・距離を測定したトラバース測量の結果をxy座標に変換する関数。

trav2xy <- function(df, close=T){ # 方位角・高低角・斜距離のデータフレーム close:閉合するか
    dir <- df[[1]] # 方位角
    angl <- df[[2]] # 高低角
    dist <- df[[3]] # 斜距離
    evn.dist <- round(cos(angl*pi/180)*dist,2) # 水平距離
    x.mov <- round(sin(dir*pi/180)*evn.dist,2) # x移動距離
    y.mov <- round(cos(dir*pi/180)*evn.dist,2) # y移動距離
    x <- cumsum(x.mov) # x座標
    y <- cumsum(y.mov) # y座標
    if(close==F) return(data.frame(x=c(0,x), y=c(0,y)))
    # err <- sum(x[length(x)]^2, y[length(y)]^2)^0.5 # 誤差
    x.mod <- round(x-cumsum(evn.dist)*sum(x.mov)/sum(evn.dist),2) # 修正x
    y.mod <- round(y-cumsum(evn.dist)*sum(y.mov)/sum(evn.dist),2) # 修正y
    data.frame(x=c(0,x.mod), y=c(0,y.mod))
}

使用例

df <- data.frame(dir=c(90,180,270,0), angl=c(10,-10,0,0), dist=c(10,15,15,10))
trav2xy(df, F) # 閉合しない
plot(trav2xy(df, F), type="b", xlim=c(-7,13), ylim=c(-15,5))
trav2xy(df, T) # 閉合する
points(trav2xy(df, T), type="b", col=2)

はまぐりの数学[diary]

「はまぐりの数学」
<http://www.rd.mmtr.or.jp/~bunryu/>
パズル＆アイテムのページにあるツーサークルローラーやラトルバックが不思議。その他、読み物がたくさんある。
このページからたどった幾何学おもちゃには不思議なものがたくさん。

Ecography 29 3[article][dfss]

Spatio-temporal scales of dispersal limitation in the recolonization of a semi-arid mediterranean old-field

抄録
題目：地中海での半乾燥草原での再定着における時空間的規模での散布制限

供給個体群から距離の異なるところでの S. spinosum (低木)の年齢解析

開始(約55年前)からの空中写真から得た情報に基づく再定着植生被度の変化の解析

供給個体群に近い低木は年齢構成分布が類似し、供給個体群から遠い低木とは有意に相違

供給個体群からの距離が増えると中くらいの年齢の低木、密度と15年以上の成木の相対頻度が減少

上記の年齢構成の変化は数十メートルの距離を超えるような減少

5年未満の低木はほとんどなく、再定着率の決定には定着制限も重要であることを示唆

空中写真の解析は、距離効果と定着制限の両方を示し、年齢解析の結果を支持

散布制限は、小規模でも、植生パターンにとって長期にわたる影響あり

散布制限は再定着過程を決定する定着制限と相互作用あり

Functional Ecology 20 3[article]

Litter species composition influences the performance of seedlings of grassland herbs
Plant species traits and capacity for resource reduction predict yield and abundance under competition in nitrogen-limited grassland

共通点と相違点[論文]

国立環境研究所の竹中さんの2006-06-12の様子が面白い。ものごとには共通点と相違点とがある。どちらに目を向けるかによって、見え方が変わってくる。論文を書くときも同じだと思う。

二足歩行玩具[diary]

「HITACHI : 機械研究所 : 日立のロボット開発の歴史」
<http://www.hqrd.hitachi.co.jp/merl/toys.cfm#7>
単純な形だが、二足歩行で斜面を歩いて降りるのがかわいらしくて面白い。

Ecology Letters 9 7[article]

Do biotic interactions shape both sides of the humped-back model of species richness in plant communities?

