松村俊和のページ：日記 / 2006-08

夕焼け[diary][photo]

携帯電話のカメラで撮影。小さくてわかりにくいが、夕焼けが川面に映ってさらに綺麗だった。

カシミール3DからGoogleMapsへ[tool][map]

カシミール3DからGoogleMapsへの変換ソフト。

trk2googlemaps

『轍 Wadachi』

Ecology Letters 9 8[article]

Additive partitioning of rarefaction curves and species-area relationships: unifying alpha-, beta- and gamma-diversity with sample size and habitat area

気になる本[book][diary]

神戸か大阪に行ったら大きな本屋で中身を確認しようと思っている本。
近畿２　地図で読む百年　大阪・兵庫・和歌山
現代の牧畜民−乾燥地域の暮らし
自然保護の新しい考え方−生物多様性を知る・守る
リモートセンシング読本−インターネットの情報満載−
リモートセンシングの世界

暑い[diary]

ここ数日本当に暑い。外に出ることが多いので、熱中症にならないようにしなければ。「熱中症対策」をGoogleで検索した。やはり無理をしないのと、水分補給が基本だろう。

GoogleMapsの活用例[map][google]

Google Maps API Tutorial
GoogleMapsでいろいろとできる事を紹介している。ここに書いてあることを全部使いこなせたら、すごいだろうなー。

カシバード[map][tool]

カシミール3Dにカシバードという鳥瞰図の機能がある。だいぶ前に試したが使い方がわからず、その後は全然使っていなかった。共同研究者から結構使えるということを教えてもらった。使ってみたら、自分が撮影した写真に写っている山がどの山かがわかるなど結構使えた。そのときに教えてもらったのが、まずは撮影高度を高く設定して、仰角をやや下向けにして撮影するとどのあたりが見えてるかがよく分かる。つまり、鳥瞰図を作る。その後、撮影位置が決まったら、撮影高度を下げて、仰角を0度に近づける。つまり、実際の撮影とほぼ同じ状態で見たものを作る。すると、実際の写真に近い状態のものができた。試してみる価値有り。
ただ、ちょっと分かりにくいのが、「地名表示」を設定するところに「ピックアップ表示」という項目がある。ここをオンにすると、常に地名を表示するのではなくて、ポインティング・ディバイス(マウス)を近づけたときだけ、該当する地名が表示されるというもの。確かに、ピックアップなので、選び出して表示するのだが、ちょっと表現が分かりにくい。

ファイル名の変更[program]

ファイル名を大量に変更したいとき、windowsのエクスプローラで一つずつ作業をしていたのでは、すごく大変。
そんなときは、dos窓で作業をすると便利。例えば、次のように写真のファイル名を変更する場合など。

作業前：dsc001.jpg, pct002.jpg, dsc003.jpg ..................
作業後： 001.jpg, 002.jpg, 003.jpg ..................

バッチファイルかdos窓で以下を実行する。
dir > dir.txt /B rem ファイル名をテキストファイルに出力

テキストエディタで部分複写・部分貼付などを多用しつつ、ファイル名を編集する。

バッチファイルかdos窓で以下を実行
rename dsc001.jpg 001.jpg rem ファイル名の変更
rename pct002.jpg 002.jpg
rename dsc003.jpg 003.jpg

参考：Dos窓探検隊

不要な機能を除いてWindowsを再インストール[tool]

nLite
不要コンポーネントを省いたWindowsのインストールCDを作成できるらしい。

PDF作成[tool]

ライブPDFプリンタ
注釈やURLリンクを埋め込めるフリーのPDF文書作成ソフト

いろんな地図[tool][map]

PJ_Japan
120種類以上の地図投影法で簡易世界地図を描画できるソフト

Journal of Biogeography 33 9[article]

How the west was once: vegetation change in south-west Queensland from 1930 to 1995

Monsoon rain forest seedling dynamics, northern Australia: contrasts with regeneration in eucalypt-dominated savannas

Species groups can be transferred across different scales

Plant Ecology 186 1[article]

Productivity and species richness in an arid ecosystem: a long-term perspective

Seed rain into upland plant communities in Hong Kong, China

The effect of soil nitrogen on competition between native and exotic perennial grasses from northern coastal California

Invasibility of mature and 15-year-old deciduous forests by exotic plants

高速道路で給油[diary]

高速道路のガソリンスタンドでは、前月の全国平均価格によって価格の上限が決まるらしい。8月の上限価格は137円なので、一般のガソリンスタンドより安い場合が多い。
http://www.asahi.com/life/update/0804/006.html

