松村俊和のページ：日記 / 2007-09

gridパッケージ[r]

Rのパッケージgridを使用すると線・長方形・円・多角形などが比較的簡単に作図できる．簡単なお絵かき道具として使えそう．
http://www.okada.jp.org/RWiki/?grid%20%A5%D1%A5%C3%A5%B1%A1%BC%A5%B8%BB%F6%BB%CF

gridパッケージの使用[r]

[2007-09-01]に書いたgridを使用した関数を作った．

# 横向きの円弧矢印
grid.arrows2 <- function(x1=0.1, x2=0.5, y=0.5, hump=10, angle=20, ends="last", type="open", ...){
  x <- seq(from=x1, to=x2, (x2-x1)/100)
  tmp.y <- seq(-(x2-x1)/2, to=(x2-x1)/2, (x2-x1)/100)^2 * hump
  y <- tmp.y + y - if(hump>0) max(tmp.y) else min(tmp.y)
  grid.arrows(x=unit(x, "npc"), y=unit(y, "npc"), ends=ends, type=type, angle=angle, ...)
}
# 縦向きの円弧矢印
grid.arrows3 <- function(x=0.5, y1=0.1, y2=0.5, hump=10, angle=20, ends="last", type="open", ...){
  y <- seq(from=y1, to=y2, (y2-y1)/100)
  tmp.x <- seq(-(y2-y1)/2, to=(y2-y1)/2, (y2-y1)/100)^2 * hump
  x <- tmp.x + x - if(hump>0) max(tmp.x) else min(tmp.x)
  grid.arrows(y=unit(y, "npc"), x=unit(x, "npc"), ends=ends, type=type, angle=angle, ...)
}
# 横向きの丸括弧
grid.lines2 <- function(x1=0.1, x2=0.5, y=0.5, hump=10, ...){
  x <- seq(from=x1, to=x2, (x2-x1)/100)
  tmp.y <- seq(-(x2-x1)/2, to=(x2-x1)/2, (x2-x1)/100)^2 * hump
  y <- tmp.y + y - if(hump>0) max(tmp.y) else min(tmp.y)
  grid.lines(x=unit(x, "npc"), y=unit(y, "npc"), ...)
}
# 縦向きの丸括弧
grid.lines3 <- function(x=0.5, y1=0.1, y2=0.2, hump=10, ...){
  y <- seq(from=y1, to=y2, (y2-y1)/100)
  tmp.x <- seq(-(y2-y1)/2, to=(y2-y1)/2, (y2-y1)/100)^2 * hump
  x <- tmp.x + x - if(hump>0) max(tmp.x) else min(tmp.x)
  grid.lines(y=unit(y, "npc"), x=unit(x, "npc"), ...)
}
# 使用例
library(grid)
grid.arrows2(x1=0.1, x2=0.5, hump=2)
grid.arrows3(x=0.3, y1=0.4, y2=0.2, hump=-1)
grid.lines2(x1=0.7, x2=0.8, y=0.1, hump=1.2)
grid.lines3(x=0.7, y1=0.4, y2=0.8, hump=-0.5)
grid.grill(h=seq(0,1,0.1), v=seq(0,1,0.1)) # 縦横の格子を表示

研究乃ススメ方[論文]

Tojo Lab.の研究乃ススメ方では，文字通り研究を進めるにあたって有益な情報が書かれている．
「マイルストーンを立てる」は日々の計画を立てるのに役立つ．「英語について」と「数式を愛でよ」からは苦手意識を持っていては何も始まらないので，文句を言う時間があったら努力をすべしということを感じた．「急がば読め」の2つの読み方では，本や論文を読むときにどちらの読み方に近いか，あるいはどちらに近い読み方をすべきかを考えて文章を読むことが有効だと感じた．

動機付け[論文][diary]

西田公昭さんのページにあるエッセー"やる気の心理メカニズム"は，人間の行動の動機付けについて書かれている．動機には内的なものと外的なものがあり，内的な動機の大切さが書かれている．確かに，これはいろいろなことに当てはまりそう．
情報源：うどん日記

雲に突き刺さった虹[diary]

車を運転していて，虹が雲に突き刺さっているのを見た．雲に突き刺さったというよりも，正確には雲の下にだけ虹が出ているというのが正しいだろう．ほぼ垂直に虹が出ているので，突き刺さったように見えた．雲の下のところでは，雨が降っていたのだろうか？