Herbivore impact on grassland plant diversity depends on habitat productivity and herbivore size

Taxa-area relationships for microbes: the unsampled and the unseen

Distributions of exotic plants in eastern Asia and North America

Interactions between resource availability and enemy release in plant invasion

水田の風景[diary]

イネが植わった田んぼの水面に山や空が映っている景色が好きだ。ちょうど今の時期ぐらいの水田は、見る角度によって水面が見えたり見えなかったりして、それがなんとなくいい。田植え直後だとどの角度でも水面が見えるが、いつでも見えるというのはお得感がない。イネが生長してくると水面が見えなくなる。

電子顕微鏡の画像[diary]

阿達直樹さんのページにある走査型電子顕微鏡画像資料集に昆虫や植物の画像が多くある。普段見ているものでも、だいぶ違って見えてくる。

Oikos 114 1[article]

A multivariate model of plant species richness in forested systems: old-growth montane forests with a long history of fire

Accumulation of local pathogens: a new hypothesis to explain exotic plant invasions

植生解析関係のRパッケージ[r][hp]

Rのページに植生解析と関係の深いRのパッケージへのリンクを追加。

VEGAN(DCA/CCAなど)：説明書(PDF)と機能説明の教科書(説明書よりも具体的な使用方法が書かれている)

LabDSV(Indicator Species Analysisなど)：説明書(PDF)

Acta Oecologica 29 3[article]

Species richness of vascular plants, bryophytes, and lichens along an altitudinal gradient in western Norway

Depth distribution and composition of seed banks under different tree layers in a managed temperate forest ecosystem

マタタビ・ドクダミ・ネジキ・ウツギ・ササユリ・クリ[photo][diary]

マタタビ
ドクダミ
ネジキ
ウツギ
ササユリ
クリ

Biological Conservation 131 4[article]

Ecological characteristics of small farmland ponds: Associations with land use practices at multiple spatial scales

Biodiversity and Conservation 15 7[article]

Plant Species Diversity in the Southern Part of the Tai National Park (Cote d'Ivoire)

Floristic and Structure of the Herbaceous Vegetation of Four Recovering Forest Stands in the Eastern Ghats of India

Oikos 114 1[article]

Species abundance models and patterns in dragonfly communities: effects of fish predators

A multivariate model of plant species richness in forested systems: old-growth montane forests with a long history of fire

生態士・植生士[diary]

日本生態学会の会長からのメッセージのその３に書かれている「生態士」のようなものは必要だと思う。「植生士」についても同じだ。前に学会でそのような話をしていた。

Googleで「論文」を検索[diary]

Googleで「論文」を検索すると＠卒業論文−卒論・レポートの書き方ポータルというのが出てくる。分析・考察のテクニックというのは参考になりそう。

Journal of Applied Ecology 43 4[article]

Does pond quality limit frogs Rana arvalis and Rana temporaria in agricultural landscapes? A field experiment

Plant Ecology 185 1[article]

Community structure and diversity of bryophytes and vascular plants in abandoned fen meadows

Riverscape-level patterns of riparian plant diversity along a successional gradient, Willamette river, Oregon

Efficiency of endozoochorous seed dispersal in six dry-fruited species (Cistaceae): from seed ingestion to early seedling establishment

Journal of Vegetation Science 17 3[article]

Effects of sampling time, species richness and observer on the exhaustiveness of plant censuses

Ecological Modelling 196 3-4[article]

The estimation of dispersal rates using the covariance of local populations

Agriculture, Ecosystems & Environment 116 3-4[article]

Characterizing fragmentation in temperate South America grasslands

Plant and small mammal diversity in orchard versus non-crop habitats

Post-dispersal weed seed predation by invertebrates in conventional and low-external-input crop rotation systems

論理学の本[book]

今までに読んだ論理学関係の本でよかったものたち。
「論理学がわかる事典」は論を進める上でのちょっとしたコツや望ましい推論を続けるコツの例としての例などが書かれています。
論理学がわかる事典
「詭弁論理学」と「逆説論理学」は姉妹本。言葉あそび的な内容と実用的な内容が含まれている。
詭弁論理学
逆説論理学

labdsvの関数一覧[r][stat]