カシミール3D関連の本[book][map]

[2006-08-09]に書いたカシミール関連の書籍
山と風景を楽しむ地図ナビゲータ カシミール3D GPS応用編はGPSとの連携について書かれて、かなり参考になった。
カシミール3D パーフェクトマスター編は、カシバードの機能について詳しく書かれているようだ。
カシミール3DとGPS・GISを使ったオリジナルマップ作成講座は全般的な内容のようだ。

植生調査のページ更新[hp]

前から手を入れたいと思っていたのだが、ようやく植生調査のページを更新した。

調査計画の項目を追加

調査準備への加筆

調査後への加筆
だんだんとページの内容が多くなってきていて、1ページにするのはそろそろ限界か？次回更新時には、ページを分けることを考えよう(実は今回考えたが、めんどくさくてしなかっただけ)。

夕立[diary]

今日は久々に夕立らしい夕立が降った。おかげで、気温が下がったので、今晩は涼しくすごせそう。夕立の途中は雷が比較的近くまできていた。あわてて、ACコードでとっているパソコンの電源をバッテリーに切り替えて、落雷対策。

節約図書館[diary]

福島県矢祭(やまつり)町では、の蔵書買わないで、剣道の道場を改修して図書館をつくっているとのこと。雑誌・マンガ以外の書籍の寄贈を呼びかけて蔵書を集めているらしい。
新設図書館の本、寄贈呼び掛け

デジカメ画像の整理[tool]

画像の整理にAbleCVというソフトを使っている。このソフトは覚え書きを画像ファイルのExif情報に書き込むことができるのが便利。他のソフトは覚え書きは別ファイルにしていることが多く、ファイルを移動したときに、情報の入ったファイルを一緒に動かす必要がある。Exif情報に覚え書きを書き込んでおくと、ファイル移動時にそういうことを考える必要がないのが良い。
画像ファイルは撮影年ごとにしかフォルダを分けていないため、1つのフォルダに入れている画像数が多くなって、読み込みに時間がかかる。そのため、デジカメで撮影した写真にExif情報に覚え書きを書き込もうといらいらするときがある。カシミール3Dのデジカメプラグインで画像の位置を推定するときも同様にいらいらすることがある。
撮影年ごとに分けている写真をもう少し細かく(月単位とか季節単位とかに)分けようかとも思ったが、一度に整理する写真はせいぜい1日か2日分だけなので、とりえあず別フォルダで整理すれば問題無さそう。

シーボルト標本データベース[論文][hp][plant]

牧野標本館のシーボルト標本データベースでは標本の画像を見ることができる。植生調査にこの情報を追加。

rankとdsum[エクセル]

最近覚えたというか、思い出した関数。エクセルを多用する人には便利だろう。

rank：順位を出す
http://www3.tokai.or.jp/excel/kansu/rank.htm

dsum：条件にあったところを合計する
http://www.eurus.dti.ne.jp/~yoneyama/Excel/kansu/sum.htm#fukusuujyouken

Diversity & Distributions 12 5[article]

Determinants of native and alien species richness in the urban flora of Rome

Filling in the gaps: modelling native species richness and invasions using spatially incomplete data

Bird species richness patterns of northern Taiwan: primary productivity, human population density, and habitat heterogeneity

Restoration Ecology 14 3[article]

Successfully Recovered Grassland: A Promising Example from Romanian Old-Fields

電子ファイルの整理整頓[教訓][diary][tool]

だいぶ前に途中まで手を付けていた作業を再開しようとした。フォルダを空けてみると、同じ名前のファイルや似たようなファイルがいろいろなところに転がっているではないか。ああ、ちゃんと整理をしておくべきだった。それに、解析途中のデータや一旦終了した結果が、どのような過程を経たのかわからないものがある。これもきちんと覚え書きを書いておくべきだったと反省。
実はこの作業は何度か、中断と再開を繰り返している。そのたびに反省しているので、最後の方に作ったものは、だいたい覚え書きが書いてあったり、やや整理されている。少しは進歩しているということだろう。
ところで、テキストファイルの内容が同じかどうかは、秀丸エディタなどのテキストエディタを使えば容易に比較できる。テキストエディタでなくても、テキスト比較に特化したソフトはたくさんある。例えば、Rekisaなど。このソフトは複数のテキストを比較して、内容が異なっているところを色分けして表示できるようだ。

GoogleMaps版ニッポン全国火入れ地図[diary][hp][map]