副虹[diary]

昨日に続いて，虹を見た．今日の虹は地面から反対の地面までがつながっていて，濃い部分では副虹が見えていた．デジタルカメラを持っていなかったので，撮影できなかったのが残念．

論文の書き方[論文][diary]

ネットで検索すると沢山出てくる．中でも松尾豊さんのページは充実している．論文を書くときの心得として，得点を多くするよりも失点を少なくしようとか，校正の回数をどのくらいにするかはすごく役立ちそう．校正の回数はどのくらいが適正かは人によって違うので，自分なりの特性を心得ておくべきだろう．

論文の書き方：松尾ぐみの論文執筆・松尾ぐみの論文執筆(英語論文)

研究指導の方法・研究の進め方：研究の指導とステップアップ
その他，参考になりそうなページ．

英語論文の添削を教官に受ける前に

垂水浩幸さんの卒業論文・修士論文の書き方

千葉商科大学付属図書館の論文レポート作成参考資料からリンクされているページ

宮崎大学附属図書館のレポート・論文の書き方・論文データベース一覧

ファイルの絶対位置を複写[tool]

コンテキストファイルパスコピーを使うとファイルのフルパス(絶対位置)を複写するのが右クリックで楽にできる．

やる気の心理学[diary]

[2007-09-04]に関連して，やる気の心理学の報酬の効果から始まる一連の文章が面白い．直接信頼できるデータを見ていないので，真偽はともかくとして，報酬や罰の効果やアルバイトの実験のところは興味深い・ページの校正で次のページに進むところの表示方法がページによってまちまちなのが残念．

Perlでプログラム[diary][program]

Perlで文字列操作のプログラムを少ししようとした．Rで実装することもできなくはなさそうだが，文字列操作だけならPerlの方が簡単そう．ただPerlの文法を忘れているので，竹中明夫さんの研究に使うプログラムを Perl で書こうを見て思い出す．本当に竹中さんの文章はわかりやすくて，よくまとまっていると思う．

メサ・ビュート[diary]

メサやビュートという地形がある．香川県の高松市や坂出市あたり(GoogleMapsでこのあたり)に発達している．高速道路を走っていると特に目に付く．香川県の自然科学館の自然の造形美　五色台の山々にその説明がある．目で見たことの説明を読むと，理解が深まる．読んだだけではああそうかと思うだけだ．

PDFファイルを結合[dos][program][tool]

[2007-08-29]の続き．以下の内容をバッチファイル(.bat)として保存しておき，ダブルクリックするとそのフォルダにあるPDFファイルが結合されて，merge.pdfというPDFファイルが作成できる．この場合は，concatPDFが"C:\Program files\ConcatPDF"に保存されている場合．別のフォルダの場合は，"C:\Progra~1\ConcatPDF"のところを適宜変更すること．沢山のPDFファイルがあって，印刷や閲覧するのが面倒な時は，結合してしまえば開く手間が減る．

  dir *.pdf /b > tmp.txt
  C:\Progra~1\ConcatPDF\ConcatPDF.exe /add-outlines /outfile merge.pdf @tmp.txt
  del tmp.txt
  <<

自動起動のマクロ[hidemaru]

自動起動のマクロがあることはそういえばなんとなく知っていたが，使っていなかった．ひょんなことで使えるということを再認識したので使ってみた．バージョン7では自動起動の機会を選べるようだ．
登録方法：[マクロ]-[マクロ登録]-[自動起動]で登録．

経県値[diary]

住んだことがあるとか宿泊したことがあるかなどで計算する経県値．宿泊したことがある県がほとんどだが，未到達のところもある．

投影資料[論文]

植生学会の当日の投影資料の草稿ができた。発表時間は15分。300字/分として、4500字程度の原稿であればほぼOK。これより長ければ、本当に必要なところだけを残して、バッサリと削ってしまう。削って時間が余るようだったら、今度は追加をしていく。はじめから文字数を合わせようとすると難しいが、追加するのは簡単だ。

Journal of Biogeography 34 10[article]

Biogeography of seed-dispersal syndromes, life-forms and seed sizes among woody rain-forest plants in Australia's subtropics

Life-history traits are correlated with geographical distribution patterns of western European forest herb species

Acta Oecologica 32 2[article]

Plant biodiversity patterns on Helan Mountain, China

Seed dispersal and spatial distribution of Attalea geraensis (Arecaceae) in two remnants of Cerrado in Southeastern Brazil