Rのパッケージlabdsv(PDF形式の説明ファイル)に含まれる関数の一覧。日本語にしようと思ったけど、時間がかかりそうなのでとりあえず中途半端なまま。

abuocc # 種順位曲線 Abundance/Occurrence Graphical Analysis
brycesite # Bryce渓谷国立公園の地点データ Site Data for Bryce Canyon National Park
bryceveg # Bryce渓谷国立公園の植生データ Bryce Canyon Vegetation Data
const # Constancy Table
dga # 直接傾度分析 Direct Gradient Analysis
disana # 非類似度分析 Dissimilarity Analysis
dsvdis # 非類似度と距離 Dissimilarity Indices and Distance Measures
duarm # Indicator Species Analysis Minimizing Partial Occurrences
duleg # Dufrene-Legendreの指標種分析 Dufrene-Legendre Indicator Species Analysis
envrtest # Environmental Distribution Test
euclidify # Nearest Euclidean Spac eRepresentation of a Dissimilarity Object
importance # Importance Table
indspc # Compositional Indicator Species Analysis
metrify # Nearest Metric Space Representation of a Dissimilarity Object
nmds # Nonmetric Multidimensional Scaling
ordcomp # Ordination to Dissimilarity Comparison
ordpart # Ordination Partitioning
ordtest # Ordination Distribution Test
pca # 主成分分析 PrincipalComponentsAnalysis
pco # PrincipalCoordinatesAnalysis
plot.nmds # Plotting Routines For Nonmetric Multi-dimensional Scaling Ordinations
plot.pca # Plotting Routines For Principal Components Ordinations
plot.pco # Plotting Routines For Principal Coordinates Ordinations
rnddist # Random Distance
rndtaxa # Randomize a Taxa Data Frame
spcdisc # Species Discrimination Analysis
vardist # Variable Pairwise Difference
vegtab # Vegetation Table
vegtrans # Vegetation Data Transformation

ワンタイムパスワード[diary]

ジャパンネット銀行からワンタイムパスワードのトークンが送られてきた。1分ずつパスワードが変わっていくというのは、安心して取引ができそう。でも、ジャパンネット銀行は、振込みに手数料がかかるので、最近はほとんど使っていない。

エクセルのファイルを統合[tool][エクセル]

複数のエクセルファイルを統合できるソフト
<http://www.forest.impress.co.jp/article/2006/06/26/excels.html>

Global Ecology and Biogeography 15 4[article]

What drives elevational patterns of diversity? A test of geometric constraints, climate and species pool effects for pteridophytes on an elevational gradient in Costa Rica

Abundance, species richness and energy availability in the North American avifauna

運転免許証の番号[diary]

１２桁の免許証番号の謎で調べると、免許の取得場所・取得年・再発行回数がわかる。

公衆無線LAN[tool]

無料(有料もあるらしいが大半が無料)で使える公衆無線LANFREESPOT
地図データのダウンロードができる。
GoogleMapsを利用したFREESPOTマップは、表示に時間がかかるところがあるけれども、分かりやすくて便利。

植生学会の申し込み[備忘録]

植生学会の第11回植生学会松本大会が10月7日(土),8日(日),9日(祭日)日程で開催される。2006年8月18日(金)が参加申し込みの締め切りだ。忘れないようにしないと。

ホタルブクロ・ウツボグサ[photo]

白のホタルブクロ：見るのはこの色が多い
紫のホタルブクロ：あまり見ない
ウツボグサ：これを見ると夏だなーと思う。

QRコード[tool][diary]

QRコード作成＆活用のススメを使えば、自分のホームページなどの情報が入ったQRコードを作成できる。今度名刺を作るときにでも入れてみよう。
(追記)
上のURLはうまく行かないようです。ウェブ上で無料で作成可能なところを探したところ、cmanというのがあった。