最近、([2006-07-12])共同研究を始めた澤田さんが作られたニッポン全国火入れ地図のGoogleMaps版を作成した。作成したものの、正確な場所ではないところが多々あると思う。

系統樹思考の世界[book]

系統樹思考の世界

先日購入。現在読書中。

理系のためのフリーソフト[book][tool]

理系のためのフリーソフトに掲載されているソフト一覧。他にも使えるものはいろいろとあるだろう(例えば、カシミール[2006-08-11]と[2006-08-13]参照)。

統合(表計算・文書作成・発表資料)：OpenOffice
数値計算・作図： R / Octave / Maxima
作図：gnuplot / GRAPES / GraphCalc
画像化されたグラフの座標判読：DigitalCurveTracer
翻訳：Personal Dictionary
翻訳支援：DokoPop！
CSV編集：Cassava
アイデアプロセッサ：IdeaFragment2
アウトラインエディタ：Story Editor
多機能付箋紙：PostNet
マインドマップ作成：FreeMind
星図作成：Celestia / Stella Theater Lite
流体計算：Viziflow
スペクトル解析：SPCANA
画像処理：ImageJ / IrfanView / PictBear
簡易電気回路解析：KamiSim
構造式エディタ：BKchem
分子関係：Winmostar / MOLDA / 分子郎

土砂降り[diary]

今日の夕立はすごかった。50mm/時間ぐらいの雨だった。雷もすごくなっていたし。やっぱり内陸の山間部は大気が不安定になりやすいのだろう。夕立のおかげで夜は涼しくすごせた。

google calendarに予定を追加[tool][google]

google calendarでの便利なショートカット
「q」(quick)を押せば、予定をすばやく追加できる。内容は次のように書けば完了。
2006-08-20 17:00 内容 at 場所
2006-08-20 内容 at 場所 (前日の場合は、時刻を書かないでもOK)

集合関係の関数[r]

簡単な関数でも、しばらく使わないと忘れてしまうので記録。

union(x, y) # 和集合(xまたはy)
intersect(x, y) # 積集合(xかつy)
setdiff(x, y) # 差集合(x-y)

秀丸でRのダウンロードがもう少しで1000[program][r][hidemaru]

秀丸エディタマクロライブラリのダウンロード情報によると、秀丸でRのダウンロード数が現在990である。1000まであともう少し。どんな方が使っているのか分からないが、多くの方が継続して使ってくれているとすれば、うれしいものである。

Rの関数群[diary]

自作のRの関数が増えてきたので、解析の時にいちいち長ったらしい命令を書かなくて良くなってきた。もちろん、多少の基礎データ整理は必要だ。あと、使用方法(入出力データなど)を記録しておかないと、いざ使いたいときに使えない。

複数の条件にあうものを抽出[r]

subset関数で複数の条件にあうものを抽出するときに、条件が多くなると「|」で条件を並べていたため、必要以上に冗長になっていた。しかし、RjpWikiのQ&A(初心者コース)にあったものを見て、「%in%」というのがあるのを知った。これを使えばだいぶ

iris # iris のデータ
subset(iris, Species=="versicolor" | Species=="virginica") # 今までやっていたやり方(条件が多いと冗長になりがち)
subset(iris, Species %in% c("versicolor", "virginica")) # 今回知ったやり方
group1 <- c("versicolor", "virginica") # 2つ目のやり方で、条件を別で与える
subset(iris, Species %in% group1) # 上の続き

主題別のパッケージをインストール[r]

CRAN Task View というのがあって、主題別にいろいろなパッケージがまとめてある。植物生態学関連では、Environmetrics をインストールしておけば、大丈夫だろう。余裕があれば、Multivariate と Spatial もインストールしておけば良いのではないだろうか。
CRAN Task Viewの説明

install.packages("ctv") # CRAN Task View を使うためのパッケージ
library(ctv)
url <- "http://cran.md.tsukuba.ac.jp" # ダウンロード先を指定
install.views("Environmetrics", repos=url) # 生態・環境データの解析
install.views("Multivariate", repos=url) # 多変量統計
install.views("Spatial", repos=url) # 空間データ解析

さわやか[diary][photo]

朝晩の風がさわやかだった。今日は、和田山の夏祭り。去年もそうだったのだが、夏祭りの数日前から万国旗が飾られる。

種数-面積(地点数)曲線[stat][r]

種数-面積(地点数)曲線を描くための、関数specaccum(veganライブラリにある)のmethodの説明。基本的には規定値のexctで良さそう。具体的にどんな計算をしているのかは、関数の中身を見てみないと分からないが。