調査[論文][diary]

久々に現地調査をした．暑くてバテた．写真とか資料は調査後できるだけすぐにまとめるのが良い．時間がたつにつれて忘れていってしまうから．調査資料は明日の調査と一緒にする予定．写真は整理済み．GPS受信機と連携して位置情報を写真のExif情報に記録して，AbleCVを使って，Exif情報に覚書きを書き込んだ．こうしておけば，後で検索したり，場所を確認したりできる．

種の同定[論文][diary]

昨日に引き続き，現地調査．現地調査をしないと，ちゃんと種を同定しないのでだめだ．
調査は無理をしない主義．精度が落ちるから．

イボクサ・ワレモコウ・オミナエシ・オガルカヤ・メドハギ・センニンソウ・ヤブマメ・キツネノマゴ[plant][photo]

昨日，一昨日で見た花たち．
イボクサ

ワレモコウ

オミナエシ

オガルカヤ

メドハギ

センニンソウ

ヤブマメ

キツネノマゴ

(写真は無いけど)その他見た花：イボクサ・オミナエシ・ワレモコウ・センニンソウ・キツネノマゴ・マルバヌスビトハギ・メドハギ・ヤブマメ・ヒヨドリバナ・アキノタムラソウ・アキノノゲシ・オトギリソウ・カナビキソウ・キバナノカワラマツバ・クズ・ゲンノショウコ・コマツナギ・ススキ・ツユクサ・ツリガネニンジン・ツルボ・ナキリスゲ・ニガカシュウ・ネコハギ・ノアザミ・ヒメヨツバムグラ・ミゾカクシ・ヤマハッカ・ヨモギ

地形図の歴史[diary][map]

国土地理院の1:50,000と1:25,000地形図の図歴を見るといつどのように測量・修正されたのかがわかる．

調査方法[論文]

この前の週末で現地調査した資料を入力して，ざっと解析をした．30地点ちょっとの調査資料だが，なかなかうまく現場の状況を表して，思い描いていたのに近い結果が得られた．
今回の調査は，今までとは少し違う調査方法で行った．前に同様のことを表現するのに通常の植生調査をしたのだが，細かな点でうまく現実を表現していないように感じた．そのため，それを改善する方法で調査をした．もちろん解析方法も前とは変えた．
結果はうまく出ているので，あとは手薄なところの調査地点を増やそう．全体で80-100地点ぐらいあればいいだろうか．1日15-20地点としてあと3-4日必要だ．

複数の群間の検定[stat][r]

複数の群間の検定の覚書．
いくつかの群に分かれた資料の母平均に差があるかを検定するのには，一元配置の分散分析を使用する．母代表値(中央値?)に差があるかを検定するには，クラスカル-ウォリス検定を使用する．また，多重比較にはシェッフェの方法による対比較を使用する．

oneway.test(data, group) # http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/Average/oneway-ANOVA-r.html
kruskal.test(data, group) # http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/Average/kwtest-r.html
kruskal.wallis(data, group) # http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/kruskal-wallis.html

花粉症[diary]

先週に引き続き，現地調査をした．ヨモギか何かの花粉症が発症したように思う．今の時期に野外調査をしていたらなっても不思議ではない．春も鼻がむずむずすることがある．たぶんあれも花粉症なのだろう．幸いなのは春のも今の時期の花粉症も，鼻のむずむず・鼻水・くしゃみはあるが，無茶苦茶はひどくない(調査はできる程度)．

ツルボ・ツリガネニンジン[plant][photo]

ツルボ

ツリガネニンジン

その他見た花：クワクサ・オミナエシ・クズ・ノコンギク・セイタカアワダチソウ

調査資料の解析[diary]

調査資料はできるだけ早く入力を終わらせ，ざっとした解析をして，次の調査に備える．先週の調査結果と今週の調査結果とをあわせて解析したところ，かなりきれいな結果がでた．気になるのはy軸の16から21あたりの資料がほとんどないこと．ここらの資料がそろえば，調査完了にしよう．ただし，y軸の値は調査を終えてから出てくる数値なので，狙ったとおりには得られない．大体どんな感じのところを調査すればよいという見当はある．うまくそのような対象が見つかるかどうかが問題．さらに，見当が正しいはわからない．まあ，調査地点を増やしていけば，うまくおさまるだろう．