"collector": adds sites in the order they happen to be in the data (調査順に調査区を追加)
"random": adds sites in random order (無作為に調査区を追加)
"exact": finds the expected (mean) species richness (平均種数の期待値)
"coleman": finds the expected richness following Coleman et al. 1982 (Coleman(1982)による種数の期待値)
"rarefaction": finds the mean when accumulating individuals instead of sites (調査区でなく個体を追加)

登録された海外サイトのメニューを日本語化[firefox][tool]

Firefoxの拡張機能Japanizeでは、特定の登録された海外サイトのメニューだけを日本語化する。全てのサイトを自動翻訳するのではなくて、決まったところだけを自然な形で翻訳するのが特徴。

不意打ち[diary]

ハエを叩こうと思っても、なかなか叩けない。お昼ご飯を野外で食べていたとき、物をとろうとしてふと動かした手にハエが当たった。ハエは不意打ちを食らったらしく、その横にあったビニール袋の中に入り閉じ込められた。人間でもハエでも不意打ちには弱いものだ。人間の場合、スポーツでもそうだが、議論するときでも同じだろう。

Oikos 114 3[article]

Evolution of local adaptations in dispersal strategies

Journal of Applied Ecology 43 5[article]

What controls the population dynamics of the invasive thistle Carduus nutans in its native range?

Impacts of restoration treatments on alien plant invasion in Pinus ponderosa forests, Montana, USA

Relative performance of native and exotic grass species in response to amendment of drastically disturbed serpentine substrates

Predictors of recruitment for willows invading riparian environments in south-east Australia: implications for weed management

Seasonal patterns in post-dispersal seed predation of Abutilon theophrasti and Setaria faberi in three cropping systems

Modelling the dynamics of introduced populations in the narrow-endemic Centaurea corymbosa: a demo-genetic integration

ヤマシャクヤクの果実[diary][photo]

ヤマシャクヤクの果実が裂開していた。調べてみると赤い種子は不稔とこのこと。成熟した果実は、黒色をしているらしい。そういえば、まだ裂開途中のもので、赤いのと黒いものが混じっているのがあった。
ヤマシャクヤクのバナナのような果実↓

ヤマシャクヤクの裂開した果実(赤いのは不稔の種子)↓

ヤマシャクヤクの裂開途中の果実↓

複数の予定表を使う[tool][google]

google calendarでは複数の予定表を使える。しかも予定表によって、色分けや、表示/非表示の切り替えができる。仕事の予定表と個人の予定表、あるいはグループAの予定表とグループBの予定表など。これは便利だ。さらに予定表ごとに公開/非公開を設定することができる。
ただ、quick add で指定した予定表へ項目の追加方法がわからない…。

落ちてきたミズナラの枝[diary][photo]

野外で昼ごはんを食べていると、ミズナラの枝先が落ちてきた。この時期に落ちてくるコナラやミズナラの枝はゾウムシの仲間の仕業が多い。枝を見てみると、果たしてそうだった。
落ちてきたミズナラ

果実にできた穴。中に産卵しているのだろう。

切り口は枝に対してほぼ直角かつ鋭利な刃物で切ったような感じ。

今月も[diary][plant]

植物屋の覚え書きが更新されている。今月はギニアキビ。その中で紹介されている切手植物園というサイトが面白そう。

クズ[diary][photo]

クズの花が咲いていた。夏から秋へ向かっている気配がする。

同じトゲでも[diary][photo]

この前仕事で山に行っていたときに服がトゲに何度か引っかかった。その中にサンショウとジャケツイバラがあったのだが、サンショウとジャケツイバラでは、トゲに引っかかった時の感じがえらく違う。サンショウの場合、「ちょっと」やさしく声をかけられたという感じだが、ジャケツイバラの場合は、「なにしとんねんワレ！」という感じ。ただ、サンショウでも枝を握ろうものならその痛さは大変なものだ。トゲの形態やつき方全く違うので、そういうことが起こる。それぞれの植物が対象としている相手や対処の戦略が違うのだろう。

変なメール[diary]

メーリングリストでここのところ変なメールが流れていた。でも、誰も反応しないと、自然となくなっていくのだろう。メーラーの設定で即ゴミ箱行きに設定。

献血[diary]

少し前に献血に行った。しばらく献血には行ってなかったので、献血の仕組みが変わっているのにびっくりした。手書きだった問診表への記入をパソコンするようになっていた。献血をすると血液検査の結果を送ってくれる。検査結果は、健康の正常・異常を示すものではないらしいが、今までどおり標準値内に入っていたのでとりあえず安心。